[日本語] English
万見
- PDB-3vdi: Structure of the FMO protein from Pelodictyon phaeum -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vdi
タイトルStructure of the FMO protein from Pelodictyon phaeum
要素bacteriochlorophyll A protein
キーワードPHOTOSYNTHESIS / alpha/beta protein / energy transfer
機能・相同性Bacteriochlorophyll-a Protein / Bacteriochlorophyll A / Clam / Mainly Beta / BACTERIOCHLOROPHYLL A
機能・相同性情報
生物種Pelodictyon phaeum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Tronrud, D.E. / Larson, C.R. / Seng, C.O. / Lauman, L. / Matthies, H.J. / Wen, J. / Blankenship, R.E. / Allen, J.P.
引用
ジャーナル: Photosynth.Res. / 年: 2012
タイトル: Reinterpretation of the electron density at the site of the eighth bacteriochlorophyll in the FMO protein from Pelodictyon phaeum.
著者: Tronrud, D.E. / Allen, J.P.
#1: ジャーナル: Photosynth.Res. / 年: 2011
タイトル: The Three-Dimensional Structure of the Fmo Protein from Pelodictyon Phaeum and the Implications for Energy Transfer.
著者: Larson, C.R. / Seng, C.O. / Lauman, L. / Matthies, H.J. / Wen, J. / Blankenship, R.E. / Allen, J.P.
履歴
登録2012年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2012年1月25日ID: 3OEG
改定 1.02012年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月11日Group: Database references
改定 1.22012年5月9日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: bacteriochlorophyll A protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,77712
ポリマ－40,6201
非ポリマー7,15711
水3,657203
1
A: bacteriochlorophyll A protein
ヘテロ分子

A: bacteriochlorophyll A protein
ヘテロ分子

A: bacteriochlorophyll A protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,33236
ポリマ－121,8593
非ポリマー21,47233
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area53560 Å2
ΔGint-271 kcal/mol
Surface area37520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.967, 83.967, 115.724
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1137-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 bacteriochlorophyll A protein


分子量: 40619.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pelodictyon phaeum (バクテリア)
#2: 化合物
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A


分子量: 911.504 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6
#3: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 mM HEPES, pH 7.5, 16% PEG2000 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.0809 / 波長: 1.0809 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月1日
放射モノクロメーター: horizontal focusing sagittal bend second mono crystal with 4:1 magnification ratio and vertically focusing mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→48 Å / Num. all: 29980 / Num. obs: 29980 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 23.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.186
反射 シェル解像度: 1.99→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHENIXモデル構築
BUSTER2.8.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3EOJ

3eoj


解像度: 1.99→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9465 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9375 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1902 1523 5.08 %RANDOM
Rwork0.1621 ---
all0.1635 31719 --
obs0.1635 29980 --
原子変位パラメータBiso mean: 23.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.3388 Å20 Å20 Å2
2--1.3388 Å20 Å2
3----2.6777 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.174 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2767 0 500 203 3470
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1156SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes122HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes457HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3405HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd4SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion410SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies2HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3711SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3405HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4707HARMONIC21.05
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.74
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.32
LS精密化 シェル解像度: 1.99→2.06 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2132 148 5.47 %
Rwork0.1776 2556 -
all0.1797 2704 -
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -24.1847 Å / Origin y: 34.0687 Å / Origin z: 24.3031 Å
111213212223313233
T-0.0188 Å2-0.0189 Å2-0.0188 Å2-0.0158 Å20.028 Å2---0.0721 Å2
L0.2839 °2-0.0133 °2-0.044 °2-0.2971 °2-0.0071 °2--0.4019 °2
S-0.045 Å °-0.0019 Å °0.059 Å °0.007 Å °-0.0292 Å °-0.081 Å °-0.0533 Å °0.0898 Å °0.0741 Å °
精密化 TLSグループSelection details: {A|*}

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る