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万見
- PDB-3v58: Crystal Structure of the B-phycoerythrin from the red algae Porph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v58
タイトルCrystal Structure of the B-phycoerythrin from the red algae Porphyridium Cruentum at pH5
要素
  • Phycoerythrin alpha subunit
  • Phycoerythrin beta subunit
キーワードPHOTOSYNTHESIS / globin-like / Globin fold / Photosynthetic Antenna
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Phycocyanins / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOERYTHROBILIN / Phycoerythrin beta subunit / Phycoerythrin alpha subunit / B-phycoerythrin alpha chain / B-phycoerythrin beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyridium purpureum (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Camara-Artigas, A.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2012
タイトル: pH-dependent structural conformations of B-phycoerythrin from Porphyridium cruentum
著者: Camara-Artigas, A. / Bacarizo, J. / Andujar-Sanchez, M. / Ortiz-Salmeron, E. / Mesa-Valle, C. / Cuadri, C. / Martin-Garcia, J.M. / Martinez-Rodriguez, S. / Mazzuca-Sobczuk, T. / Ibanez, M.J. / Allen, J.P.
履歴
登録2011年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phycoerythrin alpha subunit
B: Phycoerythrin beta subunit
C: Phycoerythrin alpha subunit
D: Phycoerythrin beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,79915
ポリマ－72,8164
非ポリマー5,98311
水9,728540
1
A: Phycoerythrin alpha subunit
B: Phycoerythrin beta subunit
ヘテロ分子

A: Phycoerythrin alpha subunit
B: Phycoerythrin beta subunit
ヘテロ分子

A: Phycoerythrin alpha subunit
B: Phycoerythrin beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,34324
ポリマ－109,2256
非ポリマー9,11918
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area29550 Å2
ΔGint-263 kcal/mol
Surface area41560 Å2
手法PISA
2
C: Phycoerythrin alpha subunit
D: Phycoerythrin beta subunit
ヘテロ分子

C: Phycoerythrin alpha subunit
D: Phycoerythrin beta subunit
ヘテロ分子

C: Phycoerythrin alpha subunit
D: Phycoerythrin beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,05521
ポリマ－109,2256
非ポリマー8,83015
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area30110 Å2
ΔGint-300 kcal/mol
Surface area41680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)187.000, 187.000, 59.330
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Phycoerythrin alpha subunit


分子量: 17824.029 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: E2IH77, UniProt: P11392*PLUS
#2: タンパク質 Phycoerythrin beta subunit


分子量: 18584.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: E2IH76, UniProt: P11393*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-PEB / PHYCOERYTHROBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 540 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.14 %
結晶化温度: 298 K / 手法: counter-diffusion in capillary / pH: 5
詳細: 3M ammonium sulphate, 0.1M sodium acetate, pH 5, counter-diffusion in capillary, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.7 % / Av σ(I) over netI: 8.7 / 数: 241056 / Rsym value: 0.071 / D res high: 1.85 Å / D res low: 93.5 Å / Num. obs: 64691 / % possible obs: 98
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
5.8519.8196.510.0220.0224.8
4.145.8510010.0470.0474.8
3.384.1499.410.0370.0374.1
2.933.3899.210.0520.0524.2
2.622.9399.510.0760.0764
2.392.6298.810.0960.0963.6
2.212.3997.810.1290.1293.4
2.072.2197.310.1890.1893.3
1.952.0796.210.2880.2883.4
1.851.9596.710.4830.4833.4
反射解像度: 1.85→93.5 Å / Num. all: 64691 / Num. obs: 64691 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 18.725 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.85-1.953.40.4831.63131493320.48396.7
1.95-2.073.40.2882.62950087870.28896.2
2.07-2.213.30.18942790683420.18997.3
2.21-2.393.40.1295.82678278190.12997.8
2.39-2.623.60.0967.72628572520.09698.8
2.62-2.9340.0769.32628165930.07699.5
2.93-3.384.20.05213.12453758080.05299.2
3.38-4.144.10.03716.92031549100.03799.4
4.14-5.854.80.04712.11854938350.047100
5.85-19.8144.80.02226.3958720130.02296.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.9 Å35.8 Å
Translation1.9 Å35.8 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLM3.3.20データ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LIA

1lia


解像度: 1.85→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / WRfactor Rfree: 0.2132 / WRfactor Rwork: 0.1739 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8702 / SU B: 2.896 / SU ML: 0.089 / SU R Cruickshank DPI: 0.1366 / SU Rfree: 0.1318 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT; U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 3283 5.1 %RANDOM
Rwork0.178 ---
all0.1802 66037 --
obs0.1802 64691 97.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 85.42 Å2 / Biso mean: 19.7394 Å2 / Biso min: 8.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å20.07 Å20 Å2
2--0.15 Å2-0 Å2
3----0.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5088 0 435 540 6063
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.025644
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4112.0577698
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8095690
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.68823.796216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.97515850
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0161540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.2841
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.024366
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 236 -
Rwork0.238 4462 -
all-4698 -
obs--97.01 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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