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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3h96 | ||||||
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Title | Msmeg_3358 F420 Reductase | ||||||
![]() | F420-H2 Dependent Reductase A | ||||||
![]() | FLAVOPROTEIN / PNPOX / F420 / Flavin / Reductase / Aflatoxin | ||||||
Function / homology | F420H(2)-dependent quinone reductase / F420H(2)-dependent quinone reductase / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / oxidoreductase activity / Roll / Mainly Beta / Uncharacterized protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jackson, C.J. / French, N. / Newman, J. / Taylor, M.C. / Russell, R.J. / Oakeshott, J.G. | ||||||
![]() | ![]() Title: Identification and characterization of two families of F420 H2-dependent reductases from Mycobacteria that catalyse aflatoxin degradation. Authors: Taylor, M.C. / Jackson, C.J. / Tattersall, D.B. / French, N. / Peat, T.S. / Newman, J. / Briggs, L.J. / Lapalikar, G.V. / Campbell, P.M. / Scott, C. / Russell, R.J. / Oakeshott, J.G. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 225.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 191.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 469.9 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 474.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 25.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 36.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 15640.764 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: MC2 / Gene: MSMEG_3356 / Plasmid: pDEST 17 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-EDO / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.17 Å3/Da / Density % sol: 43.19 % |
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Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 36 w/v polyethylene glycol monomethyl ether 5000, 0.1 M sodium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 12, 2008 |
Radiation | Monochromator: double crystal monochromator with sagitally bent second crystal horizontal focussing Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979461 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→47.51 Å / Num. obs: 34129 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 12.1 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.11 Å / Redundancy: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.174 / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / % possible all: 91.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 18.835 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→45.7 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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