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- PDB-3v4l: Mouse MALT1(caspase-IG3 domains) in complex with a irreversible p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v4l
タイトルMouse MALT1(caspase-IG3 domains) in complex with a irreversible peptidic inhibitor
要素
  • MALT1 Inhibitor
  • Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 homolog
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / Caspase / IG like / Hydrolyse / TRAF6 / Cytosol / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CLEC7A/inflammasome pathway / polkadots / B-1 B cell differentiation / positive regulation of T-helper 17 cell differentiation / CBM complex / regulation of T cell receptor signaling pathway / Activation of NF-kappaB in B cells / FCERI mediated NF-kB activation / CLEC7A (Dectin-1) signaling / Downstream TCR signaling ...CLEC7A/inflammasome pathway / polkadots / B-1 B cell differentiation / positive regulation of T-helper 17 cell differentiation / CBM complex / regulation of T cell receptor signaling pathway / Activation of NF-kappaB in B cells / FCERI mediated NF-kB activation / CLEC7A (Dectin-1) signaling / Downstream TCR signaling / response to fungus / nuclear export / kinase activator activity / B cell activation / endopeptidase activator activity / T cell proliferation / positive regulation of interleukin-2 production / proteolysis involved in protein catabolic process / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of T cell cytokine production / positive regulation of T cell activation / fibrillar center / ubiquitin-protein transferase activity / T cell receptor signaling pathway / cellular response to lipopolysaccharide / protease binding / regulation of apoptotic process / endopeptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / innate immune response / cysteine-type endopeptidase activity / perinuclear region of cytoplasm / proteolysis / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #3360 / Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 / MALT1, death domain / MALT1 immunoglobulin-like domain / : / MALT1 Ig-like domain / Rossmann fold - #1460 / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : ...Immunoglobulin-like - #3360 / Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 / MALT1, death domain / MALT1 immunoglobulin-like domain / : / MALT1 Ig-like domain / Rossmann fold - #1460 / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Immunoglobulin domain / Death-like domain superfamily / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-valyl-N~5~-[amino(iminio)methyl]-L-ornithyl-N-[(3R)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-fluoro-2-oxohexan-3-yl]-L-prolinamide / Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Renatus, M. / Wiesmann, C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural Determinants of MALT1 Protease Activity.
著者: Wiesmann, C. / Leder, L. / Blank, J. / Bernardi, A. / Melkko, S. / Decock, A. / D'Arcy, A. / Villard, F. / Erbel, P. / Hughes, N. / Freuler, F. / Nikolay, R. / Alves, J. / Bornancin, F. / Renatus, M.
履歴
登録2011年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月9日Group: Database references
改定 1.22012年12月12日Group: Other
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年11月29日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_related / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_related.db_name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 homolog
B: MALT1 Inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2682
ポリマ－45,2682
非ポリマー00
水00
1
A: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 homolog
B: MALT1 Inhibitor

A: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 homolog
B: MALT1 Inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,5354
ポリマ－90,5354
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z1
Buried area5160 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area32940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.861, 150.861, 91.822
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質 Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 homolog / Paracaspase


分子量: 44570.285 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 338-832 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Malt1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q2TBA3, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: タンパク質・ペプチド MALT1 Inhibitor / Z-VRPR-FMK


タイプ: Oligopeptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 697.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
参照: N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-valyl-N~5~-[amino(iminio)methyl]-L-ornithyl-N-[(3R)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-fluoro-2-oxohexan-3-yl]-L-prolinamide
構成要素の詳細A LARGE SECTION OF THE C-TERMINAL RESIDUES 730-832 WAS CLEAVED DUE TO PROTEASE ACITIVITY DURING ...A LARGE SECTION OF THE C-TERMINAL RESIDUES 730-832 WAS CLEAVED DUE TO PROTEASE ACITIVITY DURING CRYSTALLIZATION
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.08 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 0.2 M Li2SO4, 0.1M Bis-tris propane pH7, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年3月8日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→60 Å / Num. obs: 10950 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 80.75 Å2 / Rsym value: 0.149
反射 シェル解像度: 3.15→3.28 Å / 冗長度: 13 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Rsym value: 0.0803 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Adxvdata processing
PHASER位相決定
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.15→58.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9028 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8753 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2311 548 5 %RANDOM
Rwork0.1782 ---
obs0.1808 10950 98.53 %-
原子変位パラメータBiso mean: 69.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--15.6168 Å20 Å20 Å2
2---15.6168 Å20 Å2
3---31.2336 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.53 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→58.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3097 0 0 0 3097
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013165HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.324282HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1104SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes83HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes449HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3165HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion23.98
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion403SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3589SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.15→3.45 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2956 127 5.01 %
Rwork0.2205 2406 -
all0.2241 2533 -
obs--98.53 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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