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- PDB-3v3y: Photosynthetic Reaction Center From Rhodobacter Sphaeroides strain RV -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v3y
タイトルPhotosynthetic Reaction Center From Rhodobacter Sphaeroides strain RV
要素(Reaction center protein ...) x 3
キーワードELECTRON TRANSPORT / Photosynthetic reaction center / Primary electron donor / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / : / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 / Photosystem II protein D1-like / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal ...Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 / Photosystem II protein D1-like / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Few Secondary Structures / Irregular / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN A / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / : / PHOSPHATE ION / SPEROIDENONE / UBIQUINONE-10 / Reaction center protein H chain / Reaction center protein L chain / Reaction center protein M chain
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Gabdulkhakov, A.G. / Fufina, T.Y. / Vasilieva, L.G. / Shuvalov, V.A.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2012
タイトル: The site-directed mutation I(L177)H in Rhodobacter sphaeroides reaction center affects coordination of P(A) and B(B) bacteriochlorophylls.
著者: Vasilieva, L.G. / Fufina, T.Y. / Gabdulkhakov, A.G. / Leonova, M.M. / Khatypov, R.A. / Shuvalov, V.A.
履歴
登録2011年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月27日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Reaction center protein H chain
L: Reaction center protein L chain
M: Reaction center protein M chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,63828
ポリマ－91,4163
非ポリマー10,22225
水1,65792
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area38410 Å2
ΔGint-237 kcal/mol
Surface area29250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.750, 139.750, 185.604
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細heterotrimer

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要素

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Reaction center protein ... , 3種, 3分子 HLM

#1: タンパク質 Reaction center protein H chain / Photosynthetic reaction center H subunit


分子量: 26170.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
遺伝子: puhA / プラスミド: pREH-D2 L177 / 発現宿主: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株 (発現宿主): DD13 / 参照: UniProt: P0C0Y7
#2: タンパク質 Reaction center protein L chain / Photosynthetic reaction center L subunit


分子量: 31360.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
遺伝子: pufL / プラスミド: pREH-D2 L177 / 発現宿主: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株 (発現宿主): DD13 / 参照: UniProt: P0C0Y8
#3: タンパク質 Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center M subunit


分子量: 33885.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
遺伝子: pufM / プラスミド: pREH-D2 L177 / 発現宿主: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株 (発現宿主): DD13 / 参照: UniProt: P0C0Y9

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非ポリマー , 10種, 117分子

#4: 化合物
ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A


分子量: 911.504 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6
#6: 化合物 ChemComp-BPH / BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン


分子量: 889.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H76N4O6
#7: 化合物 ChemComp-U10 / UBIQUINONE-10 / Coenzyme Q10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略)


分子量: 863.343 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C59H90O4
#8: 化合物 ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#9: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#10: 化合物 ChemComp-SPN / SPEROIDENONE


分子量: 594.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H70O2
#11: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#12: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#13: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細AUTHORS STATE THAT THE DISCREPANCY IS ASSOCIATED TO A DIFFERENT STRAIN SEQUENCE (STRAIN RV)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.51 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 3.5% 1,2,3 -heptanetriol, 2% dioxane, 0.1% LDAO, 1M potassium phosphate , pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54179 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月11日
放射モノクロメーター: Montel 200 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→26.6 Å / Num. all: 52181 / Num. obs: 51787 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.75 % / Rmerge(I) obs: 0.185 / Net I/σ(I): 6.11
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.91 % / Rmerge(I) obs: 0.626 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
PROTEUM PLUSPLUSデータ削減
PROTEUM PLUSPLUSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1E6D

1e6d


解像度: 2.8→19.941 Å / SU ML: 0.9 / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 2640 5.11 %RANDOM
Rwork0.244 ---
all0.2465 51787 --
obs0.246 51655 99.42 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.47 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 11.091 Å2 / ksol: 0.274 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.9515 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.9515 Å2-0 Å2
3----3.903 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.941 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6482 0 696 92 7270
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.017431
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.74210164
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.0262710
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.091016
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061228
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8001-2.85080.37161340.31592537X-RAY DIFFRACTION99
2.8508-2.90550.33151510.28152543X-RAY DIFFRACTION100
2.9055-2.96460.32451380.27672550X-RAY DIFFRACTION100
2.9646-3.02890.32051450.27192542X-RAY DIFFRACTION100
3.0289-3.09910.29921290.27672592X-RAY DIFFRACTION99
3.0991-3.17630.3491540.28082535X-RAY DIFFRACTION100
3.1763-3.26180.33331380.27712553X-RAY DIFFRACTION100
3.2618-3.35730.30141240.28782578X-RAY DIFFRACTION99
3.3573-3.46520.38811480.27862554X-RAY DIFFRACTION100
3.4652-3.58830.3531520.27892555X-RAY DIFFRACTION100
3.5883-3.73110.27621320.26482555X-RAY DIFFRACTION99
3.7311-3.89970.2711530.24932543X-RAY DIFFRACTION99
3.8997-4.10360.30361250.24942582X-RAY DIFFRACTION99
4.1036-4.35820.29341420.23232571X-RAY DIFFRACTION99
4.3582-4.69070.22411250.21532581X-RAY DIFFRACTION99
4.6907-5.15530.23031390.20242613X-RAY DIFFRACTION99
5.1553-5.88450.2471290.21172620X-RAY DIFFRACTION100
5.8845-7.35160.22221440.1962660X-RAY DIFFRACTION100
7.3516-19.94180.21761380.20362751X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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