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- PDB-3v5q: Discovery of a selective TRK Inhibitor with efficacy in rodent ca... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v5q
タイトルDiscovery of a selective TRK Inhibitor with efficacy in rodent cancer tumor models
要素NT-3 growth factor receptor
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Kinase Domain / Kinase / Phosphorylation / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


NTF3 activates NTRK3 signaling / Activated NTRK3 signals through PLCG1 / Signaling by NTRK3 (TRKC) / Receptor-type tyrosine-protein phosphatases / NTRK3 as a dependence receptor / neurotrophin receptor activity / neurotrophin binding / Activated NTRK3 signals through PI3K / activation of GTPase activity / positive regulation of positive chemotaxis ...NTF3 activates NTRK3 signaling / Activated NTRK3 signals through PLCG1 / Signaling by NTRK3 (TRKC) / Receptor-type tyrosine-protein phosphatases / NTRK3 as a dependence receptor / neurotrophin receptor activity / neurotrophin binding / Activated NTRK3 signals through PI3K / activation of GTPase activity / positive regulation of positive chemotaxis / Activated NTRK3 signals through RAS / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / activation of protein kinase B activity / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / negative regulation of protein phosphorylation / cellular response to nerve growth factor stimulus / positive regulation of MAP kinase activity / receptor protein-tyrosine kinase / positive regulation of neuron projection development / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / p53 binding / PIP3 activates AKT signaling / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / heart development / nervous system development / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / cell differentiation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / positive regulation of cell migration / positive regulation of protein phosphorylation / axon / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
NT-3 growth factor receptor NTRK3 / Growth factor receptor NTRK / Growth factor receptor NTRK, leucine rich repeat C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal motif / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site ...NT-3 growth factor receptor NTRK3 / Growth factor receptor NTRK / Growth factor receptor NTRK, leucine rich repeat C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal motif / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Leucine rich repeat / Immunoglobulin I-set domain / Leucine-rich repeat profile. / : / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0F4 / NT-3 growth factor receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2001 Å
データ登録者Kreusch, A.
引用ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2012
タイトル: Discovery of GNF-5837, a Selective TRK Inhibitor with Efficacy in Rodent Cancer Tumor Models.
著者: Albaugh, P. / Fan, Y. / Mi, Y. / Sun, F. / Adrian, F. / Li, N. / Jia, Y. / Sarkisova, Y. / Kreusch, A. / Hood, T. / Lu, M. / Liu, G. / Huang, S. / Liu, Z. / Loren, J. / Tuntland, T. / ...著者: Albaugh, P. / Fan, Y. / Mi, Y. / Sun, F. / Adrian, F. / Li, N. / Jia, Y. / Sarkisova, Y. / Kreusch, A. / Hood, T. / Lu, M. / Liu, G. / Huang, S. / Liu, Z. / Loren, J. / Tuntland, T. / Karanewsky, D.S. / Seidel, H.M. / Molteni, V.
履歴
登録2011年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NT-3 growth factor receptor
B: NT-3 growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9235
ポリマ－67,8812
非ポリマー1,0423
水3,405189
1
A: NT-3 growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4793
ポリマ－33,9401
非ポリマー5392
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: NT-3 growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4442
ポリマ－33,9401
非ポリマー5031
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.580, 65.580, 177.252
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

-
要素

#1: タンパク質 NT-3 growth factor receptor / GP145-TrkC / Trk-C / Neurotrophic tyrosine kinase receptor type 3 / TrkC tyrosine kinase


分子量: 33940.492 Da / 分子数: 2 / 断片: Kinase Domain (UNP Residues 530-818) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NTRK3, TRKC / プラスミド: pFastBac
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: Q16288, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-0F4 / 1-(3-{[(3Z)-2-oxo-3-(1H-pyrrol-2-ylmethylidene)-2,3-dihydro-1H-indol-6-yl]amino}phenyl)-3-[3-(trifluoromethyl)phenyl]urea


分子量: 503.475 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H20F3N5O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 2.5 M NaCl, 0.1 M Na/K phosphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.19→50 Å / Num. obs: 37248 / % possible obs: 84.5 % / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Χ2: 2.192 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.19-2.271.50.43629151.046166.1
2.27-2.361.50.33532821.245175.3
2.36-2.471.60.27439991.371190.3
2.47-2.61.60.24236961.735183.6
2.6-2.761.60.17138311.973186.8
2.76-2.971.60.1338742.22188.5
2.97-3.271.60.10139172.997188.2
3.27-3.741.70.0838533.046188
3.74-4.721.80.06440142.916190.4
4.72-501.80.05438672.199187.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2001→40.945 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.85 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 28.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2635 1865 5.06 %
Rwork0.2118 --
obs0.2144 36886 85.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 67.795 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 90.26 Å2 / Biso mean: 45.3129 Å2 / Biso min: 19.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.8337 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.8337 Å2-0 Å2
3----3.6674 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2001→40.945 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4216 0 75 189 4480
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084406
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3685960
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077652
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005737
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.5451594
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2001-2.25950.36871310.31062196232770
2.2595-2.3260.34861490.29892333248274
2.326-2.40110.33681310.27922669280084
2.4011-2.48690.34931460.27912794294088
2.4869-2.58650.35531350.26132647278284
2.5865-2.70410.2691690.23922844301389
2.7041-2.84670.3191420.242763290587
2.8467-3.0250.32891410.23172667280886
3.025-3.25850.27231550.19962865302090
3.2585-3.58620.22131340.18952826296090
3.5862-4.10470.23371320.17912869300189
4.1047-5.16990.20851620.17062795295790
5.1699-40.95210.26111380.2252753289187

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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