PDB-3vn5: Crystal structure of Aquifex aeolicus RNase H3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3vn5

タイトル

Crystal structure of Aquifex aeolicus RNase H3

要素

Ribonuclease HIII

キーワード

HYDROLASE / RNase H3

機能・相同性

機能・相同性情報

ribonuclease H2 complex / DNA replication, removal of RNA primer / ribonuclease H / mismatch repair / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / magnesium ion binding / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Aquifex aeolicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Jongruja, N. / You, D.J. / Eiko, K. / Angkawidjaja, C. / Koga, Y. / Takano, K. / Kanaya, S.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2012
タイトル: Structure and characterization of RNase H3 from Aquifex aeolicus
著者: Jongruja, N. / You, D.J. / Angkawidjaja, C. / Kanaya, E. / Koga, Y. / Kanaya, S.

履歴

登録	2011年12月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年12月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3vn5.cif.gz	67 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3vn5.ent.gz	47.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3vn5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3vn5_validation.pdf.gz	421 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3vn5_full_validation.pdf.gz	423.8 KB	表示
XML形式データ	3vn5_validation.xml.gz	11.8 KB	表示
CIF形式データ	3vn5_validation.cif.gz	16 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vn/3vn5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vn/3vn5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2d0aS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4lee-3 2bhk-1 4le8-1 4b60-2 2y7m-d 4yaz-2 1irb-1 1zkz-1 1r19-4 5lph-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (1) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1) #135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ribonuclease HIII

29.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.943, 48.943, 293.217
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Ribonuclease HIII / RNase HIII 分子量: 29584.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: aq_1768, rnhC / プラスミド: pET25b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MIC 2067 (DE3) / 参照: UniProt: O67644, ribonuclease H
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.11 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 0.1M citrate buffer (pH 4.0), 0.2M sodium citrate, 20% w/v polyethylene glycol (PEG) 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å

検出器

タイプ: BRUKER SMART 6500 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月10日

放射

モノクロメーター: horizontal focusing mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.98→50 Å / Num. obs: 29839 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 21.3 % / R_merge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 6.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.98-2.01	21.4	0.289	1	100
2.01-2.05	22.1	0.26	1	100
2.05-2.09	21.9	0.229	1	100
2.09-2.13	21.9	0.209	1	100
2.13-2.18	22	0.187	1	100
2.18-2.23	21.9	0.181	1	100
2.23-2.29	22.1	0.16	1	100
2.29-2.35	21.8	0.149	1	100
2.35-2.42	22	0.138	1	100
2.42-2.49	21.7	0.132	1	100
2.49-2.58	22.1	0.123	1	100
2.58-2.69	21.7	0.115	1	100
2.69-2.81	21.8	0.106	1	100
2.81-2.96	21.7	0.097	1	100
2.96-3.14	21.6	0.092	1	100
3.14-3.39	21.5	0.098	1	99.9
3.39-3.73	20.7	0.11	1	99.9
3.73-4.26	19	0.103	1	99.9
4.26-5.37	19.4	0.086	1	99.7
5.37-50	18.7	0.06	1	99.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 13814

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
5.92-100	31.7	0.766	501
4.76-5.92	32.1	0.909	506
4.19-4.76	33.6	0.927	505
3.83-4.19	40.4	0.931	508
3.57-3.83	42.1	0.94	502
3.36-3.57	46.3	0.928	503
3.2-3.36	45	0.928	510
3.05-3.2	42.5	0.923	513
2.92-3.05	42.5	0.917	508
2.82-2.92	39.8	0.91	509
2.72-2.82	40.4	0.905	516
2.64-2.72	42	0.922	555
2.56-2.64	39.8	0.925	516
2.49-2.56	39.9	0.93	544
2.43-2.49	38.4	0.911	547
2.37-2.43	38.1	0.924	601
2.31-2.37	41.1	0.933	558
2.26-2.31	40.1	0.939	625
2.21-2.26	39.7	0.938	563
2.17-2.21	44	0.929	599
2.12-2.17	38.6	0.938	627
2.08-2.12	39.1	0.933	638
2.05-2.08	38.4	0.93	624
1.98-2.05	46.5	0.922	1236

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
直接法	6.1	位相決定
REFMAC	refmac_5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2D0A

2d0a

解像度: 1.98→48.87 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / WR_factor R_free: 0.234 / WR_factor R_work: 0.202 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 2.757 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23844	1504	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20434	-	-	-
obs	0.20603	28119	99.51 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.683 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.49 Å²	0.24 Å²	-0 Å²
2-	-	0.49 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.98→48.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2063	0	0	103	2166

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	2104
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.049	2.001	2828
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.694	5	254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.063	24.444	90
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.136	15	421
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.253	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	312
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.019	0.021	1526
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.925	1.5	1273
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.212	2	2061
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.109	3	831
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.259	4.5	767
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.981-2.032	0.221	96	0.222	2048	0.222	2173	98.665	0.194
2.032-2.088	0.282	120	0.204	1946	0.209	2075	99.566	0.178
2.088-2.149	0.23	113	0.195	1913	0.197	2035	99.558	0.172
2.149-2.215	0.251	105	0.2	1876	0.203	1988	99.648	0.179
2.215-2.287	0.215	97	0.201	1812	0.202	1917	99.583	0.18
2.287-2.368	0.222	100	0.196	1757	0.198	1865	99.571	0.178
2.368-2.457	0.256	82	0.226	1734	0.227	1826	99.452	0.206
2.457-2.557	0.271	91	0.223	1631	0.226	1729	99.595	0.207
2.557-2.671	0.328	92	0.236	1586	0.241	1684	99.644	0.216
2.671-2.801	0.263	64	0.237	1534	0.238	1603	99.688	0.224
2.801-2.952	0.28	67	0.248	1441	0.249	1516	99.472	0.235
2.952-3.131	0.24	59	0.231	1395	0.231	1458	99.726	0.223
3.131-3.347	0.262	91	0.221	1284	0.223	1384	99.35	0.22
3.347-3.615	0.244	83	0.195	1196	0.198	1283	99.688	0.197
3.615-3.96	0.156	52	0.183	1142	0.182	1198	99.666	0.189
3.96-4.426	0.184	55	0.151	1053	0.153	1115	99.372	0.164
4.426-5.109	0.23	47	0.169	910	0.172	960	99.688	0.183
5.109-6.253	0.254	43	0.201	815	0.203	859	99.884	0.213
6.253-8.825	0.183	27	0.186	646	0.186	676	99.556	0.207
8.825-97.739	0.215	20	0.208	400	0.208	424	99.057	0.255

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関連情報:EMDBヘッダ

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