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- PDB-3vir: Crystal strcture of Swi5 from fission yeast -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vir
タイトルCrystal strcture of Swi5 from fission yeast
要素Mating-type switching protein swi5
キーワードRECOMBINATION ACTIVATOR / Sfr1
機能・相同性
機能・相同性情報


meiotic strand invasion / meiotic DNA recombinase assembly involved in reciprocal meiotic recombination / Swi5-Sfr1 complex / Swi5-Swi2 complex / gene conversion at mating-type locus / mating type switching / meiotic joint molecule formation / mating-type region heterochromatin / DNA recombinase assembly / DNA strand invasion ...meiotic strand invasion / meiotic DNA recombinase assembly involved in reciprocal meiotic recombination / Swi5-Sfr1 complex / Swi5-Swi2 complex / gene conversion at mating-type locus / mating type switching / meiotic joint molecule formation / mating-type region heterochromatin / DNA recombinase assembly / DNA strand invasion / ATPase activator activity / double-strand break repair via homologous recombination / DNA recombination / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
DNA repair protein, Swi5 / Swi5 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Mating-type switching protein swi5
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Kuwabara, N. / Yamada, N. / Hashimoto, H. / Sato, M. / Iwasaki, H. / Shimizu, T.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Mechanistic insights into the activation of Rad51-mediated strand exchange from the structure of a recombination activator, the Swi5-Sfr1 complex
著者: Kuwabara, N. / Murayama, Y. / Hashimoto, H. / Kokabu, Y. / Ikeguchi, M. / Sato, M. / Mayanagi, K. / Tsutsui, Y. / Iwasaki, H. / Shimizu, T.
履歴
登録2011年10月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月14日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mating-type switching protein swi5
B: Mating-type switching protein swi5
C: Mating-type switching protein swi5
D: Mating-type switching protein swi5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6416
ポリマ－39,0564
非ポリマー5852
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6950 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area18580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)177.240, 57.899, 64.432
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.73, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Mating-type switching protein swi5 / DNA repair protein swi5


分子量: 9764.057 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: 972h- / 遺伝子: swi5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UUB7
#2: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% MPD, 0.1M Tris-HCl, 24.5mM octyl-b-glucoside, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月20日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 18023 / Num. obs: 15572 / % possible obs: 86.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.263 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 62.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.6.0113精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.7→19.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / SU B: 25.977 / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.329 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3106 776 5 %RANDOM
Rwork0.25087 ---
all0.25378 17174 --
obs0.25378 14795 86.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 65.085 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.43 Å20 Å2-0.43 Å2
2--3.11 Å20 Å2
3----0.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1950 0 40 0 1990
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0212006
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021355
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7541.9762687
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0233353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1475247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.20325.65292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.58315390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1551510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2322
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022157
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02341
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.769 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.526 36 -
Rwork0.357 692 -
obs--58.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
119.6361-4.1522-7.63671.46691.48573.21090.2341-0.39730.02960.0945-0.1508-0.0923-0.14920.2386-0.08330.10240.0499-0.050.4962-0.03220.075915.288815.450520.3677
227.3928-7.786-8.94812.87362.72543.62440.83390.11160.2216-0.3292-0.4408-0.1291-0.3444-0.0193-0.39310.06320.06360.02410.45940.01940.160112.036817.75099.629
39.098-1.32092.60881.6137-0.14471.0022-0.1742-0.16140.00870.1690.16360.1982-0.0091-0.10740.01060.02940.03680.00910.52790.00080.038659.0438-8.082617.5512
415.9811-5.6345.00342.9402-1.70011.62150.26260.33210.1298-0.2476-0.2276-0.0580.12560.1484-0.03510.07870.0727-0.06020.5229-0.01390.08964.9133-9.92627.2958
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 79
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 67
3X-RAY DIFFRACTION3C14 - 66
4X-RAY DIFFRACTION4D10 - 72

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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