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万見
- PDB-3vmt: Crystal structure of Staphylococcus aureus membrane-bound transgl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vmt
タイトルCrystal structure of Staphylococcus aureus membrane-bound transglycosylase in complex with a Lipid II analog
要素Monofunctional glycosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Transmembrane / Glycosyltransferase / Bacterial cell wall synthesis / Membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan glycosyltransferase / peptidoglycan glycosyltransferase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Monofunctional glycosyl transferase / Penicillin binding protein transpeptidase fold / Biosynthetic peptidoglycan transglycosylase-like / Glycosyl transferase, family 51 / Penicillin binding protein transglycosylase domain / : / Transglycosylase / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LHI / Monofunctional glycosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.299 Å
データ登録者Huang, C.Y. / Shih, H.W. / Lin, L.Y. / Tien, Y.W. / Cheng, T.J.R. / Cheng, W.C. / Wong, C.H. / Ma, C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of Staphylococcus aureus transglycosylase in complex with a lipid II analog and elucidation of peptidoglycan synthesis mechanism
著者: Huang, C.Y. / Shih, H.W. / Lin, L.Y. / Tien, Y.W. / Cheng, T.J.R. / Cheng, W.C. / Wong, C.H. / Ma, C.
履歴
登録2011年12月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Monofunctional glycosyltransferase
B: Monofunctional glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5115
ポリマ－60,6292
非ポリマー1,8823
水93752
1
A: Monofunctional glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1964
ポリマ－30,3141
非ポリマー1,8823
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Monofunctional glycosyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3141
ポリマ－30,3141
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.493, 67.429, 152.186
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Monofunctional glycosyltransferase / MGT / Peptidoglycan TGase


分子量: 30314.369 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 28-269 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / 遺伝子: MGT / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q99T05, 転移酵素; グリコシル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-LHI / [(2R,3R,4R,5S,6R)-4-[(2R)-1-[[(2S)-1-[2-[2-[2-[5-[(3aS,4S,6aR)-2-oxidanylidene-1,3,3a,4,6,6a-hexahydrothieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanoylamino]ethoxy]ethoxy]ethylamino]-1-oxidanylidene-propan-2-yl]amino]-1-oxidanylidene-propan-2-yl]oxy-3-acetamido-5-[(2S,3R,4R,5R,6R)-3-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-6-(hydroxymethyl)oxan-2-yl] [oxidanyl(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39,43-undecamethyltetratetraconta-2,6,10,14,18,22,26,30,34,38,42-undecaenoxy)phosphoryl] hydrogen phosphate


分子量: 1833.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C93H155N7O23P2S
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THE LIGAND LHI IS THE ANALOG OF LIPIDII(LIIA).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.28 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100mM MgCl2, 100mM HEPES, 25% PEG400, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→29.26 Å / Num. obs: 30750 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 43.19 Å2
反射 シェル解像度: 2.2987→2.3808 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HZS, 3FWM, 3FWL

3hzs

3fwm
PDB 未公開エントリ

3fwl


解像度: 2.299→28.079 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7624 / SU ML: 0.27 / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 29.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2425 1437 5.09 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.1993 28206 90.4 %-
all-30698 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 73.778 Å2 / ksol: 0.363 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 265.53 Å2 / Biso mean: 87.1801 Å2 / Biso min: 29.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--23.6442 Å2-0 Å20 Å2
2---14.1703 Å2-0 Å2
3---37.8145 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.299→28.079 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3598 0 45 52 3695
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0193711
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9315007
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071566
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008636
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.2871399
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2987-2.38080.33511110.25592189230075
2.3808-2.4760.26881250.23582382250782
2.476-2.58870.24071280.20952469259784
2.5887-2.7250.24511420.21042568271088
2.725-2.89560.28421480.20762736288494
2.8956-3.11890.27251480.21122780292895
3.1189-3.43230.25311540.20332887304198
3.4323-3.92780.20141590.17662943310298
3.9278-4.94420.22121670.16962922308998
4.9442-28.08090.23141550.20162893304892
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -24.2765 Å / Origin y: -1.1594 Å / Origin z: 4.8341 Å
111213212223313233
T0.3713 Å2-0.034 Å2-0.033 Å2-0.3453 Å2-0.0056 Å2--0.4019 Å2
L0.3264 °20.2097 °2-0.0552 °2-0.1492 °2-0.274 °2---0.0799 °2
S0.0668 Å °0.0256 Å °0.0832 Å °0.076 Å °-0.0539 Å °0.0694 Å °-0.0179 Å °-0.0379 Å °0.0054 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA41 - 269
2X-RAY DIFFRACTION1allB41 - 269
3X-RAY DIFFRACTION1allA301
4X-RAY DIFFRACTION1allA302
5X-RAY DIFFRACTION1allA303
6X-RAY DIFFRACTION1allA401 - 441
7X-RAY DIFFRACTION1allB301 - 311

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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