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- PDB-3v5z: Structure of FBXL5 hemerythrin domain, C2 cell, grown anaerobically -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v5z
タイトルStructure of FBXL5 hemerythrin domain, C2 cell, grown anaerobically
要素F-box/LRR-repeat protein 5
キーワードGENE REGULATION / hemerythrin / alpha helical bundle / E3 ubiquitin ligase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / ubiquitin ligase complex / Iron uptake and transport / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of protein catabolic process / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation ...SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / ubiquitin ligase complex / Iron uptake and transport / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of protein catabolic process / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Neddylation / intracellular iron ion homeostasis / protein ubiquitination / iron ion binding / perinuclear region of cytoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
nmb1532 protein domain like / FBXL5-like, hemerythrin-like domain / Hemerythrin-like / Hemerythrin HHE cation binding domain / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. / F-box-like domain superfamily / F-box-like ...nmb1532 protein domain like / FBXL5-like, hemerythrin-like domain / Hemerythrin-like / Hemerythrin HHE cation binding domain / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. / F-box-like domain superfamily / F-box-like / F-box domain / Leucine Rich repeat / Leucine-rich repeat / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Leucine-rich repeat domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
MU-OXO-DIIRON / F-box/LRR-repeat protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1847 Å
データ登録者Tomchick, D.R. / Bruick, R.K. / Thompson, J.W. / Brautigam, C.A.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural and Molecular Characterization of Iron-sensing Hemerythrin-like Domain within F-box and Leucine-rich Repeat Protein 5 (FBXL5).
著者: Thompson, J.W. / Salahudeen, A.A. / Chollangi, S. / Ruiz, J.C. / Brautigam, C.A. / Makris, T.M. / Lipscomb, J.D. / Tomchick, D.R. / Bruick, R.K.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2009
タイトル: An E3 ligase possessing an iron-responsive hemerythrin domain is a regulator of iron homeostasis.
著者: Salahudeen, A.A. / Thompson, J.W. / Ruiz, J.C. / Ma, H.W. / Kinch, L.N. / Li, Q. / Grishin, N.V. / Bruick, R.K.
履歴
登録2011年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月1日Group: Database references
改定 1.22012年3月21日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: F-box/LRR-repeat protein 5
B: F-box/LRR-repeat protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9724
ポリマ－38,7162
非ポリマー2552
水82946
1
A: F-box/LRR-repeat protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4862
ポリマ－19,3581
非ポリマー1281
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: F-box/LRR-repeat protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4862
ポリマ－19,3581
非ポリマー1281
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.442, 76.051, 77.433
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.120, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-303-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 F-box/LRR-repeat protein 5 / F-box and leucine-rich repeat protein 5 / F-box protein FBL4/FBL5 / p45SKP2-like protein


分子量: 19358.135 Da / 分子数: 2 / 断片: Hemerythrin domain (UNP Residues 1-161) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FBL4, FBL5, FBXL5, FLR1 / プラスミド: pGST-parallel / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UKA1
#2: 化合物 ChemComp-FEO / MU-OXO-DIIRON


分子量: 127.689 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 12% PEG 6000, 0.1 M HEPES, 30% ethylene glycol, 2M Na(2)S(2)O(4), pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: ADSC Q315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月19日 / 詳細: monochromator
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.184→50 Å / Num. obs: 16703 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Χ2: 1.207 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.184-2.243.70.5528491.1281100
2.24-2.283.90.4238011.061100
2.28-2.3240.3598601.0651100
2.32-2.374.10.3268001.0541100
2.37-2.424.10.2788551.0731100
2.42-2.484.20.2268261.1571100
2.48-2.544.10.218561.2281100
2.54-2.614.10.1728131.246199.9
2.61-2.694.10.1498351.3581100
2.69-2.774.10.1238271.4041100
2.77-2.874.10.1078691.1591100
2.87-2.994.10.0898001.2511100
2.99-3.124.10.0868411.4199.9
3.12-3.2940.0688451.261100
3.29-3.493.90.0568331.246199.9
3.49-3.763.90.0518431.177199.9
3.76-4.143.80.0498351.236199.8
4.14-4.743.70.058371.138199.4
4.74-5.973.70.0468491.302199.8
5.97-503.60.0398291.181195

