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- PDB-3v4p: crystal structure of a4b7 headpiece complexed with Fab ACT-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v4p
タイトルcrystal structure of a4b7 headpiece complexed with Fab ACT-1
要素
  • (MONOCLONAL ANTIBODY Act-1 ...) x 2
  • Integrin alpha-4
  • Integrin beta-7
キーワードCELL ADHESION / MAdCAM-1 / Membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent extracellular exosome endocytosis / negative regulation of protein homodimerization activity / immune response in gut-associated lymphoid tissue / cell-matrix adhesion involved in ameboidal cell migration / integrin alpha4-beta7 complex / diapedesis / integrin alpha4-beta1 complex / cell-cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / axonogenesis involved in innervation ...clathrin-dependent extracellular exosome endocytosis / negative regulation of protein homodimerization activity / immune response in gut-associated lymphoid tissue / cell-matrix adhesion involved in ameboidal cell migration / integrin alpha4-beta7 complex / diapedesis / integrin alpha4-beta1 complex / cell-cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / axonogenesis involved in innervation / leukocyte tethering or rolling / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / protein antigen binding / integrin complex / heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / neuron projection extension / leukocyte migration / negative regulation of vasoconstriction / leukocyte cell-cell adhesion / cell adhesion mediated by integrin / receptor clustering / cellular response to cytokine stimulus / endodermal cell differentiation / fibronectin binding / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / Integrin cell surface interactions / positive regulation of T cell migration / coreceptor activity / T cell migration / cell adhesion molecule binding / substrate adhesion-dependent cell spreading / B cell differentiation / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / cell-cell adhesion / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cellular response to amyloid-beta / integrin binding / virus receptor activity / growth cone / Potential therapeutics for SARS / receptor complex / cell adhesion / external side of plasma membrane / focal adhesion / neuronal cell body / cell surface / extracellular exosome / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Integrin domains. Chain A, domain 2 / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 3 / Integrin alpha, N-terminal / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily ...Integrin domains. Chain A, domain 2 / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 3 / Integrin alpha, N-terminal / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain profile. / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / von Willebrand factor, type A domain / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin alpha, N-terminal / Integrin domain superfamily / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrin alpha-4 / Integrin beta-7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Yu, Y. / Zhu, J. / Springer, T.A.
引用ジャーナル: J.Cell Biol. / : 2012
タイトル: Structural specializations of a4b7, an Integrin that Mediates Rolling Adhesion
著者: Yu, Y. / Zhu, J. / Mi, L.Z. / Walz, T. / Sun, H. / Chen, J. / Springer, T.A.
履歴
登録2011年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月28日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_src_gen / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity_src_gen.entity_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月9日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin alpha-4
B: Integrin beta-7
C: Integrin alpha-4
D: Integrin beta-7
H: MONOCLONAL ANTIBODY Act-1 HEAVY CHAIN
L: MONOCLONAL ANTIBODY Act-1 LIGHT CHAIN
M: MONOCLONAL ANTIBODY Act-1 HEAVY CHAIN
N: MONOCLONAL ANTIBODY Act-1 LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)342,66733
ポリマ-337,0778
非ポリマー5,59025
37821
1
A: Integrin alpha-4
B: Integrin beta-7
H: MONOCLONAL ANTIBODY Act-1 HEAVY CHAIN
L: MONOCLONAL ANTIBODY Act-1 LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,14817
ポリマ-168,5394
非ポリマー3,60913
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Integrin alpha-4
D: Integrin beta-7
M: MONOCLONAL ANTIBODY Act-1 HEAVY CHAIN
N: MONOCLONAL ANTIBODY Act-1 LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,51916
ポリマ-168,5394
非ポリマー1,98012
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)137.780, 122.740, 158.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.38, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23
14
24
15
25
16
26
17
27

