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- PDB-3vff: BlaC E166A CDC-OMe Acyl-Intermediate Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vff
タイトルBlaC E166A CDC-OMe Acyl-Intermediate Complex
要素Beta-lactamase
キーワードHydrolase/hydrolase inhibitor / beta-lactamase / serine hydrolase / serine esterase / acyl-intermediate / Hydrolase-hydrolase inhibitor complex / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / periplasmic space / response to antibiotic / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CD8 / PHOSPHATE ION / Beta-lactamase / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.777 Å
データ登録者Mire, J.A. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: BlaC-Specific Fluorogenic Probes for Rapid Tuberculosis Detection
著者: Xie, H. / Mire, J.A. / Kong, Y. / Chang, M. / Sacchettini, J.C. / Cirillo, J.D. / Rao, J.
履歴
登録2012年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
C: Beta-lactamase
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,63511
ポリマ－121,9564
非ポリマー1,6787
水23413
1
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8372
ポリマ－30,4891
非ポリマー3481
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9323
ポリマ－30,4891
非ポリマー4432
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9323
ポリマ－30,4891
非ポリマー4432
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9323
ポリマ－30,4891
非ポリマー4432
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.061, 96.603, 108.555
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.69, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Beta-lactamase / Penicillinase


分子量: 30489.074 Da / 分子数: 4 / 変異: E166A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: blaA, blaC, MT2128, MTCY49.07c, Rv2068c / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P0C5C1, UniProt: P9WKD3*PLUS, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-CD8 / (2R)-2-[(1S)-1-(benzoylamino)-1-methoxy-2-oxoethyl]-5-methylidene-5,6-dihydro-2H-1,3-thiazine-4-carboxylic acid


分子量: 348.374 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H16N2O5S
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.49 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.91943 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91943 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.777→50 Å / Num. all: 39953 / Num. obs: 38850 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 1.35 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 68.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12
反射 シェル
解像度 (Å)Num. unique allDiffraction-ID% possible all
2.777-2.84612133175
2.8461-2.923282611
2.923-3.00928171100
3.009-3.106128311100
3.1061-3.217128651100
3.2171-3.345928431100
3.3459-3.498128161100
3.4981-3.682428471100
3.6824-3.913128401100
3.9131-4.21528561100
4.215-4.63892793198
4.6389-5.30932780197
5.3093-6.68622856199
6.6862-47.16762747194

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-3000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2GDN

2gdn


解像度: 2.777→47.161 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7941 / SU ML: 0.41 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 27.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2597 2001 5.15 %random selected 5.15% of reflections
Rwork0.2454 ---
obs0.2462 38850 97.21 %-
all-38850 --
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.296 Å2 / ksol: 0.318 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 130.5 Å2 / Biso mean: 72.9417 Å2 / Biso min: 40.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-16.9949 Å2-0 Å2-14.9167 Å2
2---21.9337 Å20 Å2
3---4.9388 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.777→47.161 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7285 0 111 13 7409
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0117549
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.27710366
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071229
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081353
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1442533
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.777-2.84610.32461240.32842009213375
2.8461-2.9230.35491410.329326852826100
2.923-3.0090.30051430.296626742817100
3.009-3.10610.29751420.274426892831100
3.1061-3.21710.29691510.268427142865100
3.2171-3.34590.30581440.26926992843100
3.3459-3.49810.25581450.243126712816100
3.4981-3.68240.21651420.222527052847100
3.6824-3.91310.23421400.2227002840100
3.9131-4.2150.23331500.212927062856100
4.215-4.63890.23561470.20542646279398
4.6389-5.30930.23351450.23192635278097
5.3093-6.68620.3081440.27682712285699
6.6862-47.16760.25241430.25232604274794

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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