PDB-3vaz: Crystal structure of Staphylococcal GAPDH1 in a hexagonal space group

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3vaz

タイトル

Crystal structure of Staphylococcal GAPDH1 in a hexagonal space group

要素

Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Rossmann fold

機能・相同性

機能・相同性情報

glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 3.19 Å

データ登録者

Roychowdhury, A. / Mukherjee, S. / Dutta, D. / Das, A.K.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Staphylococcal GAPDH1 in a hexagonal space group
著者: Roychowdhury, A. / Mukherjee, S. / Dutta, D. / Das, A.K.

履歴

登録	2011年12月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年1月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年11月12日	Group: Structure summary
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3vaz.cif.gz	386 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3vaz.ent.gz	315.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3vaz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3vaz_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3vaz_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	3vaz_validation.xml.gz	75.2 KB	表示
CIF形式データ	3vaz_validation.cif.gz	99.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/3vaz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/3vaz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3k73S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7jwk-1 3p20-d 5do9-5 4ywg-2 3doc-3 7jwk-2 4zg6-2 1xal-d 6m4w-3 6fzh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (10)

登録構造単位

P: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1

R: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1

O: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1

Q: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1

B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1

ヘテロ分子

229 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

P: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1

O: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
76.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

R: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1

Q: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
76.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	155.389, 155.389, 317.849
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	180
Space group name H-M	P6₂22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-403- DGY
2	1	A-403- DGY
3	1	O-554- HOH
4	1	Q-550- HOH
5	1	B-511- HOH
6	1	B-571- HOH
7	1	A-506- HOH

#1: タンパク質	Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1 / GAPDH 1 分子量: 37293.777 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: MRSA252 / 遺伝子: gap, gapA, gapA1, SAR0828 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 参照: UniProt: Q6GIL8, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating)
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-DGY / (2R)-2,3-DIHYDROXYPROPANOIC ACID / D-グリセリン酸分子量: 106.077 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₆O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.31 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 22% PEG 400, 0.2M CaCl2, 0.1M HEPES, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年9月25日

放射

モノクロメーター: Varimax optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.19→29.742 Å / Num. obs: 38297 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 17.228 Å² / R_merge(I) obs: 0.315 / Net I/σ(I): 13.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
3.19-3.39		0.304	0.733	5.35	127071	6013	5952	0.751	99
3.39-3.62		0.223	0.554	7.18	124485	5702	5701	0.567	100
3.62-3.9		0.162	0.402	9.65	115187	5288	5288	0.411	100
3.9-4.27		0.12	0.286	13.14	106735	4904	4904	0.293	100
4.27-4.76		0.079	0.199	18.16	96473	4468	4465	0.204	99.9
4.76-5.47		0.09	0.213	16.8	86223	4016	4015	0.218	100
5.47-6.64		0.105	0.235	15.12	73215	3443	3440	0.241	99.9
6.64-9.17		0.066	0.133	24.54	57157	2766	2761	0.137	99.8
	9.17	0.035	0.07	40.57	33699	1850	1771	0.072	95.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.19 Å	29.74 Å
Translation	3.19 Å	29.74 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3K73

3k73

解像度: 3.19→29.74 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.892 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.811 / WR_factor R_free: 0.2326 / WR_factor R_work: 0.1724 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.8497 / SU B: 48.435 / SU ML: 0.39 / SU R Cruickshank DPI: 0.3487 / SU R_free: 0.5924 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.592 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: ANISOU CARDS HAVE BEEN REMOVED AS PER AUTHOR REQUEST.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.277	1915	5 %	RANDOM
R_work	0.2022	-	-	-
obs	0.2059	38297	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 80.82 Å² / B_iso mean: 19.828 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.77 Å²	-0.88 Å²	0 Å²
2-	-	-1.77 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.19→29.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14999	0	308	414	15721

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	15537
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.995	1.98	21137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.018	5	2001
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.934	25.378	662
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.637	15	2534
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.342	15	78
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	2510
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	11572
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.163	1.5	9905
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.291	2	15889
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.057	3	5632
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.122	4.5	5248

LS精密化シェル

解像度: 3.194→3.276 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.37	135	-
R_work	0.244	2563	-
all	-	2698	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4991	-0.2057	-0.1151	1.3376	0.1958	0.7109	-0.0148	-0.0107	-0.0523	-0.1238	-0.0406	-0.1476	-0.0844	0.0944	0.0554	0.0701	-0.0138	0.034	0.0922	0.0055	0.0447	-21.4105	14.9522	25.235
2	1.4315	-0.5818	-0.1538	1.3389	0.0868	0.9721	-0.1096	-0.1859	-0.0921	0.239	0.0767	-0.0842	-0.0264	0.1027	0.0329	0.1144	0.0002	0.0043	0.0829	0.0305	0.0332	-40.3918	9.7955	58.6532
3	0.2454	0.0836	-0.0062	1.1124	0.0647	0.5468	-0.0692	0.0542	-0.1406	-0.0376	-0.0106	0.131	0.1127	-0.0238	0.0798	0.1066	-0.02	0.0383	0.0789	-0.066	0.1322	-43.7504	-16.4632	27.3614
4	1.1358	-0.1182	-0.211	0.7981	0.0049	1.0828	-0.0106	0.146	-0.0175	-0.1415	-0.0231	0.2537	-0.0346	-0.1392	0.0337	0.0484	0.0095	-0.0444	0.0964	-0.034	0.0931	-62.4062	17.2327	28.0938
5	0.7508	-0.1767	-0.0754	0.9475	0.3419	0.661	-0.0472	-0.1144	0.1225	0.0759	0.0633	-0.1293	-0.0254	0.0398	-0.0161	0.0428	-0.0056	-0.0254	0.0679	-0.0121	0.0357	-20.8971	74.5101	31.0632
6	0.5868	-0.3241	-0.1057	0.6247	0.0193	0.5599	0.0115	0.0535	-0.1309	-0.1255	-0.0277	0.0144	0.0166	-0.036	0.0163	0.0634	0.0176	0.0166	0.0596	-0.0131	0.0378	-29.1296	50.5949	2.2045

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	P	1 - 336
2	X-RAY DIFFRACTION	2	R	2 - 335
3	X-RAY DIFFRACTION	3	O	2 - 335
4	X-RAY DIFFRACTION	4	Q	2 - 334
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	2 - 335
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	2 - 335

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