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- PDB-3ve1: The 2.9 angstrom crystal structure of Transferrin binding protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ve1
タイトルThe 2.9 angstrom crystal structure of Transferrin binding protein B (TbpB) from serogroup B M982 Neisseria meningitidis in complex with human transferrin
要素
  • Serotransferrin
  • Transferrin-binding protein 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Transferrin receptor / iron acquisition / vaccine candidate / protein-protein complex / host pathogen interaction / Receptor / transferrin / Lipoprotein / Outermembrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


iron chaperone activity / Transferrin endocytosis and recycling / transferrin receptor binding / basal part of cell / positive regulation of cell motility / endocytic vesicle / positive regulation of bone resorption / clathrin-coated pit / positive regulation of phosphorylation / ERK1 and ERK2 cascade ...iron chaperone activity / Transferrin endocytosis and recycling / transferrin receptor binding / basal part of cell / positive regulation of cell motility / endocytic vesicle / positive regulation of bone resorption / clathrin-coated pit / positive regulation of phosphorylation / ERK1 and ERK2 cascade / ferric iron binding / osteoclast differentiation / basal plasma membrane / actin filament organization / cellular response to iron ion / cell outer membrane / Post-translational protein phosphorylation / Iron uptake and transport / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ferrous iron binding / regulation of protein stability / regulation of iron ion transport / HFE-transferrin receptor complex / recycling endosome / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / late endosome / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Platelet degranulation / Clathrin-mediated endocytosis / iron ion transport / antibacterial humoral response / cytoplasmic vesicle / secretory granule lumen / intracellular iron ion homeostasis / vesicle / blood microparticle / early endosome / endosome membrane / apical plasma membrane / endoplasmic reticulum lumen / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Lipocalin - #240 / Lipocalin - #250 / Transferrin-binding protein B, C-lobe handle domain / TbpB, C-lobe handle domain superfamily / C-lobe handle domain of Tf-binding protein B / Transferrin-binding protein B, N-lobe handle / TbpB, N-lobe handle domain superfamily / N-Lobe handle Tf-binding protein B / Transferrin-binding protein B, C-lobe/N-lobe beta barrel domain / C-lobe and N-lobe beta barrels of Tf-binding protein B ...Lipocalin - #240 / Lipocalin - #250 / Transferrin-binding protein B, C-lobe handle domain / TbpB, C-lobe handle domain superfamily / C-lobe handle domain of Tf-binding protein B / Transferrin-binding protein B, N-lobe handle / TbpB, N-lobe handle domain superfamily / N-Lobe handle Tf-binding protein B / Transferrin-binding protein B, C-lobe/N-lobe beta barrel domain / C-lobe and N-lobe beta barrels of Tf-binding protein B / Porin - #90 / Serotransferrin, mammalian / Transferrin-like domain signature 2. / Transferrin family, iron binding site / Transferrin-like domain signature 1. / Transferrin-like domain signature 3. / Transferrin-like domain / Transferrin / Transferrin / Transferrin-like domain profile. / Transferrin / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Porin / Lipocalin / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBONATE ION / : / Serotransferrin / Transferrin-binding protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis serogroup B (髄膜炎菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.956 Å
データ登録者Calmettes, C. / Moraes, T.F.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: The structural basis of transferrin sequestration by transferrin-binding protein B.
著者: Calmettes, C. / Alcantara, J. / Yu, R.H. / Schryvers, A.B. / Moraes, T.F.
履歴
登録2012年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月5日Group: Database references
改定 1.22013年9月18日Group: Derived calculations

