PDB-3vdl: Crystal structure of circumsporozoite protein aTSR domain, P43212 form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3vdl

タイトル

Crystal structure of circumsporozoite protein aTSR domain, P43212 form

要素

Circumsporozoite (CS) protein

キーワード

CELL INVASION / TSR / aTSR

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell surface binding / symbiont entry into host / entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / heparan sulfate proteoglycan binding / side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.04 Å

データ登録者

Doud, M.B. / Koksal, A.C. / Mi, L.Z. / Song, G. / Lu, C. / Springer, T.A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Unexpected fold in the circumsporozoite protein target of malaria vaccines.
著者: Doud, M.B. / Koksal, A.C. / Mi, L.Z. / Song, G. / Lu, C. / Springer, T.A.

履歴

登録	2012年1月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年5月16日	Group: Database references
改定 1.2	2012年5月30日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3vdl.cif.gz	100 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3vdl.ent.gz	78.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3vdl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3vdl_validation.pdf.gz	435.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3vdl_full_validation.pdf.gz	436.9 KB	表示
XML形式データ	3vdl_validation.xml.gz	10.4 KB	表示
CIF形式データ	3vdl_validation.cif.gz	13.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/3vdl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/3vdl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3vdjC 3vdkSC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3vdk-d 3vdj-d 3q0h-1 2yxf-d 1wv8-d 3ekc-d 2e3v-1 1lds-d 1ocp-d 4rmv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Circumsporozoite (CS) protein

B: Circumsporozoite (CS) protein

C: Circumsporozoite (CS) protein

26.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Circumsporozoite (CS) protein

登録者が定義した集合体
8.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Circumsporozoite (CS) protein

登録者が定義した集合体
8.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Circumsporozoite (CS) protein

登録者が定義した集合体
8.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.372, 63.372, 118.164
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-409- HOH
2	1	B-423- HOH

#1: タンパク質	Circumsporozoite (CS) protein 分子量: 8902.075 Da / 分子数: 3 / 断片: alpha-TSR domain (UNP residues 310-374) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 株: 3D7 / 遺伝子: PFC0210c / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: Q7K740
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.06 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: 1.4 M sodium citrate, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月15日
放射	モノクロメーター: single crystal Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.04→50 Å / Num. all: 15991 / Num. obs: 15557 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 11.3 % / B_iso Wilson estimate: 37.2 Å² / R_sym value: 0.096 / Net I/σ(I): 21.6
反射シェル	解像度: 2.04→2.11 Å / R_merge(I) obs: 0.694 / Mean I/σ(I) obs: 1.44 / Num. unique all: 15611 / % possible all: 74.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3VDK

3vdk

解像度: 2.04→43.214 Å / SU ML: 0.65 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.69 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2403	781	5.02 %	RANDOM
R_work	0.1936	-	-	-
obs	0.196	15551	97.21 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.8534 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	7.8534 Å²	0 Å²
3-	-	-	12.6338 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.04→43.214 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1701	0	0	90	1791

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1743
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.04	2337
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.525	684
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	246
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	303

