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- PDB-3v71: Crystal structure of PUF-6 in complex with 5BE13 RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v71
タイトルCrystal structure of PUF-6 in complex with 5BE13 RNA
要素
  • Puf (Pumilio/fbf) domain-containing protein 7, confirmed by transcript evidence
  • RNA (5'-R(*CP*UP*CP*UP*GP*UP*AP*UP*CP*UP*UP*GP*U)-3')
キーワードRNA binding protein/RNA / PUF repeats / RNA binding protein-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


post-transcriptional regulation of gene expression / oogenesis / germ cell development / mRNA 3'-UTR binding / regulation of translation / cell division / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pumilio homology domain / Pumilio homology domain (PUM-HD) profile. / Pumilio-family RNA binding repeat / Pumilio RNA-binding repeat profile. / Pumilio RNA-binding repeat / Pumilio-like repeats / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe ...Pumilio homology domain / Pumilio homology domain (PUM-HD) profile. / Pumilio-family RNA binding repeat / Pumilio RNA-binding repeat profile. / Pumilio RNA-binding repeat / Pumilio-like repeats / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Pumilio domain-containing protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.902 Å
データ登録者Qiu, C. / Kershner, A. / Wang, Y. / Holley, C.H. / Wilinski, D. / Keles, S. / Kimble, J. / Wickens, M. / Hall, T.M.T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Divergence of PUF protein specificity through variations in an RNA-binding pocket
著者: Qiu, C. / Kershner, A. / Wang, Y. / Holley, C.H. / Wilinski, D. / Keles, S. / Kimble, J. / Wickens, M. / Hall, T.M.T.
履歴
登録2011年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Puf (Pumilio/fbf) domain-containing protein 7, confirmed by transcript evidence
B: RNA (5'-R(*CP*UP*CP*UP*GP*UP*AP*UP*CP*UP*UP*GP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9713
ポリマ－47,7332
非ポリマー2381
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2350 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area17880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.806, 87.836, 129.782
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Puf (Pumilio/fbf) domain-containing protein 7, confirmed by transcript evidence


分子量: 43699.812 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 164-575 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: puf-7, B0273.2 / プラスミド: pDEST15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O44169
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*CP*UP*CP*UP*GP*UP*AP*UP*CP*UP*UP*GP*U)-3')


分子量: 4033.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 15% (w/v) PEG3350, 0.1M succinic acid, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→36.5 Å / Num. all: 17753 / Num. obs: 17479 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 80 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 1717 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3K5Y

3k5y


解像度: 2.902→36.47 Å / SU ML: 0.76 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 904 5.14 %random
Rwork0.2074 ---
obs0.2092 17479 99.07 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 70.01 Å2 / ksol: 0.365 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--14.9348 Å20 Å2-0 Å2
2--30.3797 Å2-0 Å2
3----15.445 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.902→36.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2926 145 15 0 3086
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063159
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8894292
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.0331210
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059497
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003518
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9021-3.08380.34221720.29142708X-RAY DIFFRACTION98
3.0838-3.32180.29621430.23792707X-RAY DIFFRACTION99
3.3218-3.65580.2321350.19662762X-RAY DIFFRACTION99
3.6558-4.18410.21911520.18252792X-RAY DIFFRACTION99
4.1841-5.2690.24021490.19082812X-RAY DIFFRACTION100
5.269-36.47310.22741530.2172903X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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