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万見
- PDB-3vbc: Crystal Structure of iL-17 receptor B SEFIR domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vbc
タイトルCrystal Structure of iL-17 receptor B SEFIR domain
要素Interleukin-17 receptor B
キーワードIMMUNE SYSTEM / interleukin 17 / cytokine / receptor / SEFIR / autoimmune / inflammatory
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-17 receptor activity / positive regulation of interleukin-13 production / positive regulation of interleukin-5 production / cytokine receptor activity / plasma membrane => GO:0005886 / positive regulation of inflammatory response / cell surface / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #11530 / Interleukin-17 receptor, fibronectin-III-like domain 1 / Interleukin-17 receptor A/B, FnIII-like domain 1 superfamily / Interleukin-17 receptor A/B, FnIII-like domain 2 superfamily / Interleukin-17 receptor, fibronectin-III-like domain 1 / Interleukin-17 receptor-like / SEFIR domain / SEFIR domain / SEFIR domain profile. / Rossmann fold ...Rossmann fold - #11530 / Interleukin-17 receptor, fibronectin-III-like domain 1 / Interleukin-17 receptor A/B, FnIII-like domain 1 superfamily / Interleukin-17 receptor A/B, FnIII-like domain 2 superfamily / Interleukin-17 receptor, fibronectin-III-like domain 1 / Interleukin-17 receptor-like / SEFIR domain / SEFIR domain / SEFIR domain profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-17 receptor B
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Zhang, B. / Liu, C. / Li, X. / Deng, J.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure of IL-17 Receptor B SEFIR Domain.
著者: Zhang, B. / Liu, C. / Qian, W. / Han, Y. / Li, X. / Deng, J.
履歴
登録2012年1月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月6日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-17 receptor B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1061
ポリマ－18,1061
非ポリマー00
水1,31573
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.971, 65.797, 89.642
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-511-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-17 receptor B / IL-17 receptor B / IL-17RB / IL-17 receptor homolog 1 / IL-17ER / IL-17Rh1 / IL17Rh1 / Interleukin- ...IL-17 receptor B / IL-17RB / IL-17 receptor homolog 1 / IL-17ER / IL-17Rh1 / IL17Rh1 / Interleukin-17B receptor / IL-17B receptor


分子量: 18105.744 Da / 分子数: 1 / 変異: K364A, K367A, K368A, K369A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Il17rb, Evi27, Il17br / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9JIP3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.05 %
結晶化温度: 293 K / pH: 6
詳細: 0.2 M NaAc, pH 5.0, 1.6 M Ammonium citrate dibasic, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月20日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 15902 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2.3 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 19.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→32.9 Å / SU ML: 0.23 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.4 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: ISOTROPIC PLUS TLS REFINEMENT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 771 5.01 %
Rwork0.181 --
obs0.183 15387 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.26 Å2 / ksol: 0.39 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6921 Å20 Å2-0 Å2
2--2.01 Å20 Å2
3----1.3179 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→32.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1086 0 0 73 1159
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071122
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0031531
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.699388
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071176
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004192
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.91280.39561500.32472351X-RAY DIFFRACTION98
1.9128-2.06050.27591190.2322416X-RAY DIFFRACTION100
2.0605-2.26780.22761220.18242398X-RAY DIFFRACTION100
2.2678-2.59580.18441130.16682449X-RAY DIFFRACTION100
2.5958-3.270.20991350.162453X-RAY DIFFRACTION100
3.27-32.9040.21320.16642549X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.59211.3049-0.90884.01485.56569.61820.0166-0.58190.45481.7198-0.48640.73710.00510.15270.28580.3503-0.0218-0.02850.2138-0.06710.181418.623539.574626.7226
27.0404-2.17770.99255.82380.19580.19380.0371.0891-0.6448-0.9401-0.35130.10040.72160.37970.18220.33560.04640.06750.2754-0.05720.186717.584223.9649.7585
36.2955-4.47442.14784.1455-3.30925.79460.47490.94390.9883-1.4969-0.2129-0.79130.05391.0308-0.1870.32130.04020.06540.32920.02580.296918.641733.53087.8941
49.49611.61841.44730.28380.35665.1404-0.01580.21041.1251-0.32820.0683-0.0073-0.57610.08930.01530.23320.01760.01220.19260.0030.293216.484541.457215.2058
54.35950.44920.1678.0197-1.39242.392-0.2113-0.2136-0.22270.4574-0.01040.089-0.02220.45230.16140.1408-0.0154-0.04320.1773-0.0070.171222.110131.290318.584
64.9424-1.33750.61975.7112-3.54262.05240.3150.0672-0.4793-0.0695-0.00341.01730.09860.2584-0.31840.16780.0061-0.00220.1688-0.0240.374627.913722.003421.2569
77.4733-0.3704-3.95412.042-1.58093.8725-0.154-1.3061-0.8330.5838-0.1085-0.1798-0.66940.7220.32990.18990.032-0.0150.31920.09640.336720.92722.520726.1222
84.1802-0.4552-1.4392.7926-1.11411.07860.23020.01490.0006-0.0929-0.0939-0.0856-0.1306-0.23020.04180.15870.00640.00430.14530.0020.172112.794127.128818.4729
92.22290.7840.01150.4401-0.11790.9802-0.04330.2704-0.594-0.1983-0.055-0.2153-0.1923-0.05880.15460.2397-0.02610.03250.19440.01410.395313.392117.761619.8816
104.4808-3.81312.60884.8021-5.3777.9898-1.1281-2.5535-0.07591.48790.43981.1649-0.3646-0.49430.64030.51630.0940.07890.7113-0.13940.2955.405325.003929.8972
112.54150.63781.61972.87552.31526.73990.0743-0.35760.20940.08270.18540.2596-0.868-1.3776-0.13860.17970.04030.02330.2184-0.01710.20087.246229.385118.6055
125.5432-1.06581.52718.62093.44872.11870.85541.1711-0.5508-0.9488-0.7551-0.22990.11690.3844-0.21770.5190.0665-0.08120.4872-0.16670.42799.417217.40226.3206
132.0489-1.13840.76334.3091-2.14951.01060.02760.1059-0.3101-0.61260.0990.18660.22430.007-0.09920.197-0.0307-0.00020.170.00410.18843.955727.2315.0798
145.99732.07344.59691.78262.60816.09420.18820.1650.963-0.0706-0.20410.44010.401-0.20630.08730.1520.03180.00530.1470.04370.3785.855739.988814.6855
150.223-1.11570.03686.6561.30011.95990.1212-0.5702-0.20110.5979-0.33731.45250.1686-0.18710.25490.21080.01610.07310.3632-0.03380.50858.862540.687525.6329
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 325:331)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 332:341)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 342:350)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 351:357)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 358:364)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 365:376)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 377:383)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 384:417)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 418:429)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 430:436)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 437:446)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 447:453)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resid 454:466)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain A and resid 467:474)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain A and resid 475:481)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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