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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3v3x | ||||||
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タイトル | Nitroxide Spin Labels in Protein GB1: N8/K28 Double Mutant | ||||||
![]() | Immunoglobulin G-binding protein G | ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / domain-swapped dimer / nitroxide spin label | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cunningham, T.F. / McGoff, M.S. / Sengupta, I. / Jaroniec, C.P. / Horne, W.S. / Saxena, S.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: High-resolution structure of a protein spin-label in a solvent-exposed beta-sheet and comparison with DEER spectroscopy. 著者: Cunningham, T.F. / McGoff, M.S. / Sengupta, I. / Jaroniec, C.P. / Horne, W.S. / Saxena, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 87.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 68.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2qmtS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-抗体 , 1種, 4分子 ABCD
#1: 抗体 | 分子量: 6191.812 Da / 分子数: 4 / 変異: C8N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: spg / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 140分子 ![](data/chem/img/MTN.gif)
![](data/chem/img/2PE.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/2PE.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-MTN / #3: 化合物 | ChemComp-2PE / | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.76 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 150 mM sodium acetate pH 4.5, 18% w/v PEG 3350 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月19日 / 詳細: Rigaku VariMax Optics |
放射 | モノクロメーター: Rigaku VariMax Optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→27.3 Å / Num. obs: 17743 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 15.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB 2QMT 解像度: 2→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 5.218 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.203 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.042 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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