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- PDB-3v47: Crystal structure of the N-terminal fragment of zebrafish TLR5 in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v47
タイトルCrystal structure of the N-terminal fragment of zebrafish TLR5 in complex with Salmonella flagellin
要素
  • Flagellin
  • Toll-like receptor 5b and variable lymphocyte receptor B.61 chimeric protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / Innate immunity / Leucine-rich repeat / innate immune receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


toll-like receptor 5 signaling pathway / activation of immune response / bacterial-type flagellum / toll-like receptor signaling pathway / transmembrane signaling receptor activity / signaling receptor activity / inflammatory response / innate immune response / structural molecule activity / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Flagellin, beta sheet domain / f41 fragment of flagellin, N-terminal domain / f41 fragment of flagellin, N-terminal domain / Variable lymphocyte receptor, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3439) / Toll-like receptor / Flagellin, C-terminal domain, subdomain 2 / : / Flagellin, C-terminal domain / Bacterial flagellin C-terminal helical region ...Flagellin, beta sheet domain / f41 fragment of flagellin, N-terminal domain / f41 fragment of flagellin, N-terminal domain / Variable lymphocyte receptor, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3439) / Toll-like receptor / Flagellin, C-terminal domain, subdomain 2 / : / Flagellin, C-terminal domain / Bacterial flagellin C-terminal helical region / Flagellin / Flagellin, N-terminal domain / Bacterial flagellin N-terminal helical region / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / TIR domain / Leucine Rich Repeat / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Tlr5b protein / Flagellin / Variable lymphocyte receptor B
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
Eptatretus burgeri (ヌタウナギ)
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.47 Å
データ登録者Yoon, S.I. / Hong, H. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: Structural basis of TLR5-flagellin recognition and signaling.
著者: Yoon, S.I. / Kurnasov, O. / Natarajan, V. / Hong, M. / Gudkov, A.V. / Osterman, A.L. / Wilson, I.A.
履歴
登録2011年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月7日Group: Structure summary
改定 1.22017年8月2日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42018年2月14日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toll-like receptor 5b and variable lymphocyte receptor B.61 chimeric protein
B: Toll-like receptor 5b and variable lymphocyte receptor B.61 chimeric protein
C: Flagellin
D: Flagellin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,79711
ポリマ－191,4364
非ポリマー2,3617
水5,242291
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.406, 181.495, 186.367
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D
13C
23D
14A
24B
15A
25B
16A
26B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1113A1 - 150
2113B1 - 150
1123C1 - 174
2123D1 - 174
1223C414 - 459
2223D414 - 459
1134C192 - 242
2134D192 - 242
1234C344 - 392
2234D344 - 392
1143A151 - 300
2143B151 - 300
1153A301 - 360
2153B301 - 360
1255A361
2255B361
1353A362 - 390
2353B362 - 390
1163A391 - 442
2163B391 - 442
1265A443
2265B443
1363A444 - 464
2363B444 - 464

NCSアンサンブル:
ID
1
2
4
5
6
3

-
要素

#1: タンパク質 Toll-like receptor 5b and variable lymphocyte receptor B.61 chimeric protein


分子量: 51169.230 Da / 分子数: 2
断片: zebrafish Toll-like receptor 5b (UNP residues 22-390), hagfish variable lymphocyte receptor B.61 (UNP residues 126-200)
変異: V24E, L124V, Q159K, R227K, S229T, D334N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ), (組換発現) Eptatretus burgeri (ヌタウナギ)
細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: B3DIN1, UniProt: Q4G1L2
#2: タンパク質 Flagellin / Phase 1-C flagellin


