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- PDB-3vc7: Crystal Structure of a putative oxidoreductase from Sinorhizobium... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vc7
タイトルCrystal Structure of a putative oxidoreductase from Sinorhizobium meliloti 1021
要素Putative oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素 / oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Sinorhizobium meliloti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.231 Å
データ登録者Ghosh, A. / Bhoshle, R. / Toro, R. / Gizzi, A. / Hillerich, B. / Seidel, R. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of a putative oxidoreductase protein from Sinorhizobium meliloti 1021
著者: Ghosh, A. / Bhoshle, R. / Toro, R. / Gizzi, A. / Hillerich, B. / Almo, S.C.
履歴
登録2012年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月2日Group: Other
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative oxidoreductase
B: Putative oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5574
ポリマ－53,3732
非ポリマー1842
水1,964109
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3350 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area20240 Å2
手法PISA
2
A: Putative oxidoreductase
ヘテロ分子

A: Putative oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5574
ポリマ－53,3732
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area20210 Å2
手法PISA
3
B: Putative oxidoreductase
ヘテロ分子

B: Putative oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5574
ポリマ－53,3732
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area2910 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area20850 Å2
手法PISA
4
A: Putative oxidoreductase
B: Putative oxidoreductase
ヘテロ分子

A: Putative oxidoreductase
B: Putative oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,1158
ポリマ－106,7464
非ポリマー3684
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area13520 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area33660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.074, 119.301, 64.128
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.09, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Putative oxidoreductase


分子量: 26686.596 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 株: 1021 / 遺伝子: GI: 15966075, R02322, SMc01571 / プラスミド: CHS30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pRIL / 参照: UniProt: Q92N93, 酸化還元酵素
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 200 mM MgCl2, 100 mM Tris, and 30% PEG 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月8日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 39837 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 32.3 Å2
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EMK

3emk


解像度: 2.231→32.322 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / σ(I): -1 / 位相誤差: 24.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 1035 5.13 %RANDOM
Rwork0.1796 ---
obs0.1821 20178 99.34 %-
all-20316 --
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.838 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.199 Å20 Å2-4.8613 Å2
2--3.9955 Å20 Å2
3----6.1946 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.231→32.322 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3510 0 12 109 3631
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043568
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8334819
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1581281
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058564
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003633
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.231-2.34850.2921440.24872635X-RAY DIFFRACTION96
2.3485-2.49560.28611590.22812726X-RAY DIFFRACTION100
2.4956-2.68820.30841460.21222750X-RAY DIFFRACTION100
2.6882-2.95860.24981290.19772753X-RAY DIFFRACTION100
2.9586-3.38630.23471590.16712746X-RAY DIFFRACTION100
3.3863-4.26490.1831330.15032768X-RAY DIFFRACTION100
4.2649-32.32510.20081650.16562765X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.1285-1.37540.58672.2628-1.34475.5642-0.09180.16810.3609-0.20670.03760.3568-0.6608-0.2765-0.00760.48950.0325-0.12270.22220.06640.294-9.108810.5222-17.4101
21.25340.12960.25052.01570.00721.4952-0.09150.24480.1045-0.44560.09350.1659-0.11860.0339-0.02790.2571-0.0095-0.04520.20460.02780.1505-4.7682-6.7312-18.0735
31.6002-0.96431.02671.85160.24742.9649-0.0142-0.00250.16190.01250.06890.4592-0.2637-0.444-0.01040.18780.0308-0.00990.17050.00830.2106-10.8555-2.884-1.2441
42.8669-0.50540.01674.85490.03055.82790.09190.1619-0.2660.15170.067-0.32920.04790.3927-0.06040.3787-0.0377-0.0890.1381-0.02840.1648-3.6067-43.5697-15.5884
55.215-0.98271.3223.7419-0.44043.1670.0460.5982-0.4394-0.73430.0274-0.21120.4170.2117-0.090.4884-0.0115-0.0650.267-0.08220.2638-7.1615-41.7325-26.3615
60.61390.1010.50432.0003-0.03451.8627-0.0230.130.0396-0.37310.0566-0.04740.01690.1631-0.02830.2398-0.0027-0.00750.1791-0.0230.113-1.3316-26.7342-15.1592
74.3835-0.1362-1.43972.9187-0.56683.2456-0.01130.1228-0.2582-0.2374-0.0039-0.06260.32360.1258-0.00630.1450.0121-0.06470.09530.00560.08511.7568-32.3303-3.3831
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 4:59)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 60:180)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 181:251)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resseq 2:39)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resseq 40:77)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 78:216)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resseq 217:251)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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