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万見
- PDB-3vcd: Computationally Designed Self-assembling Octahedral Cage protein,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vcd
タイトルComputationally Designed Self-assembling Octahedral Cage protein, O333, Crystallized in space group R32
要素Propanediol utilization polyhedral body protein PduT
キーワードELECTRON TRANSPORT / self assembling octahedral cage design
機能・相同性
機能・相同性情報


propanediol degradation polyhedral organelle / propanediol catabolic process / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bacterial microcompartment shell protein PduT / BMC (bacterial microcompartment) domain / CcmK/CsoS1, bacterial microcompartment domain / Bacterial microcompartment (BMC) domain profile. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / CcmK-like superfamily / BMC / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Bacterial microcompartment shell protein PduT
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Sawaya, M.R. / King, N.P. / Sheffler, W. / Baker, D. / Yeates, T.O.
引用ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: Computational design of self-assembling protein nanomaterials with atomic level accuracy.
著者: Neil P King / William Sheffler / Michael R Sawaya / Breanna S Vollmar / John P Sumida / Ingemar André / Tamir Gonen / Todd O Yeates / David Baker /
要旨: We describe a general computational method for designing proteins that self-assemble to a desired symmetric architecture. Protein building blocks are docked together symmetrically to identify ...We describe a general computational method for designing proteins that self-assemble to a desired symmetric architecture. Protein building blocks are docked together symmetrically to identify complementary packing arrangements, and low-energy protein-protein interfaces are then designed between the building blocks in order to drive self-assembly. We used trimeric protein building blocks to design a 24-subunit, 13-nm diameter complex with octahedral symmetry and a 12-subunit, 11-nm diameter complex with tetrahedral symmetry. The designed proteins assembled to the desired oligomeric states in solution, and the crystal structures of the complexes revealed that the resulting materials closely match the design models. The method can be used to design a wide variety of self-assembling protein nanomaterials.
履歴
登録2012年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月13日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Propanediol utilization polyhedral body protein PduT
B: Propanediol utilization polyhedral body protein PduT
C: Propanediol utilization polyhedral body protein PduT
D: Propanediol utilization polyhedral body protein PduT
E: Propanediol utilization polyhedral body protein PduT
F: Propanediol utilization polyhedral body protein PduT
G: Propanediol utilization polyhedral body protein PduT
H: Propanediol utilization polyhedral body protein PduT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,24635
ポリマ－159,7138
非ポリマー2,53327
水6,756375
1
A: Propanediol utilization polyhedral body protein PduT
B: Propanediol utilization polyhedral body protein PduT
C: Propanediol utilization polyhedral body protein PduT
D: Propanediol utilization polyhedral body protein PduT
E: Propanediol utilization polyhedral body protein PduT
F: Propanediol utilization polyhedral body protein PduT
G: Propanediol utilization polyhedral body protein PduT
H: Propanediol utilization polyhedral body protein PduT
ヘテロ分子

A: Propanediol utilization polyhedral body protein PduT
B: Propanediol utilization polyhedral body protein PduT
C: Propanediol utilization polyhedral body protein PduT
D: Propanediol utilization polyhedral body protein PduT
E: Propanediol utilization polyhedral body protein PduT
F: Propanediol utilization polyhedral body protein PduT
G: Propanediol utilization polyhedral body protein PduT
H: Propanediol utilization polyhedral body protein PduT
ヘテロ分子

A: Propanediol utilization polyhedral body protein PduT
B: Propanediol utilization polyhedral body protein PduT
C: Propanediol utilization polyhedral body protein PduT
D: Propanediol utilization polyhedral body protein PduT
E: Propanediol utilization polyhedral body protein PduT
F: Propanediol utilization polyhedral body protein PduT
G: Propanediol utilization polyhedral body protein PduT
H: Propanediol utilization polyhedral body protein PduT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)486,737105
ポリマ－479,13824
非ポリマー7,59981
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area72410 Å2
ΔGint-1564 kcal/mol
Surface area147210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.920, 137.920, 560.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質
Propanediol utilization polyhedral body protein PduT


