+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4wfm | |||||||||
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Title | Structure of the complete bacterial SRP Alu domain | |||||||||
Components | Bacillus subtilis small cytoplasmic RNA (scRNA),RNA | |||||||||
Keywords | RNA / Non-coding / SRP RNA / Elongation arrest | |||||||||
Function / homology | COBALT HEXAMMINE(III) / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) Function and homology information | |||||||||
Biological species | Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 3.1 Å | |||||||||
Authors | Kempf, G. / Wild, K. / Sinning, I. | |||||||||
Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2014 Title: Structure of the complete bacterial SRP Alu domain. Authors: Kempf, G. / Wild, K. / Sinning, I. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4wfm.cif.gz | 237.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4wfm.ent.gz | 198.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4wfm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/4wfm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/4wfm | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: RNA chain | Mass: 33510.707 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically Source: (synth.) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (bacteria) References: GenBank: 40131 #2: Chemical | ChemComp-NCO / #3: Chemical | ChemComp-MG / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 5.3 Å3/Da / Density % sol: 76.8 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: sodium cacodylate, MgCl2, sodium formate, LiSO4 / PH range: 6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-2 / Wavelength: 0.8726 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 24, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8726 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.1→49.05 Å / Num. obs: 26252 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.4 % / Net I/σ(I): 13.8 |
Reflection shell | Resolution: 3.1→3.31 Å / Redundancy: 6.5 % / Rmerge(I) all: 1.113 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 3.1→42.548 Å / SU ML: 0.37 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.1 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.1→42.548 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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