PDB-3v7a: Structural basis for broad detection of genogroup II noroviruses ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3v7a

タイトル

Structural basis for broad detection of genogroup II noroviruses by a monoclonal antibody that binds to a site occluded in the viral particle

要素

5B18 heavy chain
5B18 kappa chain
Capsid

キーワード

IMMUNE SYSTEM / virus / Protein-Fab complex / broadly-reactive antibody

機能・相同性

機能・相同性情報

virion component / host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Human calicivirus (ウイルス)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.297 Å

データ登録者

Hansman, G.S. / Mclellan, J.S. / Kwong, P.D.

引用

ジャーナル: J Virol / 年: 2012
タイトル: Structural basis for broad detection of genogroup II noroviruses by a monoclonal antibody that binds to a site occluded in the viral particle.
著者: Grant S Hansman / David W Taylor / Jason S McLellan / Thomas J Smith / Ivelin Georgiev / Jeremy R H Tame / Sam-Yong Park / Makoto Yamazaki / Fumio Gondaira / Motohiro Miki / Kazuhiko Katayama ...
要旨: Human noroviruses are genetically and antigenically highly divergent. Monoclonal antibodies raised in mice against one kind of norovirus virus-like particle (VLP), however, were found to have broad ...

履歴

登録	2011年12月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年3月28日	Group: Database references
改定 1.2	2013年9月25日	Group: Derived calculations
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月27日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3v7a.cif.gz	579.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3v7a.ent.gz	485.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3v7a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v7/3v7a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v7/3v7a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5374C 1wejS 3onuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4qt8-d 6u3v-1 6tzt-1 5mvi-d 6pue-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

F: 5B18 heavy chain

G: 5B18 kappa chain

E: 5B18 heavy chain

H: 5B18 kappa chain

A: Capsid

B: Capsid

164 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	145.480, 145.480, 216.334
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	95
Space group name H-M	P4₃22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
1	2
2	2
1	3
2	3

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain A and (resseq 225:345 or resseq 351:538 )
2	1	1	chain B and (resseq 225:345 or resseq 351:538 )
1	1	2	chain F and (resseq 1:220 )
2	1	2	chain E and (resseq 1:220 )
1	1	3	chain G and (resseq 1:215 )
2	1	3	chain H and (resseq 1:215 )

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: 抗体	5B18 heavy chain 分子量: 23709.514 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体	5B18 kappa chain 分子量: 23772.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質	Capsid 分子量: 34506.660 Da / 分子数: 2 / Fragment: P domain residues 224-538 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human calicivirus (ウイルス) / 株: 026Vientnam / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5F4T5*PLUS
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.76 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 40% v/v PEG 400, 5% w/v PEG 3350, and 0.1 M acetic acid pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.297→31.537 Å / Num. all: 85009 / Num. obs: 30833

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_755)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ONU for P domain, i.e., chains A and B and 1WEJ for Fab, i.e., chains D,E, F, G

3onu

1wej

解像度: 3.297→31.537 Å / SU ML: 0.97 / σ(F): 1 / 位相誤差: 34.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2826	1532	4.97 %	Random
R_work	0.2268	-	-	-
obs	0.2295	30833	86.38 %	-
all	-	85009	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 21.231 Å² / k_sol: 0.259 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.8221 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	5.8221 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-11.6441 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.297→31.537 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11459	0	0	0	11459

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	11769
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.795	16061
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.842	4205
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1799
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2085

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2397	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	2397	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.021
2	1	F	1643	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	E	1643	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.02
3	1	G	1671	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	H	1671	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.018

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2973-3.4036	0.4315	118	0.3487	2643	X-RAY DIFFRACTION	87
3.4036-3.5251	0.3898	133	0.3248	2695	X-RAY DIFFRACTION	89
3.5251-3.666	0.3503	138	0.2876	2700	X-RAY DIFFRACTION	89
3.666-3.8326	0.3302	131	0.2591	2693	X-RAY DIFFRACTION	88
3.8326-4.0343	0.3227	151	0.2414	2693	X-RAY DIFFRACTION	89
4.0343-4.2865	0.2591	152	0.2029	2633	X-RAY DIFFRACTION	87
4.2865-4.6165	0.1988	135	0.1907	2614	X-RAY DIFFRACTION	86
4.6165-5.0793	0.2708	137	0.1816	2643	X-RAY DIFFRACTION	85
5.0793-5.8104	0.2832	153	0.2035	2689	X-RAY DIFFRACTION	87
5.8104-7.3054	0.2384	152	0.1975	2695	X-RAY DIFFRACTION	86
7.3054-31.5381	0.2581	132	0.2057	2603	X-RAY DIFFRACTION	79