分子量: 19964.084 Da / 分子数: 8
変異: K15A, C38S, M67L, N148A, N149L, E156S, E160A, K161Y, R167A, V169L
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica (サルモネラ菌)
遺伝子: PduT / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: E7V033, UniProt: Q9XDM8*PLUS
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 375 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.71 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.8M sodium phosphate monobasic, 1.2M potassium phosphate dibasic, 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, 10 mM L-proline, crystal soaked in 2M lithium sulfate as cryoprotectant, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: 0.8M sodium phosphate monobasic, 1.2M potassium phosphate dibasic, 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, 10 mM L-proline, crystal soaked in 2M lithium sulfate as cryoprotectant, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月16日
放射モノクロメーター: Cryo-Cooled Si(111) double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→100 Å / Num. all: 81734 / Num. obs: 81734 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 72.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.35-2.433.70.50975161.097188.5
2.43-2.533.80.36375231.079188.3
2.53-2.653.90.2974521.09187.5
2.65-2.793.90.20274321.071187.1
2.79-2.968.40.2184560.894199.2
2.96-3.198.80.13885660.9171100
3.19-3.518.80.185871.0231100
3.51-4.028.80.08486071.0691100
4.02-5.068.60.05886910.9771100
5.06-1008.20.0489041.005199.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 45.8 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.7 Å19.83 Å
Translation3.7 Å19.83 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→81.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9617 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9446 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU R Cruickshank DPI: 0.232 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2129 4055 4.96 %RANDOM
Rwork0.1805 ---
all0.1821 81684 --
obs0.1821 81684 94.97 %-
原子変位パラメータBiso max: 179.18 Å2 / Biso mean: 70.1529 Å2 / Biso min: 36.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.0813 Å20 Å20 Å2
2---2.0813 Å20 Å2
3---4.1626 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.339 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→81.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10496 0 131 375 11002
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3598SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes200HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1578HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10728HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1474SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact12764SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d10728HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg14586HARMONIC21.17
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.08
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.26
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2497 277 5.01 %
Rwork0.2225 5253 -
all0.2239 5530 -
obs--94.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1779-1.1103-2.75011.02591.52114.89060.27270.44310.0779-0.2871-0.2438-0.0072-0.5629-0.3517-0.0289-0.08530.10750.0825-0.0630.0334-0.0971-10.572249.4795122.702
23.12641.39052.12122.46941.3124.16650.0257-0.0693-0.00430.03920.074-0.0921-0.36230.1766-0.0997-0.0316-0.0670.0978-0.148-0.0335-0.180717.857739.3416108.591
37.3858-1.0628-0.46261.60930.14120.847-0.0208-0.47790.2954-0.036-0.02150.2201-0.0889-0.19340.0423-0.0733-0.0368-0.0301-0.1097-0.0405-0.119617.451350.3858140.345
41.1682-0.096-0.6191.01770.99574.6266-0.0904-0.0249-0.07070.16880.0264-0.04130.09060.05880.064-0.08820.0087-0.0182-0.08620.006-0.050749.5548-1.9446158.123
51.10010.46440.06713.0801-2.30884.7196-0.01890.02730.19450.09910.1203-0.1351-0.6784-0.2-0.1014-0.00050.02610.0518-0.10380.0041-0.180634.942524.8803172.211
61.5664-3.41510.08388.41930.45860.09230.12620.01180.1907-0.4952-0.0359-0.7191-0.05020.1036-0.0903-0.0682-0.04110.0361-0.13980.0744-0.060846.371126.1496140.748
72.52342.16990.03213.91-0.39041.40830.03640.0126-0.35990.09550.0278-0.06430.2473-0.0809-0.0642-0.1725-0.0151-0.00820.0295-0.0138-0.11718.8974-3.9727190.634
82.37791.8392-0.08452.327-0.01310.5006-0.06170.14060.2009-0.14690.08720.3354-0.0984-0.1403-0.0255-0.053-0.0175-0.0277-0.08180.01710.0008-7.635817.578691.0437
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A2 - 185
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B2 - 184
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C2 - 184
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D2 - 184
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E2 - 185
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F2 - 184
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }G2 - 184
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }H2 - 184

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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