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万見
- PDB-3vb9: Crystal structure of VPA0735 from Vibrio parahaemolyticus in mono... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vb9
タイトルCrystal structure of VPA0735 from Vibrio parahaemolyticus in monoclinic form, NorthEast Structural Genomics target VpR109
要素Uncharacterized protein VPA0735
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI-Biology / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


VPA0735-like fold / VPA0735-like domain / Domain of unknown function DUF1214, C-terminal domain / Domain of unknown function DUF1254 / Domain of unknown function DUF1214, C-terminal domain superfamily / Domain of unknown function DUF1254 / Domain of unknown function DUF1254 superfamily / Protein of unknown function (DUF1254) / Domain of unknown function DUF1214 / Protein of unknown function (DUF1214) ...VPA0735-like fold / VPA0735-like domain / Domain of unknown function DUF1214, C-terminal domain / Domain of unknown function DUF1254 / Domain of unknown function DUF1214, C-terminal domain superfamily / Domain of unknown function DUF1254 / Domain of unknown function DUF1254 superfamily / Protein of unknown function (DUF1254) / Domain of unknown function DUF1214 / Protein of unknown function (DUF1214) / N-terminal domain of TfIIb - #10 / N-terminal domain of TfIIb / Single Sheet / Jelly Rolls / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DUF1254 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Seetharaman, J. / Neely, H. / Cunningham, K. / Ciccosanti, C. / Bjelic, S. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Tong, L. ...Seetharaman, J. / Neely, H. / Cunningham, K. / Ciccosanti, C. / Bjelic, S. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of VPA0735 from Vibrio parahaemolyticus in monoclinic form, NorthEast Structural Genomics target VpR109
著者: Seetharaman, J. / Neely, H. / Cunningham, K. / Ciccosanti, C. / Bjelic, S. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2011年12月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein VPA0735
B: Uncharacterized protein VPA0735
C: Uncharacterized protein VPA0735
D: Uncharacterized protein VPA0735
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,91411
ポリマ－223,7444
非ポリマー1707
水15,115839
1
A: Uncharacterized protein VPA0735
B: Uncharacterized protein VPA0735
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,9696
ポリマ－111,8722
非ポリマー974
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7380 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area34490 Å2
手法PISA
2
C: Uncharacterized protein VPA0735
D: Uncharacterized protein VPA0735
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,9455
ポリマ－111,8722
非ポリマー733
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7470 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area34350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.267, 106.929, 157.178
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein VPA0735


分子量: 55935.961 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
遺伝子: VPA0735 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q87I71
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 839 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.05 %
結晶化温度: 277 K / 手法: microbatch under oil / pH: 7
詳細: 200MM MOPS, PEG8000, MGCL2, 10MM DTT, PH 7.0, 0.5M lactose, Microbatch under oil, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→50 Å / Num. obs: 237755 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 16.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.09→2.16 Å / Rmerge(I) obs: 0.289 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 79.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2P3Y

2p3y


解像度: 2.1→39.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 59657.56 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 14075 9.7 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.224 118970 89.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 29.283 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.98 Å20 Å24.042 Å2
2--11.842 Å20 Å2
3----8.862 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14887 0 7 839 15733
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006204
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.30103
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.9
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 2148 10 %
Rwork0.237 19227 -
obs--79.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.param
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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