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 1:430 ) and (not element H)
211chain C and (resseq 1:430 ) and (not element H)
112chain B and (resseq 133:371 ) and (not element H)
212chain D and (resseq 133:371 ) and (not element H)
113chain B and (resseq 81:126 or resseq 373:454 ) and (not element H)
213chain D and (resseq 81:126 or resseq 373:454 ) and (not element H)
114chain M and (resseq 1:120 ) and (not element H)
214chain H and (resseq 1:120 ) and (not element H)
115chain M and (resseq 121:134 or resseq 142:218 ) and (not element H)
215chain H and (resseq 121:134 or resseq 142:218 ) and (not element H)
116chain N and (resseq 1:111 ) and (not element H)
216chain L and (resseq 1:111 ) and (not element H)
117chain N and (resseq 112:215 ) and (not element H)
217chain L and (resseq 112:215 ) and (not element H)

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Integrin alpha-4 / CD49 antigen-like family member D / Integrin alpha-IV / VLA-4 subunit alpha


分子量: 65644.656 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 34-620 / 変異: R558A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGA4, CD49D / 参照: UniProt: P13612
#2: タンパク質 Integrin beta-7 / Gut homing receptor beta subunit


分子量: 55426.227 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 20-512 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGB7
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P26010

-
抗体 , 2種, 4分子 HMLN

#3: 抗体 MONOCLONAL ANTIBODY Act-1 HEAVY CHAIN


分子量: 23570.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HYBRIDOMA / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 抗体 MONOCLONAL ANTIBODY Act-1 LIGHT CHAIN


分子量: 23897.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HYBRIDOMA / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)

-
, 2種, 11分子

#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / : C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 35分子

#6: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / : Ca
#8: 化合物 ChemComp-15P / POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) / PEG 1500


分子量: 1529.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C69H140O35 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#10: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.68 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris, 0.1 M NaCl, 8-10% PEG 20,000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, pH 8.5

