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万見
- PDB-3vf1: Structure of a calcium-dependent 11R-lipoxygenase suggests a mech... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vf1
タイトルStructure of a calcium-dependent 11R-lipoxygenase suggests a mechanism for Ca-regulation
要素11R-lipoxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / LOX / PLAT / beta sandwich / C2-like domain / non-heme iron / conformational change / dioxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / iron ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lipoxygenase, mammalian / Lipoxygenase-1; domain 5 / Lipoxygenase-1; Domain 5 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #60 / PLAT/LH2 domain / Lipoxygenase, conserved site / Lipoxygenases iron-binding region signature 2. / Lipoxygenase-1 / Lipoxygenase / Lipoxygenase, C-terminal ...Lipoxygenase, mammalian / Lipoxygenase-1; domain 5 / Lipoxygenase-1; Domain 5 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #60 / PLAT/LH2 domain / Lipoxygenase, conserved site / Lipoxygenases iron-binding region signature 2. / Lipoxygenase-1 / Lipoxygenase / Lipoxygenase, C-terminal / Lipoxigenase, C-terminal domain superfamily / Lipoxygenase / Lipoxygenase iron-binding catalytic domain profile. / Lipoxygenase homology 2 (beta barrel) domain / PLAT/LH2 domain / PLAT/LH2 domain superfamily / PLAT/LH2 domain / PLAT domain profile. / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / : / 11R-lipoxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Gersemia fruticosa (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.473 Å
データ登録者Eek, P. / Jarving, R. / Jarving, I. / Gilbert, N.C. / Newcomer, M.E. / Samel, N.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structure of a Calcium-dependent 11R-Lipoxygenase Suggests a Mechanism for Ca2+ Regulation.
著者: Eek, P. / Jarving, R. / Jarving, I. / Gilbert, N.C. / Newcomer, M.E. / Samel, N.
履歴
登録2012年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月23日Group: Database references
改定 1.22012年7月25日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 11R-lipoxygenase
B: 11R-lipoxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,0806
ポリマ－158,2842
非ポリマー7964
水8,683482
1
A: 11R-lipoxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,5403
ポリマ－79,1421
非ポリマー3982
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 11R-lipoxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,5403
ポリマ－79,1421
非ポリマー3982
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.800, 148.710, 117.330
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 119.160, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-932-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Auth seq-ID: 0 - 679 / Label seq-ID: 19 - 698

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1CHAIN A AND (RESSEQ 0:679 ) AND (NOT ELEMENT H)AA
2CHAIN B AND (RESSEQ 0:679 ) AND (NOT ELEMENT H)BB

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.995463, -0.004949, -0.095022), (-0.002316, -0.99709, 0.076193), (-0.095123, 0.076067, 0.992555)
ベクター: 8.85724, -50.879601, 2.5505)

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要素

#1: タンパク質 11R-lipoxygenase


分子量: 79141.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gersemia fruticosa (無脊椎動物) / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2N410
#2: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 482 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細AUTHORS STATE THIS IS DUE TO CDNA VARIATIONS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.48 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 11-12% PEG 3350, 15% sucrose, 0.1M bis-Tris HCl, pH 7.2, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97916 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月31日
放射モノクロメーター: SILICON / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.473→36.482 Å / Num. all: 59434 / Num. obs: 59434 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3 % / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.473-2.542.30.4741.5863138060.47484.6
2.54-2.612.50.4011.8988139800.40190.2
2.61-2.682.90.3781.91214442020.37898.1
2.68-2.763.20.3262.21301741180.32699.5
2.76-2.863.20.2492.91288140510.24999.6
2.86-2.963.20.1953.71231638780.19599.5
2.96-3.073.20.1654.41169436740.16599.4
3.07-3.193.20.1225.91153736430.12299.4
3.19-3.333.20.0977.51093034590.09799.1
3.33-3.53.20.08191043632910.08199.1
3.5-3.693.20.06111.9984131120.06199.1
3.69-3.913.20.05114.1956730040.05198.9
3.91-4.183.20.04415.9876327630.04498.7
4.18-4.513.20.04216.1820626010.04298.6
4.51-4.953.10.03916.6737223640.03998.1
4.95-5.533.10.04115.4658021410.04197.6
5.53-6.383.10.04316580018770.04398
6.38-7.823.10.03518.9496616010.03597.2
7.82-11.063.10.02622.4380312110.02696.9
11.06-36.48230.02424.419616580.02491.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.15データスケーリング
PHENIXdev_849精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
xia2データ削減
MrBUMP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.473→36.482 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.6 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2281 1912 3.33 %
Rwork0.2019 --
obs0.2027 57423 93.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.236 Å2 / ksol: 0.356 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 155.01 Å2 / Biso mean: 46.8301 Å2 / Biso min: 20.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.8114 Å20 Å2-9.7208 Å2
2---5.0843 Å2-0 Å2
3---7.8957 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.473→36.482 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10880 0 48 482 11410
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00511216
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.59815242
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0361664
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021946
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.4624116
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A5440X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.005
12B5440X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.005
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.473-2.53470.33571080.31693080318873
2.5347-2.60320.28551150.29633400351581
2.6032-2.67980.29731350.27863801393690
2.6798-2.76630.29381360.27243952408895
2.7663-2.86510.261380.25084070420896
2.8651-2.97980.30881430.23574026416996
2.9798-3.11530.2541420.22814135427797
3.1153-3.27950.24411350.21764131426698
3.2795-3.48480.26371470.20524125427298
3.4848-3.75360.19661440.18194168431298
3.7536-4.13090.20861470.16644140428798
4.1309-4.72750.16991390.15294198433798
4.7275-5.9520.18211410.17044141428297
5.952-36.48560.20191420.18454144428696

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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