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transferrin-binding protein 2
B: Serotransferrin
C: Transferrin-binding protein 2
D: Serotransferrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)294,81521
ポリマ－293,3864
非ポリマー1,42917
水3,657203
1
A: Transferrin-binding protein 2
B: Serotransferrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,54612
ポリマ－146,6932
非ポリマー85310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Transferrin-binding protein 2
D: Serotransferrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,2699
ポリマ－146,6932
非ポリマー5767
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)128.023, 153.509, 169.511
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21D
12A
22C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain B and (resseq 3:212 or resseq 219:333 or resseq...B3 - 212
121chain B and (resseq 3:212 or resseq 219:333 or resseq...B219 - 333
131chain B and (resseq 3:212 or resseq 219:333 or resseq...B337 - 348
141chain B and (resseq 3:212 or resseq 219:333 or resseq...B350 - 679
211chain D and (resseq 3:212 or resseq 219:333 or resseq...D3 - 212
221chain D and (resseq 3:212 or resseq 219:333 or resseq...D219 - 333
231chain D and (resseq 3:212 or resseq 219:333 or resseq...D337 - 348
241chain D and (resseq 3:212 or resseq 219:333 or resseq...D350 - 679
112chain A and (resseq 39:109 or resseq 121:267 or resseq...A39 - 109
122chain A and (resseq 39:109 or resseq 121:267 or resseq...A121 - 267
132chain A and (resseq 39:109 or resseq 121:267 or resseq...A271 - 297
142chain A and (resseq 39:109 or resseq 121:267 or resseq...A303 - 350
152chain A and (resseq 39:109 or resseq 121:267 or resseq...A376 - 417
162chain A and (resseq 39:109 or resseq 121:267 or resseq...A436 - 446
172chain A and (resseq 39:109 or resseq 121:267 or resseq...A476 - 499
182chain A and (resseq 39:109 or resseq 121:267 or resseq...A520 - 620
192chain A and (resseq 39:109 or resseq 121:267 or resseq...A629 - 658
1102chain A and (resseq 39:109 or resseq 121:267 or resseq...A675 - 689
212chain C and (resseq 39:109 or resseq 121:267 or resseq...C39 - 109
222chain C and (resseq 39:109 or resseq 121:267 or resseq...C121 - 267
232chain C and (resseq 39:109 or resseq 121:267 or resseq...C271 - 297
242chain C and (resseq 39:109 or resseq 121:267 or resseq...C303 - 350
252chain C and (resseq 39:109 or resseq 121:267 or resseq...C376 - 417
262chain C and (resseq 39:109 or resseq 121:267 or resseq...C436 - 446
272chain C and (resseq 39:109 or resseq 121:267 or resseq...C476 - 499
282chain C and (resseq 39:109 or resseq 121:267 or resseq...C520 - 620
292chain C and (resseq 39:109 or resseq 121:267 or resseq...C629 - 658
2102chain C and (resseq 39:109 or resseq 121:267 or resseq...C675 - 689

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999582, -0.015095, -0.024649), (0.013577, -0.998068, 0.060633), (-0.025517, 0.060273, 0.997856)61.490299, -78.006401, 2.23577
2given(-0.997995, -0.023213, -0.058881), (0.019266, -0.997584, 0.06674), (-0.060288, 0.065472, 0.996032)59.4758, -77.953003, 5.15397

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Transferrin-binding protein 2 / TBP-2


分子量: 71406.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis serogroup B (髄膜炎菌)
株: M982 / 遺伝子: tbpB, tbp2 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q09057
#2: タンパク質 Serotransferrin / Transferrin / Beta-1 metal-binding globulin / Siderophilin


分子量: 75286.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TF, PRO1400 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P02787

-
非ポリマー , 4種, 220分子

#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン


分子量: 60.009 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#5: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

