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- PDB-3vaq: Adenosine kinase from Schistosoma mansoni in complex with adenosine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vaq
タイトルAdenosine kinase from Schistosoma mansoni in complex with adenosine
要素Putative adenosine kinase
キーワードTRANSFERASE / ribokinase / enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosine kinase / adenosine kinase activity / purine ribonucleoside salvage / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Adenosine kinase / Adenosine kinase, small domain - #10 / Adenosine kinase, small domain / pfkB family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate/purine kinase, PfkB, conserved site / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase ...Adenosine kinase / Adenosine kinase, small domain - #10 / Adenosine kinase, small domain / pfkB family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate/purine kinase, PfkB, conserved site / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE / Adenosine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Romanello, L. / Bachega, F.R. / Garatt, R.C. / DeMarco, R. / Pereira, H.M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Adenosine kinase from Schistosoma mansoni: structural basis for the differential incorporation of nucleoside analogues.
著者: Romanello, L. / Bachega, J.F. / Cassago, A. / Brandao-Neto, J. / Demarco, R. / Garratt, R.C. / Pereira, H.D.
履歴
登録2011年12月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月2日Group: Database references
改定 1.22013年1月16日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative adenosine kinase
B: Putative adenosine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,7516
ポリマ－83,1452
非ポリマー6054
水2,738152
1
A: Putative adenosine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8753
ポリマ－41,5731
非ポリマー3032
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative adenosine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8753
ポリマ－41,5731
非ポリマー3032
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.100, 180.310, 79.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Putative adenosine kinase


分子量: 41572.574 Da / 分子数: 2 / 断片: Adenosine kinase / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 37oC
由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
遺伝子: Adenosine kinase, Smp_008360 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: G4V7G8, adenosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン


分子量: 267.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100mM Bis-tris pH 6.1-6.7, 200mM LiSO4, 16-20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
PH範囲: 6.1-6.7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9611 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月25日 / 詳細: Compound Refractive Lenses
放射モノクロメーター: DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9611 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→79.43 Å / Num. all: 32370 / Num. obs: 32370 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1.7 / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
2.44-2.53.70.6741.10.674199.8
2.5-2.573.70.5751.30.575199.9
2.57-2.653.80.4511.70.451199.9
2.65-2.733.80.3821.90.382199.8
2.73-2.823.80.3332.20.333199.9
2.82-2.923.90.2922.60.2921100
2.92-3.033.90.2263.30.226199.8
3.03-3.1540.18740.1871100
3.15-3.2940.1524.90.152199.9
3.29-3.4540.17.40.1199.7
3.45-3.643.90.0819.20.081199.2
3.64-3.863.90.06511.30.065198.6
3.86-4.123.90.05313.60.053198.3
4.12-4.453.80.04615.20.046198.9
4.45-4.883.80.04115.80.041199.7
4.88-5.463.80.04216.70.042199.6
5.46-6.33.90.04416.20.044199.8
6.3-7.723.90.03817.60.038199.9
7.72-10.913.80.02721.50.027199.9
10.91-79.433.40.02721.40.027199.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DNAデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3UQ6

3uq6


解像度: 2.44→59.598 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2301 1639 5.07 %
Rwork0.1873 --
obs0.1895 32318 99.53 %
all-32370 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.3534 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.2041 Å20 Å2-0 Å2
2--9.9362 Å2-0 Å2
3----1.7256 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.44→59.598 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5376 0 40 152 5568
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025524
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5747472
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.8552024
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044832
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002948
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.44-2.51180.31261400.28232504X-RAY DIFFRACTION100
2.5118-2.59290.33451530.25422525X-RAY DIFFRACTION100
2.5929-2.68560.26821310.24032530X-RAY DIFFRACTION100
2.6856-2.79310.28451190.22912523X-RAY DIFFRACTION100
2.7931-2.92020.28621400.22592537X-RAY DIFFRACTION100
2.9202-3.07420.25761710.2052504X-RAY DIFFRACTION100
3.0742-3.26680.23581370.20982533X-RAY DIFFRACTION100
3.2668-3.5190.21311330.18542547X-RAY DIFFRACTION100
3.519-3.8730.21851270.16292533X-RAY DIFFRACTION98
3.873-4.43330.21151360.15652550X-RAY DIFFRACTION98
4.4333-5.58490.18671270.15222614X-RAY DIFFRACTION100
5.5849-59.61620.19461250.17732779X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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