PDB-3vjf: Crystal structure of de novo 4-helix bundle protein WA20

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3vjf

タイトル

Crystal structure of de novo 4-helix bundle protein WA20

要素

WA20

キーワード

DE NOVO PROTEIN / PROTEIN DESIGN / BINARY PATTERNED DESIGN / FOUR HELIX BUNDLE / 3D DOMAIN SWAPPING / Rudimentary enzymatic activities

機能・相同性

Designed four-helix bundle protein / hypothetical protein mp506/mpn330, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha / :

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Arai, R. / Kimura, A. / Kobayashi, N. / Matsuo, K. / Sato, T. / Wang, A.F. / Platt, J.M. / Bradley, L.H. / Hecht, M.H.

引用

ジャーナル: J.Phys.Chem.B / 年: 2012
タイトル: Domain-swapped dimeric structure of a stable and functional de novo four-helix bundle protein, WA20
著者: Arai, R. / Kobayashi, N. / Kimura, A. / Sato, T. / Matsuo, K. / Wang, A.F. / Platt, J.M. / Bradley, L.H. / Hecht, M.H.

履歴

登録	2011年10月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年3月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月17日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3vjf.cif.gz	98.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3vjf.ent.gz	78.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3vjf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/3vjf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/3vjf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4n3x-d 5vjt-d 5vju-d 6z0c-2 6kos-1 6kos-2 6b87-3 5vjs-d 6lhz-d 5d5z-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: WA20

B: WA20

ヘテロ分子

25.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.950, 102.858, 31.344
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-201- K
2	1	A-118- HOH

#1: タンパク質	WA20 分子量: 12943.274 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: a de novo protein from artificially designed superfamily of 4-helix bundle 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET-3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.1 % / Mosaicity: 1.338 °
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: 1.344M potassium phosphate dibasic, 0.056M sodium phosphate monobasic monohydrate, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 95 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-5A / 波長: 0.97881, 0.97908, 0.90000

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月19日

放射

モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97881	1
2	0.97908	1
3	0.9	1

反射

解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 11102 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 43.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.098 / Χ²: 1.001 / Net I/σ(I): 11.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.2-2.28	5.5	0.306	5.4	945	1.037	85.3
2.28-2.37	5.6	0.247	6.5	1009	1.039	91.6
2.37-2.48	6	0.221	7.6	1072	1.013	97.5
2.48-2.61	6.2	0.165	10.7	1152	1.008	100
2.61-2.77	6.5	0.152	11.2	1100	0.987	99.9
2.77-2.99	6.5	0.117	13.1	1123	0.988	100
2.99-3.29	6.5	0.106	13.3	1136	1.009	100
3.29-3.76	6.4	0.078	15	1151	0.953	100
3.76-4.74	6.2	0.079	14.5	1171	0.97	100
4.74-50	5.8	0.093	9.6	1243	1.03	98.7

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2
3

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
3 wavelength	1	1	0.9788	6.38	-6.89
3 wavelength	1	2	0.9791	3.97	-9.77
3 wavelength	1	3	0.9	3.21	-2.98

Phasing dm

FOM : 0.76 / FOM acentric: 0.77 / FOM centric: 0.7 / 反射: 10971 / Reflection acentric: 9219 / Reflection centric: 1752

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
6.3-31.401	0.92	0.95	0.88	540	332	208
3.9-6.3	0.94	0.96	0.88	1553	1198	355
3.1-3.9	0.91	0.93	0.83	1903	1569	334
2.8-3.1	0.81	0.84	0.62	1914	1629	285
2.4-2.8	0.67	0.69	0.52	3307	2893	414
2.2-2.4	0.47	0.48	0.36	1754	1598	156

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.13	位相決定
RESOLVE	2.13	位相決定
REFMAC	refmac_5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SERGUI		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.927 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 15.056 / SU ML: 0.176 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.232 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.255	528	4.8 %	RANDOM
R_work	0.233	-	-	-
obs	0.234	11007	96.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 139.68 Å² / B_iso mean: 51.239 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.11 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.6 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1635	0	1	55	1691

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.021	1674
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.165	1.868	2242
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.707	5	186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.823	26.239	117
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.409	15	321
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.355	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	222
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1314
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.476	1.5	937
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.971	2	1502
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.892	3	737
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.8	4.5	740

