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万見
- PDB-3v76: The crystal structure of a flavoprotein from Sinorhizobium meliloti -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v76
タイトルThe crystal structure of a flavoprotein from Sinorhizobium meliloti
要素Flavoprotein
キーワードFLAVOPROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC
機能・相同性
機能・相同性情報


HI0933 insert domain-like / 3-Dehydro-bile acid delta(4,6)-reductase-like / HI0933-like insert domain superfamily / HI0933-like protein Rossmann domain / HI0933-like protein barrel and H2TH domain / Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain ...HI0933 insert domain-like / 3-Dehydro-bile acid delta(4,6)-reductase-like / HI0933-like insert domain superfamily / HI0933-like protein Rossmann domain / HI0933-like protein barrel and H2TH domain / Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / NAD(P)/FAD-dependent oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Sinorhizobium meliloti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Zhang, Z. / Chamala, S. / Evans, B. / Foti, R. / Gizzi, A. / Hillerich, B. / Kar, A. / LaFleur, J. / Seidel, R. / Villigas, G. ...Zhang, Z. / Chamala, S. / Evans, B. / Foti, R. / Gizzi, A. / Hillerich, B. / Kar, A. / LaFleur, J. / Seidel, R. / Villigas, G. / Zencheck, W. / Almo, S.C. / Swaminathan, S. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The crystal structure of a flavoprotein from Sinorhizobium meliloti
著者: Zhang, Z. / Almo, S.C. / Swaminathan, S.
履歴
登録2011年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flavoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2812
ポリマ－45,4931
非ポリマー7881
水1,874104
1
A: Flavoprotein
ヘテロ分子

A: Flavoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,5614
ポリマ－90,9862
非ポリマー1,5752
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area4920 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area30590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.091, 101.091, 106.934
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-426-

HOH

21A-448-

HOH

詳細THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

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要素

#1: タンパク質 Flavoprotein


分子量: 45493.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 株: 1021 / 遺伝子: R00707, SMc00763 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q92RY0
#2: 化合物 ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / FADH2


分子量: 787.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H35N9O15P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.52 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 3.5 M sodium formate pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月13日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 21143 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.176 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique all: 2171 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
SHELXS位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GQF

2gqf


解像度: 2.51→43.774 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 26.28 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2513 1058 5.16 %RANDOM
Rwork0.1967 ---
obs0.1995 20523 93.01 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 23.53 Å2 / ksol: 0.332 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.4442 Å20 Å2-0 Å2
2--11.4442 Å20 Å2
3----22.8885 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→43.774 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2934 0 53 104 3091
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0133048
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4314130
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.1931135
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088455
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01530
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5099-2.62410.30311310.22422413X-RAY DIFFRACTION93
2.6241-2.76240.29181560.23142441X-RAY DIFFRACTION96
2.7624-2.93550.27971270.22572539X-RAY DIFFRACTION98
2.9355-3.16210.28811450.22432538X-RAY DIFFRACTION99
3.1621-3.48020.26731360.20062559X-RAY DIFFRACTION98
3.4802-3.98350.249910.19331583X-RAY DIFFRACTION61
3.9835-5.01760.20211320.1522643X-RAY DIFFRACTION100
5.0176-43.78030.21721400.18692749X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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