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 23-ID-D11.00695
シンクロトロンAPS 23-ID-D20.97945
シンクロトロンAPS 23-ID-D30.97945,0.97960,0.94957
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 300 mm CCD1CCD2008年12月6日
2
3
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1double silicon crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2double silicon crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3double silicon crystalMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.006951
20.979451
30.97961
40.949571
反射解像度: 3.15→50 Å / Num. obs: 82079 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.78 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 3.15→3.299 Å / Rmerge(I) obs: 0.915 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.915 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.15→46.13 Å / SU ML: 0.82 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 27.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2514 1067 1.3 %
Rwork0.2199 --
obs0.2204 82057 99.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.04 Å / VDWプローブ半径: 0.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 94.27 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--32.8093 Å2-0 Å23.9672 Å2
2---16.651 Å2-0 Å2
3----11.7665 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→46.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21380 0 298 21 21699
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00322230
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68930152
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6518170
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0473346
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033902
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
11A3288X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12C3288X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
21B1843X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22D1843X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
31B1006X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32D1006X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.004
41M941X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
42H941X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
51M666X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
52H666X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
61N851X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
62L851X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
71N811X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
72L811X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.15-3.29330.37741250.339310117X-RAY DIFFRACTION100
3.2933-3.46690.33761540.300510063X-RAY DIFFRACTION100
3.4669-3.6840.31411210.264810105X-RAY DIFFRACTION100
3.684-3.96830.26121420.225410100X-RAY DIFFRACTION100
3.9683-4.36740.22741190.184710130X-RAY DIFFRACTION100
4.3674-4.99870.19491440.158910106X-RAY DIFFRACTION100
4.9987-6.29530.20781150.180110190X-RAY DIFFRACTION99
6.2953-46.13460.22181470.208810179X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.29390.11530.13881.72210.31381.96830.0114-0.0794-0.18930.3130.0744-0.21610.35170.2732-0.0670.41940.163-0.08850.3614-0.08580.29599.737227.62743.4492
22.02220.13862.22790.67430.83766.74070.1692-0.11570.04990.5278-0.0362-0.3469-0.2610.1879-0.00151.2118-0.2026-0.43790.8969-0.03590.842439.920543.845677.5204
31.1949-0.1952-0.20580.9816-0.03041.87910.0811-0.1848-0.11920.4875-0.50660.715-0.1438-0.92050.20650.56160.00470.18660.7288-0.33580.6367-23.980629.624153.0402
43.08810.59280.69234.7551.21634.8509-0.1871-0.03220.1223-0.2032-0.1484-0.2053-0.57340.30740.19431.4903-0.14020.49131.56-0.35260.9646-16.274343.882882.2822
53.9059-1.1114-1.05341.65680.61681.77090.17640.03780.72330.41090.2961.0152-0.4888-0.4118-0.20111.0931.7208-0.15211.0469-0.23271.7373-47.129372.700131.6267
60.4752-0.1401-0.26671.46-0.21391.43050.0429-0.21290.23080.6413-0.20.1209-0.2248-0.2590.13222.62470.21540.59671.358-0.30571.7485-56.933969.959967.0002
71.981-0.5037-0.3512.0713-0.29992.2577-0.00640.2111-0.10750.5796-0.05120.3366-0.1238-0.3714-0.02410.83970.7734-0.19181.0498-0.51241.4497-42.964152.09735.7753
80.00020.0084-0.01840.0491-0.10970.2506-0.2293-0.23930.00860.33450.07270.7624-0.406-0.46250.14451.87480.18960.48691.6241-0.73882.4847-66.568856.692362.7812
90.77580.029-0.1761.3094-0.03051.41590.05140.10620.2626-0.4759-0.04720.0573-0.6807-0.03930.02521.06940.0945-0.05770.379-0.03940.37997.138562.74827.2178
101.551-0.4897-1.37691.14460.73554.5903-0.13430.4186-0.3765-0.38950.0942-0.1230.2970.15750.04711.13830.05860.22721.0237-0.12140.638138.532847.2341-27.1228
111.55190.29970.45260.7129-0.44452.0368-0.06180.1530.3445-0.34650.02690.6756-0.1441-0.9571-0.04661.25330.4437-0.41541.1165-0.15130.9116-26.565657.0181-1.3002
124.2442-0.6368-0.09944.11231.42925.1089-0.23520.0708-0.0030.11570.0609-0.04910.07330.40020.09961.3781-0.0456-0.48241.2293-0.09910.7341-17.966344.3907-31.0486
133.97091.58751.44733.15490.35332.2171-0.2520.47180.0423-0.2822-0.02160.78370.2772-0.73470.05770.4956-0.1592-0.05071.0526-0.42130.9678-42.900211.05120.5121
140.4124-0.29220.57311.17460.12491.4744-0.04890.1783-0.0269-0.46130.0174-0.05890.1053-0.05050.01341.9837-0.525-0.36011.8166-0.20951.4799-52.401812.496-15.1027
153.0850.06490.36621.8698-1.02572.7515-0.2280.42680.1745-0.46610.09150.6805-0.233-0.6666-0.00570.78320.3118-0.36621.176-0.37241.271-41.631.993216.3406
160.1132-0.05490.00640.0958-0.12890.2422-0.38190.36050.1151-0.38910.02860.73550.062-0.56080.28241.8611-0.1963-0.75212.8101-0.34911.8941-63.748524.2291-11.4057
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 1:430
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 431:587
3X-RAY DIFFRACTION3chain B and resid 131:371
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and (resid 80:130 or resid 372:459)
5X-RAY DIFFRACTION5chain M and resid 1:121
6X-RAY DIFFRACTION6chain M and resid 122:219
7X-RAY DIFFRACTION7chain N and resid 1:112
8X-RAY DIFFRACTION8chain N and resid 113:215
9X-RAY DIFFRACTION9chain C and resid 1:430
10X-RAY DIFFRACTION10chain C and resid 431:587
11X-RAY DIFFRACTION11chain D and resid 131:371
12X-RAY DIFFRACTION12chain D and (resid 80:130 or resid 372:459)
13X-RAY DIFFRACTION13chain H and resid 1:121
14X-RAY DIFFRACTION14chain H and resid 122:219
15X-RAY DIFFRACTION15chain L and resid 1:112
16X-RAY DIFFRACTION16chain L and resid 113:215

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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