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万見
- PDB-3v8y: Structure of apo-glycogenin truncated at residue 270 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v8y
タイトルStructure of apo-glycogenin truncated at residue 270
要素Glycogenin-1
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


glycogenin glucosyltransferase / glycogenin glucosyltransferase activity / glycogen biosynthetic process / manganese ion binding / protein homodimerization activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Glycosyl transferase, family 8 / Glycosyl transferase family 8 / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Carrizo, M.E. / Romero, J.M. / Issoglio, F.M. / Curtino, J.A.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2012
タイトル: Structural and biochemical insight into glycogenin inactivation by the glycogenosis-causing T82M mutation.
著者: Carrizo, M.E. / Romero, J.M. / Issoglio, F.M. / Curtino, J.A.
履歴
登録2011年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月15日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycogenin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8274
ポリマ－32,6081
非ポリマー2203
水1,76598
1
A: Glycogenin-1
ヘテロ分子

A: Glycogenin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,6558
ポリマ－65,2152
非ポリマー4396
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
Buried area3390 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area21260 Å2
手法PISA
2
A: Glycogenin-1
ヘテロ分子

A: Glycogenin-1
ヘテロ分子

A: Glycogenin-1
ヘテロ分子

A: Glycogenin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,30916
ポリマ－130,4314
非ポリマー87912
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation4_546x,-y-1,-z+11
Buried area10540 Å2
ΔGint-198 kcal/mol
Surface area39250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.630, 104.220, 120.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Glycogenin-1 / GN-1 / GN1


分子量: 32607.670 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-271 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: GYG, GYG1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CGSC 4997 / 参照: UniProt: P13280, glycogenin glucosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.57 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 1.0 M ammonium sulate/0.1M sodium phosphate, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.43 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月18日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Silicium curved crystal, with asymmetric 7.25 angle cut
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.43 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→27.82 Å / Num. all: 20120 / Num. obs: 20120 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.252 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 2885 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
REFMAC5.5.0072精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.15→27.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 4.128 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.205 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23887 1023 5.1 %RANDOM
Rwork0.20556 ---
obs0.20719 19061 99.69 %-
all-19061 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.368 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.41 Å20 Å20 Å2
2---0.45 Å20 Å2
3----0.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→27.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2055 0 13 98 2166
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222118
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2941.9442884
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2755257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.79624.25594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.53315337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.893158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2330
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211590
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7681.51291
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.45322097
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9763827
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2144.5787
LS精密化 シェル解像度: 2.149→2.205 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 70 -
Rwork0.262 1391 -
obs--99.05 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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