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3V5X

3v5x


解像度: 2.1847→33.83 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.53 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2228 816 4.89 %RANDOM
Rwork0.1771 ---
obs0.1794 16694 98.76 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.64 Å2 / ksol: 0.355 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 143.49 Å2 / Biso mean: 59.5433 Å2 / Biso min: 25.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.3038 Å20 Å2-9.7158 Å2
2---2.3177 Å2-0 Å2
3----2.9861 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1847→33.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2626 0 6 46 2678
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082724
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0123656
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076381
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004473
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6361050
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1847-2.32150.32461090.23932542265195
2.3215-2.50070.25451200.20326522772100
2.5007-2.75230.23571480.191326692817100
2.7523-3.15030.26151400.177926642804100
3.1503-3.9680.21581510.168426752826100
3.968-33.83430.19961480.16722676282498
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.036-1.1622.84145.1141-0.61114.3498-0.2231-0.96760.07371.09830.35450.1834-0.4644-0.8759-0.15580.4201-0.00440.08550.48460.0230.3572-4.223914.500335.4514
21.891-1.40891.50415.0858-1.04564.25090.01920.09380.1579-0.1495-0.11740.0192-0.44650.05920.1020.4556-0.0285-0.02680.3701-0.03990.4487-0.263320.392623.2132
33.49960.2286-0.24633.62580.51632.03580.81461.2797-1.8991-1.27110.10450.16571.5260.0525-1.11530.88890.0119-0.26110.599-0.1820.88784.9114-4.160728.3156
44.66321.7088-1.37552.7266-4.1697.3484-0.4450.674-0.1839-1.67410.3138-0.22220.450.04860.03960.5849-0.0058-0.0160.5658-0.07790.4001-0.366319.689713.7641
52.8722-2.10691.47344.67-2.80645.1344-0.09490.1057-0.5877-0.1290.3656-0.0278-0.3088-0.4615-0.27250.59980.1314-0.11010.5508-0.03530.5362-11.007425.20219.8993
63.0154-1.18861.9295.9482-4.29017.23890.2802-0.4604-0.6519-0.36070.46971.17090.4338-1.4502-0.64920.4317-0.0881-0.1010.64810.03280.6052-8.1117.816927.0805
76.4934-1.45274.0881.894-1.79813.02580.7518-0.9308-1.7994-0.16550.30210.37991.3196-0.617-0.96710.7199-0.2101-0.21950.51080.15610.68512.3823-5.223139.1355
83.50291.2018-0.79482.6676-3.18254.59030.1855-0.2148-0.55741.5763-0.0035-0.7542-0.3913-0.0034-0.03830.6517-0.061-0.110.45450.0270.52279.82846.300441.4445
91.5303-0.09690.94986.5876-4.58977.4955-0.0062-0.0447-0.0876-0.33230.79550.98650.3716-1.3068-0.61530.2475-0.00120.04670.45470.03830.4317-18.1119-4.07223.6907
102.3159-1.12032.1226.6994-3.13715.73540.05370.0859-0.0742-0.1376-0.3054-0.46620.43410.05880.32640.29960.02010.02580.3402-0.02230.3597-6.7611-8.9548.5474
110.7036-1.60581.17063.7156-2.77532.0915-0.4459-0.43750.65152.8031-0.2825-1.2526-2.85071.19510.89891.1971-0.256-0.13330.52560.0440.6826-5.883713.7542.7119
125.9118-5.38670.3677.0843-1.04475.6272-0.7075-0.28290.94660.80070.8324-1.9942-0.20660.80250.10.3988-0.0617-0.07860.47260.00710.64270.5846-10.235616.0674
134.3267-2.10182.93798.1836-5.87196.6222-0.2027-0.60970.78850.3236-0.0693-1.1105-0.2773-0.36210.22090.5781-0.0533-0.00220.47370.0080.4171-4.2418-14.86526.2231
144.5696-3.4013.64359.0488-5.48158.0988-0.4359-0.22150.52780.97550.3296-0.404-1.2441-0.6924-0.1610.38480.08630.06640.4709-0.00070.3943-14.17522.188912.6122
151.8053-0.43720.10133.7809-0.99999.37940.3949-0.05560.42120.21730.30050.7218-1.5145-0.603-0.29680.59620.15380.1020.4260.02460.6009-16.447714.752-4.2855
163.8913-1.80890.40413.3794-3.68695.8240.26860.25060.3911-2.6558-0.3789-0.42920.8417-0.10610.10710.71670.11-0.00310.4850.02290.3631-11.78352.5091-10.4292
175.32822.88552.64854.9023-0.52092.77094.01855.4137-1.2798-13.3895-11.99495.1284-25.7092-26.38768.09430.5312-0.01080.05540.59640.01950.5793-0.12966.422730.3903
182.49532.25972.25552.04662.04252.038617.4672-21.3794-23.23419.7803-8.5772-12.1288.5659-12.4331-9.03670.48610.0094-0.06290.49190.06310.7074-11.45723.87364.1156
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 4:31)A4 - 31
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 32:64)A32 - 64
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 65:84)A65 - 84
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 85:99)A85 - 99
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 100:114)A100 - 114
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 115:132)A115 - 132
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 133:143)A133 - 143
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 144:159)A144 - 159
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 4:31)B4 - 31
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 32:67)B32 - 67
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 68:85)B68 - 85
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 86:99)B86 - 99
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 100:114)B100 - 114
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 115:131)B115 - 131
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 132:144)B132 - 144
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 145:160)B145 - 160
17X-RAY DIFFRACTION17(chain A and resid 201)A201
18X-RAY DIFFRACTION18(chain B and resid 201)B201

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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