[日本語] English
万見
- PDB-3vlb: Crystal structure of xeg-edgp -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vlb
タイトルCrystal structure of xeg-edgp
要素
  • EDGP
  • Xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase A
キーワードPLANT PROTEIN/HYDROLASE / cell-wall / PLANT PROTEIN-HYDROLASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase / xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase activity / cellulase activity / polysaccharide catabolic process / cell wall organization / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Xylanase inhibitor, C-terminal / Xylanase inhibitor I-like / Xylanase inhibitor C-terminal / Xylanase inhibitor, N-terminal / Xylanase inhibitor N-terminal / Glycoside hydrolase family 12 / Glycosyl hydrolase family 12 / Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11/12 / Aspartic peptidase A1 family ...Xylanase inhibitor, C-terminal / Xylanase inhibitor I-like / Xylanase inhibitor C-terminal / Xylanase inhibitor, N-terminal / Xylanase inhibitor N-terminal / Glycoside hydrolase family 12 / Glycosyl hydrolase family 12 / Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11/12 / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Jelly Rolls / Beta Barrel / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase A / EDGP
類似検索 - 構成要素
生物種Daucus carota (ニンジン)
Aspergillus aculeatus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Yoshizawa, T. / Shimizu, T. / Hirano, H. / Sato, M. / Hashimoto, H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural basis for inhibition of xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase (XEG) by XEG-protein inhibitor
著者: Yoshizawa, T. / Shimizu, T. / Hirano, H. / Sato, M. / Hashimoto, H.
履歴
登録2011年11月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月14日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: EDGP
B: Xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase A
C: EDGP
D: Xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,0734
ポリマ－134,0734
非ポリマー00
水95553
1
A: EDGP
B: Xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,0362
ポリマ－67,0362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2020 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area24470 Å2
手法PISA
2
C: EDGP
D: Xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,0362
ポリマ－67,0362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2010 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area24550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)249.043, 51.691, 143.235
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.21, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 EDGP


分子量: 43660.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Daucus carota (ニンジン) / 遺伝子: EDGP1 / Cell (発現宿主): carrot callus cell / 発現宿主: Daucus carota (ニンジン) / 参照: UniProt: Q05929
#2: タンパク質 Xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase A / Xyloglucanase A / Xyloglucanendohydrolase A


分子量: 23376.160 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 21-238 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus aculeatus (カビ) / 遺伝子: xgeA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: O94218, xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.72 %

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 40308

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.6.0117 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VL8, 3VLA

3vl8

3vla


解像度: 2.7→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.841 / SU B: 38.454 / SU ML: 0.368 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 2.924 / ESU R Free: 0.478 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.34075 1994 5 %RANDOM
Rwork0.25743 ---
obs0.26167 37706 91.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.327 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.28 Å20 Å2-2.36 Å2
2--4.89 Å20 Å2
3----4.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9232 0 0 53 9285
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.029427
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.026017
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5371.94612888
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg4.0283.00414726
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.30351236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.3924.571350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.467151414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.1991534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.21542
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02110610
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021904
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.769 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.474 123 -
Rwork0.376 2305 -
obs--82.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4410.26740.09511.06510.23813.3771-0.008-0.2416-0.0324-0.04430.03310.1540.2939-0.4015-0.0250.0854-0.06340.01140.10640.00940.1247-25.186-4.3027-1.2008
22.55850.8140.62122.186-0.41892.92830.07340.26670.0983-0.0268-0.03540.07950.0650.0609-0.0380.11620.01440.01980.0401-0.00290.0423-15.24334.482-34.5675
32.8155-0.4515-0.69010.94930.0321.64170.14560.37960.2968-0.11230.01820.1123-0.07820.0545-0.16370.10050.01460.00020.08810.06740.099726.0916-17.0904-82.7941
43.47240.0020.71692.2905-1.04823.0270.1072-0.15920.1664-0.08840.0020.10250.047-0.3019-0.10920.06330.01020.02030.0452-0.00760.07210.4212-25.8477-59.414
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 412
2X-RAY DIFFRACTION2B7 - 224
3X-RAY DIFFRACTION3C5 - 412
4X-RAY DIFFRACTION4D7 - 224

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る