配列の詳細AUTHOR STATES THAT THE THE DIFFERENCES WITH UNP REFERENCE ARE NATURAL VARIANTS

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M sodium cacodylate pH 6.5, 14% PEG 3350, 0.1M sodium malonate, and 20% glycerol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→40 Å / Num. obs: 70285 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Χ2: 1.733 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.95-3.0610.70.6469281.0021100
3.06-3.1810.70.45269591.0631100
3.18-3.3210.70.31369491.1291100
3.32-3.510.70.22269462.2151100
3.5-3.7210.70.15469831.4441100
3.72-410.70.11569951.6291100
4-4.4110.60.08670051.8671100
4.41-5.0410.40.07570382.3921100
5.04-6.3510.20.07871212.4941100
6.35-409.80.04973612.146199.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.92 Å39.61 Å
Translation2.92 Å39.61 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.956→37.928 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.8072 / SU ML: 0.86 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2488 2497 3.56 %
Rwork0.2072 --
obs0.2087 70132 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.62 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 228.95 Å2 / Biso mean: 68.9381 Å2 / Biso min: 11.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.3853 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.0857 Å20 Å2
3----2.2996 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.956→37.928 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18938 0 88 203 19229
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0119511
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.40926242
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1052754
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063444
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6437201
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11B5166X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.091
12D5166X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.091
21A4041X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.062
22C4041X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.062
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9559-3.01280.4041270.3173482360993
3.0128-3.07420.3591380.29837263864100
3.0742-3.14110.3621380.281337163854100
3.1411-3.21410.31061380.271237353873100
3.2141-3.29440.29481360.25337103846100
3.2944-3.38340.28891390.236837533892100
3.3834-3.48290.29561380.227837403878100
3.4829-3.59530.26791380.219237513889100
3.5953-3.72370.25131380.217437393877100
3.7237-3.87260.28351400.209737613901100
3.8726-4.04870.25421380.193637483886100
4.0487-4.26190.20491400.17737893929100
4.2619-4.52850.2071390.166537653904100
4.5285-4.87750.17741390.156237853924100
4.8775-5.36710.20811410.182737933934100
5.3671-6.14090.28271410.211138333974100
6.1409-7.72610.23381430.201838533996100
7.7261-37.93140.20291460.19163956410298
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.85452.6804-1.47622.1108-0.99481.47580.0469-0.3677-0.18120.1597-0.0958-0.33190.00840.08030.01160.42330.1102-0.05630.4052-0.21420.468853.5754-66.6188-23.9779
25.64722.4644-3.94077.8483-3.38323.1583-0.95531.16641.67130.2901-1.7154-1.4285-1.09293.17142.43490.6452-0.1606-0.06971.2833-0.00671.337541.9697-50.9752-31.4567
31.63690.8311-0.53171.7509-0.60931.5802-0.10.22920.0222-0.060.1128-0.15010.0809-0.1488-0.01790.35860.09780.02530.3867-0.16870.3145.9703-67.6817-34.8124
40.43921.4151-1.86285.4567-7.22039.5523-0.11111.3958-0.0077-1.7599-1.07611.23911.19020.61090.82521.32860.0431-0.27581.1596-0.21930.88843.7142-59.2172-55.8959
52.03280.1371-1.0182.43020.3053.4676-0.230.4825-0.3784-0.12190.1838-0.47510.41760.05130.0310.4509-0.02690.00090.4366-0.2090.406643.6636-78.0253-37.043
65.95651.76021.74995.4355-0.05936.62120.5761-0.7079-0.30271.184-0.4537-0.997-0.04660.1825-0.17670.5929-0.1849-0.13350.5023-0.00890.494836.1919-87.4978-9.3856
73.02860.37290.81952.29250.54292.37660.4532-0.8346-0.9441.4866-0.40620.19760.6902-0.3452-0.05181.0882-0.5192-0.04470.6595-0.02010.532122.6039-99.6462-3.9552
86.15561.26190.79512.7287-2.14762.25850.5832-0.2365-1.16030.0792-0.7140.7232-0.31590.46070.02670.7454-0.2308-0.08770.4989-0.10770.428126.7375-102.8137-7.3976
94.8963-1.0559-0.10674.9350.10853.99450.05720.22170.1119-0.01260.0599-0.11810.09190.2266-0.09790.23240.0909-0.01290.1951-0.0390.177410.4449-60.7556-11.6105