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1602	0.1389	-0.0931	0.3019	0.0304	0.0999	0.0837	-0.0998	0.0225	0.2726	0.1292	0.5017	0.1939	0.0247	0.053	0.5788	0.0332	-0.182	0.2806	0.1173	0.5956	79.5027	-47.5334	59.0273
2	0.0488	0.0359	-0.0003	0.0958	0.076	0.0908	0.1166	-0.0936	-0.2841	-0.2373	0.0092	0.155	-0.1336	0.0187	0.1106	0.4028	0.0876	-0.0982	0.4234	0.3875	0.443	87.6546	-70.8114	85.402
3	3.4	-0.2783	2.307	3.2645	-1.6634	2.9748	-0.0225	-0.222	-0.3126	0.0353	0.2906	0.6295	0.0576	-0.7082	-0.2802	0.4907	-0.0326	-0.0501	0.4345	0.0568	0.5247	69.4371	-12.9667	30.2995
4	2.0361	-0.214	0.4042	1.6854	-0.7844	2.2179	0.0722	0.2028	-0.4007	0.1434	0.0849	0.5703	0.0302	-0.1075	-0.1234	0.3094	-0.0622	-0.0551	0.2292	0.0045	0.5272	72.2559	-12.4456	35.9097
5	0.0222	-0.0312	-0.0106	0.0578	0.0195	0.0101	-0.1018	0.3189	-0.2001	0.0591	0.0449	0.116	0.0302	0.076	0.0091	0.497	0.0733	-0.005	0.9051	-0.2783	0.4875	107.8853	-19.8138	-15.9685
6	0.2635	0.089	0.1402	0.0314	0.0465	0.1125	0.2272	0.0232	-0.2215	0.0453	0.0428	-0.2181	0.0185	-0.3866	0.0187	0.474	0.1452	0.0026	0.4929	-0.0237	0.4988	141.956	-29.6926	-27.8582
7	0.1846	0.0937	-0.0509	0.1283	-0.1248	0.1024	0.0781	0.3015	0.24	0.2013	-0.0103	0.2141	0.0043	0.1943	0.005	0.7357	0.0361	0.0548	0.7237	-0.1518	0.4598	120.1486	-6.3617	-4.3
8	0.0371	0.0515	0.0358	0.1118	0.0357	0.053	-0.0988	-0.2743	0.1103	-0.117	0.0837	-0.0191	-0.0643	0.0767	-0.0132	0.6449	0.1073	0.1972	0.5617	-0.0965	0.177	143.1279	-14.6166	-30.9143
9	0.098	0.0887	0.0247	0.0968	0.0102	0.0104	0.1393	-0.0682	-0.0158	0.0581	0.0378	-0.061	-0.3272	0.128	0.0335	0.5004	-0.0382	0.0293	0.1853	-0.059	0.2265	85.9928	3.5504	25.3253
10	0.5735	0.1016	0.0817	0.2035	-0.0783	0.2977	0.187	0.574	0.158	0.0909	0.071	-0.1083	-0.2652	0.2599	0.286	0.3018	0.0001	0.0228	-0.1997	-0.0261	0.2656	84.9593	0.8847	20.3636
11	0.2175	0.0448	0.1598	0.0133	0.0281	0.1202	-0.0234	0.1007	0.0479	0.2465	-0.032	-0.0399	0.0167	0.2735	0.0294	0.6025	0.0894	-0.1947	0.3424	0.0756	0.507	92.8201	-35.3999	71.0682
12	0.0338	0.0357	0.0371	0.1386	0.1497	0.2715	0.1636	-0.0246	-0.2808	-0.0395	0.1528	-0.1344	-0.297	-0.1296	0.1876	0.3645	0.1326	0.0308	0.0576	0.2023	0.6969	102.7721	-69.548	82.6632

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain F and resid 1:122
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain F and resid 123:220
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain B and resid 225:323
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and resid 324:538
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain H and resid 1:105
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain H and resid 106:215
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain E and resid 1:122
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain E and resid 123:220
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain A and resid 225:323
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain A and resid 324:538
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain G and resid 1:105
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain G and resid 106:215

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)