分子量: 44548.656 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 48-466 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin (サルモネラ菌)
遺伝子: fliC, fliC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06971
#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.32 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 15% PEG8000, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.47→20 Å / Num. all: 69591 / Num. obs: 69591 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.086
反射 シェル解像度: 2.47→2.56 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.491 / % possible all: 93.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.47→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.424 / ESU R Free: 0.275 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25924 3513 5.1 %RANDOM
Rwork0.22119 ---
all0.22313 ---
obs0.22313 66000 96.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.4 Å20 Å20 Å2
2---2.15 Å20 Å2
3---0.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.47→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11017 0 154 291 11462
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02211349
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4671.9715408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.12351454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.926.137497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.045151881
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.3421535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.21839
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.028465
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5561.57237
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.142211566
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.35334112
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0044.53842
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A508TIGHT POSITIONAL0.050.05
1A463LOOSE POSITIONAL0.065
1A508TIGHT THERMAL0.110.5
1A463LOOSE THERMAL0.1510
2C628TIGHT POSITIONAL0.040.05
2C516LOOSE POSITIONAL0.095
2C628TIGHT THERMAL0.110.5
2C516LOOSE THERMAL0.1410
3C597MEDIUM POSITIONAL0.270.5
3C597MEDIUM THERMAL0.372
4A600TIGHT POSITIONAL0.040.05
4A587LOOSE POSITIONAL0.085
4A600TIGHT THERMAL0.130.5
4A587LOOSE THERMAL0.1510
5A356TIGHT POSITIONAL0.060.05
5A4MEDIUM POSITIONAL0.030.5
5A355LOOSE POSITIONAL0.075
5A356TIGHT THERMAL0.160.5
5A4MEDIUM THERMAL0.082
5A355LOOSE THERMAL0.1710
6A292TIGHT POSITIONAL0.050.05
6A4MEDIUM POSITIONAL0.040.5
6A271LOOSE POSITIONAL0.085
6A292TIGHT THERMAL0.120.5
6A4MEDIUM THERMAL0.122
6A271LOOSE THERMAL0.1410
LS精密化 シェル解像度: 2.471→2.534 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 276 -
Rwork0.304 4541 -
obs--92.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5630.15850.14251.20930.50591.04740.00570.07880.0631-0.0230.0352-0.10480.10950.1192-0.0410.02110.03680.01270.20190.01360.1353-13.395-9.23319.533
20.48830.00210.15231.20150.45821.0872-0.0118-0.0041-0.02850.186-0.0180.17520.0241-0.07720.02980.03450.02080.02560.13460.01340.2244-29.58926.74556.801
31.6295-0.1308-0.2112.2232-0.17234.33080.11640.19190.1306-0.148-0.06940.2663-0.0797-0.3767-0.04710.06790.0234-0.00410.1738-0.03430.2398-34.212-11.31624.901
41.3288-0.5810.02185.3335-0.10831.840.02470.11730.2026-0.05070.0502-0.4388-0.1580.212-0.0750.11250.0133-0.03220.2376-0.02840.203-9.05421.02459.169
56.6658-8.17625.034513.5172-7.23187.2636-0.0874-0.35010.29971.04610.5366-0.0488-0.4888-0.1848-0.44910.6361-0.06570.02650.46460.02170.4841-27.397-45.9374.327
63.58081.3098-3.70633.4389-6.383213.80950.0188-0.3881-0.337-0.5697-0.24560.06550.43770.07230.22680.72510.0615-0.11910.69210.15870.4535-11-24.3191.384
72.2247-1.70533.35121.2649-19.046719.7015-0.39260.09410.15951.75630.0777-1.0158-1.45620.45280.3150.7370.13330.05690.5688-0.04790.893-33.914-24.59161.036
80.887-0.6124-2.452414.2195-7.585313.0867-0.06830.2206-0.1041-0.7726-0.07980.27850.9151-0.70630.1480.74910.1115-0.14650.54010.09440.5303-8.156-14.21671.127
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A24 - 464
2X-RAY DIFFRACTION2B24 - 464
3X-RAY DIFFRACTION3C64 - 174
4X-RAY DIFFRACTION3C404 - 459
5X-RAY DIFFRACTION4D62 - 174
6X-RAY DIFFRACTION4D404 - 460
7X-RAY DIFFRACTION5C192 - 242
8X-RAY DIFFRACTION5C344 - 382
9X-RAY DIFFRACTION6D192 - 237
10X-RAY DIFFRACTION6D347 - 382
11X-RAY DIFFRACTION7C175 - 191
12X-RAY DIFFRACTION7C383 - 403
13X-RAY DIFFRACTION8D175 - 191
14X-RAY DIFFRACTION8D383 - 403

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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