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.04-2.1675	0.3232	106	0.2676	2045	X-RAY DIFFRACTION	83
2.1675-2.3348	0.2674	145	0.27	2461	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3348-2.5698	0.2518	135	0.2081	2487	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5698-2.9416	0.2145	121	0.1877	2523	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9416-3.7058	0.2256	139	0.1729	2550	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7058-43.2241	0.2417	135	0.1843	2704	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.7455	-0.8873	-5.385	2.4484	0.2726	5.1718	0.1302	1.1955	0.2101	-0.2455	0.2208	0.3554	-0.4669	-0.7089	-0.3285	0.2651	0.0263	0.0359	0.3509	-0.0142	0.2134	17.032	1.9099	-22.7786
2	4.2678	2.1004	1.7951	6.9686	-2.1959	3.8021	0.0151	-0.3467	0.1661	0.7503	-0.0752	0.4758	-0.0197	-0.0435	0.1895	0.2582	0.0481	0.0522	0.176	-0.0305	0.3691	-1.357	3.5994	-14.6954
3	5.0859	-1.5993	2.069	3.2353	-1.0127	5.1145	-0.1404	-0.4215	0.5332	0.3469	0.044	0.2051	-0.5295	-0.258	0.1025	0.2655	0.0142	0.1084	0.1573	-0.034	0.3576	2.2668	7.3992	-14.8556
4	5.4843	-5.8139	5.9947	8.3725	-6.4527	6.556	0.9279	0.2275	-0.0856	-0.7035	-0.5558	0.4319	0.6561	-0.5067	-0.2527	0.4696	0.0397	0.1161	0.2851	0.0392	0.5989	-6.8092	-1.2259	-22.3718
5	3.0667	-2.1554	2.2267	6.1632	0.4461	2.6832	-0.1789	0.2238	0.579	-0.2999	-0.0136	0.1522	-0.4002	0.0115	0.2072	0.249	-0.0315	0.034	0.1958	0.0141	0.2522	3.4809	-16.1706	-15.9819
6	5.8439	-0.4466	1.628	5.4062	3.9468	3.5395	0.3147	-0.9434	-0.4956	0.8896	-0.1811	0.9892	0.0775	-0.6936	-0.0271	0.1911	-0.0356	0.1529	0.3201	0.1138	0.4159	-5.827	-22.9894	-10.2251
7	2.9061	0.5078	-0.0248	4.8938	3.8371	3.7032	0.3007	-0.2088	0.566	0.7672	-0.1622	-0.1742	0.1434	-0.2619	-0.1018	0.222	0.0097	0.044	0.2679	0.1038	0.2741	-3.9966	-12.8058	-10.5481
8	3.4525	0.0249	-4.8287	6.9699	-2.5605	7.7312	-0.0818	0.0802	-0.4665	-0.3767	-0.2012	0.402	0.272	-0.2355	0.3093	0.3267	-0.0349	-0.0562	0.2763	0.0054	0.372	-0.6358	-29.1708	-20.8588
9	5.3677	-2.5784	-2.0966	4.8109	5.8659	8.4668	0.1203	-0.0248	0.1345	-0.1886	-0.4317	1.2916	-0.0316	-0.775	0.2927	0.2789	-0.0124	-0.0324	0.2932	0.0742	0.4391	-6.6378	-17.2559	-18.3038
10	2.0385	0.0178	1.71	3.5925	1.5748	2.1111	-0.0905	-0.9527	0.023	1.1343	0.6693	0.0485	-0.8565	-0.018	-0.3283	0.8603	0.0601	0.424	0.4327	-0.0515	0.8266	-4.486	0.268	-3.746
11	6.9835	3.2913	3.7998	8.1673	8.0994	8.0794	-0.1331	0.5234	0.2808	-1.0668	0.732	-0.4327	-0.0128	0.8359	-0.2106	0.4008	-0.0382	0.0242	0.3162	0.0957	0.1846	8.2124	-20.0078	-22.3264
12	5.4497	2.3644	-2.0925	5.6896	-1.2071	2.6925	-0.0177	-0.1371	-0.0771	-0.0294	-0.0919	-0.1827	0.1166	0.1152	0.0823	0.2225	0.0086	-0.0114	0.1556	-0.0521	0.1372	21.3215	-7.242	-16.165
13	4.2513	-3.5178	1.8851	8.5386	-1.179	2.2774	-0.1272	-0.6929	0.0577	1.4411	0.1663	1.1052	0.2736	-1.4896	-0.0845	0.5147	-0.0872	0.2067	0.6674	0.0195	0.4116	5.5738	-17.7571	-3.0513

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 306:312)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 313:332)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 333:376)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resseq 306:312)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 313:327)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 328:332)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 333:346)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 347:359)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 360:370)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 371:376)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resseq 306:312)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resseq 313:370)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resseq 371:376)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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