104.64150.9323-0.17463.3493-0.73994.74270.20760.48840.0434-0.1341-0.00230.69410.3301-0.5867-0.18340.24890.0559-0.04910.39470.07080.3802-21.6934-62.7024-16.7513
115.9772-1.6760.29233.5077-0.31582.72530.47860.6580.1954-0.1421-0.3159-0.05030.21180.0985-0.13060.3224-0.00140.01990.32770.01310.12843.4503-60.2535-17.7843
122.55170.1512-0.2973.27230.0491.9412-0.19270.30850.1823-0.5890.32470.1528-0.00280.1371-0.07750.3474-0.0721-0.16450.3980.20480.3461.6538-38.8826-48.3751
133.23050.0658-0.31831.60750.14823.7141-0.0430.29240.32-0.87650.09320.6537-0.10680.0129-0.0310.3493-0.1222-0.25720.43660.18220.5341-7.9928-41.2148-44.4253
142.5854-0.35730.96990.9778-0.12281.29990.0705-0.30510.71090.1226-0.09860.97520.0467-0.1121-0.03260.21270.0341-0.03440.40350.24210.87749.103-12.2241-26.2962
152.6651.2979-2.29224.2363.02176.7151-0.7532-0.1825-1.97650.26560.27620.07561.03480.52560.50480.63990.07730.59411.4273-0.21561.626520.9978-28.5663-30.8711
160.92560.66020.21942.52080.84571.3887-0.29460.18990.1795-0.21520.23410.5550.04040.03230.06950.3480.0453-0.07970.41960.23840.590617.2457-11.9383-36.8149
176.88130.6189-2.12918.6463-3.69249.60640.2051.2358-0.2488-1.5118-1.3425-0.0547-0.02780.60540.98940.8747-0.2771-0.13931.05510.08880.762420.0794-22.4654-58.4446
181.5470.97580.63362.79430.79242.6457-0.02540.23370.4939-0.23770.11340.7056-0.3266-0.0374-0.1320.2964-0.0107-0.01780.30440.22380.671622.78461.9639-29.2666
193.28251.07040.41473.5411-0.99164.12330.0979-0.48110.30840.9883-0.4620.5626-0.4779-0.23180.30860.7307-0.13430.30830.3943-0.04510.741430.845117.8012-8.3977
208.51671.56745.20817.80672.30323.442-0.1261-1.20630.82382.1246-0.6070.42490.56660.66120.77350.9022-0.27880.11260.5710.05670.558943.878821.2616-4.6725
215.39260.3911.28894.34012.2413.81460.2014-0.92510.16741.24250.1430.26980.1862-0.0771-0.27980.7397-0.17310.18190.50090.07610.617239.024118.1013-5.9417
226.2172-1.4867-0.85794.8903-0.64543.87780.14470.1212-0.3327-0.03710.0370.44850.0855-0.0944-0.19750.33280.0891-0.06150.1548-0.0210.234951.4388-17.3645-11.275
234.7752-0.230.20732.89160.95743.43530.620.79130.2121-0.2901-0.574-0.6016-0.22930.5568-0.05510.32650.20910.08730.38560.06210.222983.9428-15.0978-16.251
244.7262-0.57-0.36712.66080.40982.49560.53920.5056-0.1737-0.2183-0.40210.10270.0839-0.1983-0.10420.32150.0582-0.030.3392-0.02780.117759.9695-18.9534-17.6259
253.50080.05720.42383.4555-0.27682.845-0.21650.4340.02-0.39720.30070.0188-0.0926-0.1708-0.08670.42410.05480.05920.4018-0.13290.285762.1381-41.4558-46.5785
262.66550.30560.33424.23411.03094.1135-0.11880.5823-0.0484-0.63490.0039-0.4899-0.2526-0.25210.06920.4346-0.0130.02520.3654-0.14840.252869.5284-36.8825-42.8683
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain C and resid 38:106)C38 - 106
2X-RAY DIFFRACTION2(chain C and resid 107:121)C107 - 121
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resid 122:262)C122 - 262
4X-RAY DIFFRACTION4(chain C and resid 263:272)C263 - 272
5X-RAY DIFFRACTION5(chain C and resid 273:349)C273 - 349
6X-RAY DIFFRACTION6(chain C and resid 350:534)C350 - 534
7X-RAY DIFFRACTION7(chain C and resid 535:658)C535 - 658
8X-RAY DIFFRACTION8(chain C and resid 675:691)C675 - 691
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 3:92)B3 - 92
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 93:248)B93 - 248
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 249:338)B249 - 338
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 339:601)B339 - 601
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 602:678)B602 - 678
14X-RAY DIFFRACTION14(chain A and resid 38:107)A38 - 107
15X-RAY DIFFRACTION15(chain A and resid 108:121)A108 - 121
16X-RAY DIFFRACTION16(chain A and resid 122:263)A122 - 263
17X-RAY DIFFRACTION17(chain A and resid 264:271)A264 - 271
18X-RAY DIFFRACTION18(chain A and resid 272:440)A272 - 440
19X-RAY DIFFRACTION19(chain A and resid 441:590)A441 - 590
20X-RAY DIFFRACTION20(chain A and resid 591:619)A591 - 619
21X-RAY DIFFRACTION21(chain A and resid 620:689)A620 - 689
22X-RAY DIFFRACTION22(chain D and resid 3:91)D3 - 91
23X-RAY DIFFRACTION23(chain D and resid 92:245)D92 - 245
24X-RAY DIFFRACTION24(chain D and resid 246:340)D246 - 340
25X-RAY DIFFRACTION25(chain D and resid 341:609)D341 - 609
26X-RAY DIFFRACTION26(chain D and resid 610:679)D610 - 679

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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