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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3vje | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Y248A mutant of C(30) carotenoid dehydrosqualene synthase from Staphylococcus aureus in complex with zaragozic acid A | ||||||
要素 | Dehydrosqualene synthase | ||||||
キーワード | Transferase/Transferase inhibitor / CrtM / Carotenoid biosynthesis / Staphyloxanthin biosynthesis / Head-to-head condensation / Transferase-Transferase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 4,4'-diapophytoene synthase / 15-cis-phytoene synthase activity / geranylgeranyl-diphosphate geranylgeranyltransferase activity / carotenoid biosynthetic process / farnesyltranstransferase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, C.I. / Jeng, W.Y. / Chang, W.J. / Wang, A.H.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012 タイトル: Binding modes of zaragozic acid A to human squalene synthase and staphylococcal dehydrosqualene synthase 著者: Liu, C.I. / Jeng, W.Y. / Chang, W.J. / Ko, T.P. / Wang, A.H.J. #1: ジャーナル: Science / 年: 2008 タイトル: A cholesterol biosynthesis inhibitor blocks Staphylococcus aureus virulence 著者: Liu, C.I. / Liu, G.Y. / Song, Y. / Yin, F. / Hensler, M.E. / Jeng, W.Y. / Nizet, V. / Wang, A.H.J. / Oldfield, E. #2: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2009 タイトル: Inhibition of staphyloxanthin virulence factor biosynthesis in Staphylococcus aureus: in vitro, in vivo, and crystallographic results 著者: Song, Y. / Liu, C.I. / Lin, F.Y. / No, J.H. / Hensler, M. / Liu, Y.L. / Jeng, W.Y. / Low, J. / Liu, G.Y. / Nizet, V. / Wang, A.H.J. / Oldfield, E. #3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010 タイトル: Mechanism of action and inhibition of dehydrosqualene synthase 著者: Lin, F.Y. / Liu, C.I. / Liu, Y.L. / Zhang, Y. / Wang, K. / Jeng, W.Y. / Ko, T.P. / Cao, R. / Wang, A.H.J. / Oldfield, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3vje.cif.gz | 260.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3vje.ent.gz | 211.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3vje.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/3vje ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/3vje | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34695.402 Da / 分子数: 2 / 変異: Y248A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: ATCC 27659 / 遺伝子: crtM / プラスミド: pET-32 Xa/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 (DE3) pLysS 参照: UniProt: A9JQL9, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.39 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 11-21% PEG 4000, 0.3-0.4M MgCl2, 0.1M Tris pH 8.5, 0.25mM zaragozic acid A, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月5日 / 詳細: HORIZONTAL FOCUSING MIRROR |
放射 | モノクロメーター: LN2-Cooled Double Crystal Si(111) Monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.12→30 Å / Num. all: 40047 / Num. obs: 39844 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 50.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 33.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.12→2.2 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.485 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 3912 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2ZCO 解像度: 2.12→28.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 11.326 / SU ML: 0.138 / Isotropic thermal model: Isotropic with TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.201 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.162 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.12→28.3 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.121→2.235 Å / Total num. of bins used: 10
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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