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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3v2v | ||||||
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タイトル | Nitrite Bound Chlorin Substituted Myoglobin- Method 1 | ||||||
![]() | Myoglobin | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / nitrite / chlorin / myoglobin / chlorin reconstituted myoglobin | ||||||
機能・相同性 | ![]() nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / oxygen transport / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / heme binding ...nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / oxygen transport / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yi, J. / Thomas, L.M. / Ricther-Addo, G.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Distal pocket control of nitrite binding in myoglobin 著者: Yi, J. / Thomas, L.M. / Richter-Addo, G.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 49.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 33.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 16983.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 157分子 ![](data/chem/img/HKL.gif)
![](data/chem/img/NO2.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NO2.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-HKL / | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-NA / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.19 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: ammonium sulfate, 100mM TrisHCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年6月21日 / 詳細: Osmic |
放射 | モノクロメーター: Osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→26.45 Å / Num. obs: 15443 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.13 % / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 17.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 3.08 % / Rmerge(I) obs: 0.163 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique all: 1503 / % possible all: 95.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3BA2 解像度: 1.65→26.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 2.298 / SU ML: 0.078 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.747 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→26.23 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
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