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- PDB-3vfk: The structure of monodechloro-teicoplanin in complex with its lig... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vfk
タイトルThe structure of monodechloro-teicoplanin in complex with its ligand, using ubiquitin as a ligand carrier
要素
  • MonodeChloro- Teicoplanin A2-2
  • ubiquitin, C-terminal fused by Cys-Lys-D-Ala-D-Ala
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN/ANTIBIOTIC / teicoplanin / acetylation of cyteine with iodoacetate modification / SUGAR BINDING PROTEIN-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex ...Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Negative regulation of FLT3 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Regulation of FZD by ubiquitination / Downregulation of ERBB4 signaling / p75NTR recruits signalling complexes / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / Regulation of pyruvate metabolism / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / NF-kB is activated and signals survival / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / NRIF signals cell death from the nucleus / Pexophagy / VLDLR internalisation and degradation / Regulation of PTEN localization / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Regulation of BACH1 activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / Translesion synthesis by REV1 / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / Translesion synthesis by POLK / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Josephin domain DUBs / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / Translesion synthesis by POLI / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / TCF dependent signaling in response to WNT / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Regulation of NF-kappa B signaling / Asymmetric localization of PCP proteins / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / Regulation of signaling by CBL / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Negative regulation of FGFR3 signaling / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Fanconi Anemia Pathway / Vpu mediated degradation of CD4 / Assembly of the pre-replicative complex / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Negative regulation of FGFR2 signaling / Degradation of DVL / Peroxisomal protein import / Negative regulation of FGFR4 signaling / Stabilization of p53 / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Negative regulation of FGFR1 signaling / EGFR downregulation / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Regulation of TNFR1 signaling / Termination of translesion DNA synthesis / Degradation of AXIN / Hh mutants are degraded by ERAD / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Activation of NF-kappaB in B cells / Iron uptake and transport / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Assembly Of The HIV Virion / Degradation of GLI1 by the proteasome / Spry regulation of FGF signaling / Hedgehog ligand biogenesis
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / : / Ubiquitin domain / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain ...Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / : / Ubiquitin domain / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MonodeChloro- Teicoplanin A2-2 / 2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / alpha-D-mannopyranose / 8-METHYLNONANOIC ACID / Polyubiquitin-C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Actinoplanes teichomyceticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Economou, N.J. / Weeks, S.D. / Grasty, K.C. / Loll, P.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structure of the complex between teicoplanin and a bacterial cell-wall peptide: use of a carrier-protein approach.
著者: Economou, N.J. / Zentner, I.J. / Lazo, E. / Jakoncic, J. / Stojanoff, V. / Weeks, S.D. / Grasty, K.C. / Cocklin, S. / Loll, P.J.
履歴
登録2012年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月27日Group: Structure summary
改定 1.22013年4月3日Group: Derived calculations
改定 1.32013年6月19日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / entity_poly / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 3.02023年9月27日Group: Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / Item: _entity_poly.type
改定 3.12023年12月6日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ubiquitin, C-terminal fused by Cys-Lys-D-Ala-D-Ala
G: MonodeChloro- Teicoplanin A2-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8786
ポリマ－10,1252
非ポリマー7534
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.010, 25.180, 38.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.18, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AG

#1: タンパク質 ubiquitin, C-terminal fused by Cys-Lys-D-Ala-D-Ala / Ubiquitin


分子量: 8952.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: four C-terminal amino acids added non-recombinantly with native chemical ligation
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CG48
#2: タンパク質・ペプチド MonodeChloro- Teicoplanin A2-2


タイプ: Glycopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1172.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Actinoplanes teichomyceticus (バクテリア)
参照: MonodeChloro- Teicoplanin A2-2

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糖 , 3種, 3分子

#3: 糖 ChemComp-GCS / 2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / beta-D-glucosamine / 2-amino-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-amino-2-deoxy-D-glucose / 2-amino-2-deoxy-glucose / D-GLUCOSAMINE / β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking, Glycopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 179.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13NO5 / 参照: MonodeChloro- Teicoplanin A2-2
識別子タイププログラム
DGlcpNbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking, Glycopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / 参照: MonodeChloro- Teicoplanin A2-2
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking, Glycopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6 / 参照: MonodeChloro- Teicoplanin A2-2
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 11分子

#4: 化合物 ChemComp-T55 / 8-METHYLNONANOIC ACID / 8-メチルノナン酸


タイプ: Glycopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 172.265 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H20O2 / 参照: MonodeChloro- Teicoplanin A2-2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細AUTHORS STATED THE FOLLOWING: THE STARTING MATERIAL HAD TEICOPLANIN A2-2 THAT CONTAINED TWO ...AUTHORS STATED THE FOLLOWING: THE STARTING MATERIAL HAD TEICOPLANIN A2-2 THAT CONTAINED TWO CHLORINE ATOMS. THE ACTUAL CRYSTALS CONTAINED BOTH CHLORINE ATOMS BEFORE THEY WERE EXPOSED TO X-RAYS. ONE CHLORINE WAS REMOVED FROM TEICOPLANIN BY X-IRRADIATION DAMAGE EARLY IN THE DIFFRACTION EXPERIMENT TEICOPLANIN IS A FAMILY OF TETRACYCLIC GLYCOPEPTIDE ANTIBIOTICS. THE SCAFFOLD IS A HEPTAPEPTIDE FURTHER GLYCOSYLATED BY THREE MONO SACCHARIDES: MANNOSE, N-ACETYLGLUCOSAMINE AND BETA-D-GLUCOSAMINE AND ONLY DIFFER BY THE SIDE CHAIN ATTACHED TO THE LATTER. TEICOPLANIN A2-2 HAS 8-METHYLNONANOIC ACID ATTACHED TO GLUCOSAMINE. HERE, TEICOPLANIN A2-2 WAS UNDER RADIATION DAMAGE, WHICH CAUSES THE LOSS OF ONE CHLORINE ATOM.
配列の詳細C-TERMINAL FUSED BY MODIFIED CYS-LYS-D-ALA-D-ALA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.42 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M magnesium chloride, 0.1 M sodium acetate 4.6, 18% PEG 1500, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月10日
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(111)side bounce monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→19.294 Å / Num. obs: 2084 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.2_432)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1UBQ

1ubq


解像度: 2.8→19.294 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 2.04 / 位相誤差: 34.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3057 93 4.46 %
Rwork0.2776 --
obs0.2789 2084 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0 Å / VDWプローブ半径: 0.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 77.331 Å2 / ksol: 0.424 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.4159 Å20 Å2-18.7315 Å2
2---20.2601 Å2-0 Å2
3---11.8442 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.294 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数711 0 47 10 768
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005777
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8471061
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.765318
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037122
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004132

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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