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.282	35	-
R_work	0.223	652	-
all	-	687	-
obs	-	687	83.88 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	27.6216	7.6448	-20.9149	5.6235	-5.715	16.1982	-1.4039	-0.6408	-2.6133	0.1864	-0.3107	-0.4511	1.4945	0.0506	1.7146	0.87	-0.2192	0.1607	0.3629	0.3855	0.683	30.6364	25.629	37.3327
2	24.4505	13.8467	-19.1073	13.9627	-9.9102	23.3843	-0.0305	-1.1865	-1.1502	0.5896	-0.6975	-0.3456	0.5976	1.3064	0.7281	0.264	0.1238	-0.0015	0.1555	0.1659	0.2601	46.3594	34.0138	24.6354
3	11.4389	6.457	-12.883	2.832	-6.1033	18.7952	-0.3392	-0.4807	-0.4802	-0.0538	-0.1647	-0.1088	0.5751	0.73	0.5039	0.1857	0.0333	0.0212	0.3009	0.0565	0.3243	56.6353	41.9306	12.2604
4	16.6173	9.2067	-7.2822	12.9765	-10.2101	15.3387	0.0273	-0.1931	-0.803	0.1263	-0.3639	-0.6032	-0.4393	0.8278	0.3365	0.1265	-0.0182	-0.0004	0.2697	-0.0396	0.1769	63.438	46.289	2.943
5	26.7312	8.3822	-5.4318	3.6497	-1.5096	6.3765	-0.3183	0.7789	-0.9257	-0.1573	0.1636	-0.1436	0.0249	0.0158	0.1548	0.1393	-0.019	0.0099	0.2828	0.0058	0.147	58.2513	47.1984	-6.3731
6	14.092	-3.8551	-11.5261	1.2693	-1.659	20.8494	0.0048	0.2949	0.2393	-0.1783	-0.0511	-0.4104	0.5598	-0.5949	0.0463	0.1617	-0.0461	0.0138	0.2291	0.0442	0.2436	48.7803	43.8285	2.8019
7	13.2757	3.1988	-12.6869	1.1298	-4.6949	16.5575	-0.2072	0.8674	-0.0366	-0.017	0.2466	0.0822	0.0556	-1.1278	-0.0394	0.1726	-0.0778	-0.0207	0.2433	-0.0487	0.1732	37.0998	41.4247	15.9061
8	27.5619	-8.2684	-17.078	2.5127	2.0388	12.6256	0.3499	1.3221	0.36	-1.0431	0.0021	0.3374	0.3335	-1.2213	-0.3519	0.393	0.0038	-0.1496	0.3504	0.0479	0.1694	26.2727	41.5681	28.8382
9	25.9236	-3.9927	-7.8002	13.5417	-0.4144	9.5788	0.0294	-0.8823	0.3989	0.9027	0.2754	0.521	-0.3777	0.015	-0.3048	0.1772	-0.0122	0.0442	0.2203	0.031	0.1803	19.7467	42.0146	39.0644
10	27.5608	15.8692	-26.897	14.7007	-13.4271	30.7429	-1.0242	0.0735	-1.9019	-0.0396	-0.633	-1.1708	2.6776	0.5843	1.6572	0.6095	0.2231	-0.0187	0.1788	-0.2428	0.5803	50.9041	33.09	7.4887
11	24.3101	-1.0574	-15.0135	11.1144	2.8106	12.3366	-0.438	0.3371	-0.6758	-0.478	0.0436	-0.0765	1.0251	-0.5216	0.3944	0.469	-0.1986	0.0136	0.1998	-0.0261	0.4136	33.9538	30.8334	21.8784
12	32.6733	-7.298	-29.6389	34.7851	-15.8059	36.5383	-0.5243	1.2934	-0.7093	-1.0091	0.1431	-0.1035	1.3796	-1.319	0.3812	0.3968	-0.2973	-0.0844	0.2897	-0.0353	0.1819	21.4631	30.3706	32.721
13	19.0098	-0.3314	-7.1066	5.886	3.7453	-2.3741	-1.6801	-0.2675	-1.6397	0.2397	0.5398	0.1309	-0.3619	-0.6434	1.1403	0.4379	-0.2105	0.0836	0.5807	0.1453	0.6787	16.0832	31.3706	42.873
14	39.4016	15.4023	-3.2351	14.6127	-22.7285	54.6789	0.3381	-1.9657	-1.2026	0.5042	0.1949	0.5689	3.2062	-0.769	-0.533	0.5334	-0.0604	0.1206	0.3838	0.1749	0.1983	24.6081	34.3885	46.5188
15	11.566	3.129	-10.9407	5.0872	-3.9905	14.7831	-0.0091	-0.6527	-0.305	0.2186	-0.0569	0.3347	-0.0026	0.1981	0.0659	0.1643	-0.0547	0.003	0.2822	0.0368	0.1724	32.7648	38.4446	36.9604
16	7.675	3.5732	-7.7072	2.0898	-2.5565	11.4113	0.2186	-0.2477	0.3634	0.0809	-0.0406	0.2212	-0.3834	0.0809	-0.178	0.181	-0.0362	-0.0154	0.1874	0.0048	0.1686	42.4927	44.5156	23.2966
17	13.9087	6.3717	-10.713	11.4938	-12.0021	21.6724	0.0159	-0.1422	0.2605	0.4577	-0.0426	0.5035	-0.6666	0.1721	0.0267	0.1469	0.0016	0.0332	0.1744	-0.0281	0.1576	50.8629	50.7167	12.5525
18	20.6767	0.2911	-12.447	18.2927	-4.3646	21.6151	0.1539	0.6427	0.8788	-0.1404	0.3504	0.2819	-1.044	-0.0979	-0.5043	0.1895	-0.0892	-0.0307	0.2255	0.0383	0.155	54.8099	54.9596	3.5094

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	19 - 32
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	33 - 41
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	42 - 49
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	50 - 62
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	63 - 69
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	70 - 85
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	86 - 92
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	93 - 101
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	5 - 22
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	23 - 34
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	35 - 43
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	44 - 56
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	57 - 64
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	65 - 74
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	75 - 87
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	88 - 95
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	96 - 101

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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