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万見
- PDB-3va6: Crystal Structure of the extracellular domain of the putative hyb... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3va6
タイトルCrystal Structure of the extracellular domain of the putative hybrid two component system BT4673 from B. thetaiotaomicron
要素Two-component system sensor histidine kinase
キーワードTRANSCRIPTION / beta-propeller / beta-sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Two component regulator propeller / Two component regulator three Y / Two component regulator propeller / Y_Y_Y domain / DNA binding HTH domain, AraC-type / Helix-turn-helix domain / Bacterial regulatory proteins, araC family DNA-binding domain profile. / helix_turn_helix, arabinose operon control protein / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain ...Two component regulator propeller / Two component regulator three Y / Two component regulator propeller / Y_Y_Y domain / DNA binding HTH domain, AraC-type / Helix-turn-helix domain / Bacterial regulatory proteins, araC family DNA-binding domain profile. / helix_turn_helix, arabinose operon control protein / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Homeobox-like domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Zhang, Z. / Liu, Q. / Hendrickson, W.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Extraellular Domain Structures of Two Potential Saccharide-sensing Two-component Systems from a Human Gut Symbiont
著者: Zhang, Z. / Liu, Q. / Hendrickson, W.A.
履歴
登録2011年12月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Two-component system sensor histidine kinase
B: Two-component system sensor histidine kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,5982
ポリマ－174,5982
非ポリマー00
水1,69394
1
A: Two-component system sensor histidine kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,2991
ポリマ－87,2991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Two-component system sensor histidine kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,2991
ポリマ－87,2991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4020 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area64440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.883, 87.883, 430.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TYR / Beg label comp-ID: TYR / End auth comp-ID: TRP / End label comp-ID: TRP / Refine code: _ / Auth seq-ID: 36 - 777 / Label seq-ID: 9 - 750

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細There are 2 biological units in the asymmetric unit.

-
要素

#1: タンパク質 Two-component system sensor histidine kinase


分子量: 87298.969 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 30-777 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
遺伝子: BT_4673 / プラスミド: pET22b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q89YQ8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 5% PEGMME 2K, 10% tascimate acid pH7.0 plus 0.1 M cacodylate buffer pH5.5, vapor diffusion, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X4A10.97908
2
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月21日
放射
IDプロトコル散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHx-ray1
2x-ray1
放射波長波長: 0.97908 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 39798 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.8-2.854.30.4421,294.4
2.85-2.94.40.41,293.9
2.9-2.964.50.3561,294.3
2.96-3.024.60.3111,293.8
3.02-3.084.70.271,294
3.08-3.154.90.2411,293.9
3.15-3.235.10.2161,293.7
3.23-3.325.30.1951,293.4
3.32-3.425.60.1651,293.4
3.42-3.535.90.1411,293.2
3.53-3.656.30.1311,292.8
3.65-3.86.50.121,292.4
3.8-3.976.90.1151,292.7
3.97-4.187.30.1011,292
4.18-4.447.60.0891,291.6
4.44-4.7980.0791,291.3
4.79-5.278.30.0791,290.6
5.27-6.038.60.0881,290
6.03-7.598.50.0791,288.7
7.59-5080.051,285.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.8 Å46.95 Å
Translation2.8 Å46.95 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OTT

3ott


解像度: 2.8→45.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.848 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 35.487 / SU ML: 0.341 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 2.067 / ESU R Free: 0.455 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27395 2024 5.1 %RANDOM
Rwork0.21648 ---
obs0.21945 37754 92.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 62.594 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.21 Å20 Å20 Å2
2---0.21 Å20 Å2
3---0.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→45.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12109 0 0 94 12203
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0212416
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.028247
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4821.9316871
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.163319988
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.59751485
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.96724.444666
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.598152016
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3731570
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.21787
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214023
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.022687
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRms dev position (Å)Weight position
11A27058X-RAY DIFFRACTION0.110.05
12B27058X-RAY DIFFRACTION0.110.05
LS精密化 シェル解像度: 2.797→2.87 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 131 -
Rwork0.331 2459 -
obs--90.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4839-0.7416-0.57970.8844-0.03421.59240.0057-0.204-0.00450.02890.0465-0.0476-0.01080.1272-0.05210.6174-0.0242-0.01140.6915-0.03550.0137-5.43237.5350.383
24.5269-0.7833-1.61834.5280.50895.2213-0.34680.173-0.52590.3105-0.11610.47030.5183-0.22360.46290.75120.0130.17640.729-0.06130.2611-30.37111.76-34.928
34.529-0.6543-1.37353.41950.95342.9157-0.0048-0.0146-0.233-0.181-0.1134-0.2290.08640.10670.11810.72290.0187-0.01160.6680.06030.042215.00615.219-18.339
40.8527-0.06070.36531.23180.15961.91-0.0427-0.064-0.007-0.01330.01360.1013-0.0965-0.15990.02910.6144-0.01740.0220.6716-0.00040.0132-41.65345.643-24.913
52.05830.52840.43434.02350.18211.4657-0.07210.04340.2281-0.0865-0.05170.2706-0.0038-0.16920.12380.6491-0.00520.00090.72170.0210.0426.9655.945-29.599
62.5737-0.3594-0.98233.63450.26747.58050.09730.10.0573-0.1162-0.1031-0.1164-0.00930.32670.00580.68770.00480.04090.66530.0230.0088-29.22249.453-57.798
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A36 - 334
2X-RAY DIFFRACTION2A336 - 659
3X-RAY DIFFRACTION3A660 - 785
4X-RAY DIFFRACTION4B36 - 335
5X-RAY DIFFRACTION5B336 - 659
6X-RAY DIFFRACTION6B660 - 778

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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