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- PDB-3vfz: Crystal structure of -35 promoter binding domain of SigD of Mycob... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vfz
タイトルCrystal structure of -35 promoter binding domain of SigD of Mycobacterium tuberculosis
要素Probable RNA polymerase sigma-D factor
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Transcription regulation / Promoter / Anti-sigma factors
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / DNA-templated transcription initiation / response to heat / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase sigma factor 70, region 4 type 2 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma factor 70, ECF, conserved site / Sigma-70 factors ECF subfamily signature. / RNA polymerase sigma-70 like / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like ...RNA polymerase sigma factor 70, region 4 type 2 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma factor 70, ECF, conserved site / Sigma-70 factors ECF subfamily signature. / RNA polymerase sigma-70 like / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ECF RNA polymerase sigma factor SigD / ECF RNA polymerase sigma factor SigD
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.901 Å
データ登録者Jaiswal, R.K. / Thakur, K.G. / Gopal, B.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: Mycobacterium tuberculosis RsdA provides a conformational rationale for selective regulation of sigma-factor activity by proteolysis
著者: Jaiswal, R.K. / Prabha, T.S. / Manjeera, G. / Gopal, B.
履歴
登録2012年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月9日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable RNA polymerase sigma-D factor
B: Probable RNA polymerase sigma-D factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9392
ポリマ－18,9392
非ポリマー00
水23413
1
A: Probable RNA polymerase sigma-D factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4691
ポリマ－9,4691
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Probable RNA polymerase sigma-D factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4691
ポリマ－9,4691
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1820 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area6660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.430, 35.700, 50.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.59, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Probable RNA polymerase sigma-D factor


分子量: 9469.253 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 141-212 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: Rv3414c, sigD / プラスミド: pET Duet1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P66811, UniProt: P9WGG9*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 24.36 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 1.0-1.3M ammonium sulfate, 0.1M Tris-Cl, 5% 2-Methyl-2,4-pentanediol(MPD), 3% Glycerol, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年1月7日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→33.883 Å / Num. obs: 9711 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.588 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 10166

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.901→33.883 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.23 / σ(F): 1 / σ(I): 0 / 位相誤差: 26.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2384 456 4.81 %RANDOM
Rwork0.1978 ---
obs0.1999 9478 97.05 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.38 Å / VDWプローブ半径: 0.7 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.437 Å2 / ksol: 0.429 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 146.15 Å2 / Biso mean: 46.9634 Å2 / Biso min: 19.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.3144 Å2-0 Å2-3.8419 Å2
2--9.6949 Å2-0 Å2
3----4.3805 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.901→33.883 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数943 0 0 13 956
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006945
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91277
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059167
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003163
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.687359
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9013-2.17640.27051320.22772865299793
2.1764-2.74180.26851560.18553046320299
2.7418-33.88840.2251680.1973111327999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.86510.6717-0.42590.5499-0.80023.2360.7349-0.5499-0.57730.4308-0.2264-0.12070.60950.3635-0.22670.5645-0.0338-0.0970.4016-0.0320.4002-20.8652-7.599912.5928
22.8144-0.46170.86050.08620.04013.83250.09920.00340.0371-0.02-0.0874-0.2501-0.6525-0.0652-0.00230.23820.0204-0.02540.21030.02160.3066-16.41683.844114.4438
30.64370.24130.0930.49210.00730.7065-0.03450.12990.03520.3184-0.3207-0.1236-0.10630.1949-0.34960.4243-0.1068-0.06550.28380.14140.2992-12.47039.80138.6393
40.5185-0.0650.07391.4443-0.29080.24290.18570.24810.0773-0.6915-0.15020.04520.14610.08470.02180.30870.04320.00770.4203-0.11280.2015-24.8344-2.60462.5136
51.590.1761-1.13883.0225-1.70743.3911-0.4473-0.05980.1407-0.31550.4143-0.0048-0.0947-1.04780.04650.39990.1338-0.01780.4219-0.03050.3816-26.07228.892513.7158
62.25250.5984-1.63030.76270.44923.86170.51230.458-0.43230.738-0.3563-0.332-2.0036-0.8114-0.02250.69160.1496-0.20850.5971-0.0820.4449-28.07975.631825.9486
72.6990.19850.51020.51220.49650.56070.1035-0.59280.26030.17430.15480.21810.5164-0.5535-0.03490.3357-0.1986-0.04930.43920.12420.3347-25.0273-6.04127.9572
80.6236-0.5296-1.11741.94822.48853.5581-0.1272-0.0432-0.7866-0.3313-0.19780.3995-0.9211-1.13070.08490.25910.083-0.01850.47650.07510.3933-31.88260.991212.6125
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 146:161)A146 - 161
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 162:175)A162 - 175
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 176:195)A176 - 195
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 196:207)A196 - 207
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 146:155)B146 - 155
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 156:163)B156 - 163
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 164:195)B164 - 195
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 196:208)B196 - 208

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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