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万見
- PDB-5y8r: ZsYellow at pH 3.5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y8r
タイトルZsYellow at pH 3.5
要素GFP-like fluorescent chromoprotein FP538
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / ZsYellow / pH
機能・相同性Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / Beta Barrel / Mainly Beta / GFP-like fluorescent chromoprotein FP538
機能・相同性情報
生物種Zoanthus sp. (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Bae, J.E. / Kim, I.J. / Nam, K.H.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation of KoreaNRF-2017R1D1A1B03033087 韓国
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017
タイトル: Disruption of the hydrogen bonding network determines the pH-induced non-fluorescent state of the fluorescent protein ZsYellow by protonation of Glu221.
著者: Bae, J.E. / Kim, I.J. / Nam, K.H.
履歴
登録2017年8月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GFP-like fluorescent chromoprotein FP538


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4161
ポリマ－26,4161
非ポリマー00
水37821
1
A: GFP-like fluorescent chromoprotein FP538

A: GFP-like fluorescent chromoprotein FP538

A: GFP-like fluorescent chromoprotein FP538

A: GFP-like fluorescent chromoprotein FP538


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,6664
ポリマ－105,6664
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation15_555y,x,-z1
Buried area9280 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area34900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.178, 111.178, 103.751
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-303-

HOH

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要素

#1: タンパク質 GFP-like fluorescent chromoprotein FP538 / zFP538


分子量: 26416.412 Da / 分子数: 1 / 変異: M129V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zoanthus sp. (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9U6Y4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細Residue LYS 66, TYR 67 and GLY 68 are modified to make chromophore (CH7 66). ZsYellow chromophore ...Residue LYS 66, TYR 67 and GLY 68 are modified to make chromophore (CH7 66). ZsYellow chromophore has a three-ring feature by hetero-cyclization of the Lys66 residue, resulting in backbone cleavage between Phe65 and Lys66.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.86 %
結晶化温度: 295.5 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Na-citrate, NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 13860 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 7 % / Net I/σ(I): 39.421

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OGR

2ogr


解像度: 2.3→19.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 8.564 / SU ML: 0.194 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.271 / ESU R Free: 0.228
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2575 662 4.8 %RANDOM
Rwork0.2056 ---
obs0.208 13171 93.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 151.86 Å2 / Biso mean: 68.36 Å2 / Biso min: 35.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.2 Å20 Å2-0 Å2
2---2.2 Å20 Å2
3---4.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→19.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1790 0 0 21 1811
Biso mean---55.49 -
残基数----223
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0191839
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021734
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9811.9722474
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83334012
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.095218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.59624.4379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.56115319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.513156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2255
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212041
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02428
LS精密化 シェル解像度: 2.301→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.439 49 -
Rwork0.403 919 -
all-968 -
obs--91.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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