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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3vcf | ||||||
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タイトル | SSV1 integrase C-terminal catalytic domain (174-335aa) | ||||||
![]() | Probable integrase | ||||||
![]() | RECOMBINATION / catalyzes site-specific integration | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / transferase activity / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / symbiont entry into host cell / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ouyang, S. / Liang, W. / Huang, L. / Liu, Z.-J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and functional characterization of the C-terminal catalytic domain of SSV1 integrase. 著者: Zhan, Z. / Ouyang, S. / Liang, W. / Zhang, Z. / Liu, Z.J. / Huang, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 73.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 58.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 431.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 434.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19253.510 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domain (residues 174-335) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.63 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: 0.056M NaH2PO4, 1.35M K2HPO4, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月22日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→34.11 Å / Num. obs: 16941 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 31.45 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.95 Å / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 26.172 Å2 / ksol: 0.362 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 93.56 Å2 / Biso mean: 28.1218 Å2 / Biso min: 7.38 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→34.11 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6 / % reflection obs: 100 %
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