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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v2g
タイトルCrystal structure of a dehydrogenase/reductase from Sinorhizobium meliloti 1021
要素3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / NYSGRC / New York Structural Genomics Research Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
類似検索 - 分子機能
PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Sinorhizobium meliloti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Agarwal, R. / Chamala, S. / Evans, B. / Foti, R. / Gizzi, A. / Hillerich, B. / Kar, A. / LaFleur, J. / Seidel, R. / Villigas, G. ...Agarwal, R. / Chamala, S. / Evans, B. / Foti, R. / Gizzi, A. / Hillerich, B. / Kar, A. / LaFleur, J. / Seidel, R. / Villigas, G. / Zencheck, W. / Almo, S.C. / Swaminathan, S. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a dehydrogenase/reductase from Sinorhizobium meliloti 1021
著者: Agarwal, R. / Almo, S.C. / Swaminathan, S.
履歴
登録2011年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5043
ポリマ－28,3121
非ポリマー1922
水3,279182
1
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
ヘテロ分子

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
ヘテロ分子

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
ヘテロ分子

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,01612
ポリマ－113,2474
非ポリマー7698
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_554y,x,-z-1/31
crystal symmetry operation10_664-y+1,-x+1,-z-1/31
Buried area15070 Å2
ΔGint-211 kcal/mol
Surface area33040 Å2
手法PISA
2
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
ヘテロ分子

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0086
ポリマ－56,6242
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
Buried area3930 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area20120 Å2
手法PISA
3
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
ヘテロ分子

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0086
ポリマ－56,6242
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_664-y+1,-x+1,-z-1/31
Buried area4070 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area19980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.088, 138.088, 77.207
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-358-

HOH

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要素

#1: タンパク質 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase


分子量: 28311.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 株: 1021 / 遺伝子: RB0438, SM_b20456 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIPL
参照: UniProt: Q92WA6, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M Bis-tris, 2M ammonium Sulfate, 0.1M Lithium Chloride, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月8日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: SI-III / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 19462 / Num. obs: 19462 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 51.5 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 3.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 51.5 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 1915 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
MOLREP位相決定
CCP4モデル構築
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3U5T

3u5t


解像度: 2.3→39.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 3.36 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0 / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20471 990 5.1 %RANDOM
Rwork0.16699 ---
obs0.16887 18350 97.88 %-
all-19462 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.791 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1780 0 10 182 1972
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.030.0221817
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1861.9612472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.75251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.29724.32867
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.05615271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.5861512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1540.2290
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0211371
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.411.51236
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.51821947
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6763581
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.514.5525
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.186 82 -
Rwork0.162 1330 -
obs--99.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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