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万見
- PDB-3v21: Crystal structure of Type IIF restriction endonuclease Bse634I wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v21
タイトルCrystal structure of Type IIF restriction endonuclease Bse634I with cognate DNA
要素
  • DNA (5'-D(*TP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*A)-3')
  • Endonuclease Bse634IR
キーワードDNA BINDING PROTEIN / HYDROLASE/DNA / RESTRICTION ENDONUCLEASE / protein-DNA complex / HYDROLASE / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Restriction Endonuclease - #10 / Restriction endonuclease, type II, Cfr10I/Bse634I / Cfr10I/Bse634I restriction endonuclease / Restriction Endonuclease / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Endonuclease Bse634IR
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Manakova, E.N. / Grazulis, S. / Golovenko, D. / Tamulaitiene, G.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: Structural mechanisms of the degenerate sequence recognition by Bse634I restriction endonuclease.
著者: Manakova, E. / Grazulis, S. / Zaremba, M. / Tamulaitiene, G. / Golovenko, D. / Siksnys, V.
履歴
登録2011年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月14日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endonuclease Bse634IR
B: Endonuclease Bse634IR
C: Endonuclease Bse634IR
D: Endonuclease Bse634IR
E: Endonuclease Bse634IR
F: Endonuclease Bse634IR
G: Endonuclease Bse634IR
H: Endonuclease Bse634IR
I: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*A)-3')
J: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*A)-3')
K: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*A)-3')
L: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*A)-3')
M: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*A)-3')
N: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*A)-3')
O: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*A)-3')
P: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*A)-3')
R: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*A)-3')
S: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*A)-3')
V: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*A)-3')
X: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*A)-3')
Y: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*A)-3')
Z: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)325,64822
ポリマ－325,64822
非ポリマー00
水6,467359
1
A: Endonuclease Bse634IR
B: Endonuclease Bse634IR
E: Endonuclease Bse634IR
F: Endonuclease Bse634IR
I: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*A)-3')
J: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*A)-3')
M: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*A)-3')
N: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,9218
ポリマ－150,9218
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23220 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area48600 Å2
手法PISA
2
C: Endonuclease Bse634IR
D: Endonuclease Bse634IR
G: Endonuclease Bse634IR
H: Endonuclease Bse634IR
K: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*A)-3')
L: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*A)-3')
O: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*A)-3')
P: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,9218
ポリマ－150,9218
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23200 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area48420 Å2
手法PISA
3
V: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*A)-3')
Z: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9352
ポリマ－7,9352
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1090 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area4670 Å2
手法PISA
4
X: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*A)-3')
Y: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9352
ポリマ－7,9352
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1090 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area4870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.880, 115.311, 130.243
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.500, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細THE BIOLOGICAL ASSEMBLY OF BSE634I IS A TETRAMER FORMED FROM TWO DIMERS STACKED BACK-TO-BACK. EACH PRIMARY DIMER BINDS ONE DNA DUPLEX. THERE ARE TWO TETRAMERS FOUND IN THE ASYMMETRIC UNIT. PROTEIN SUBUNITS AB AND EF FORM THE FIRST TETRAMER, WHICH SPECIFICALLY BINDS TWO DNA DUPLEXES (IJ AND MN). THE SECOND TETRAMER IS COMPOSED FROM TWO DIMERS CD AND GH, EACH DIMER SPECIFICALLY BINDS DNA DUPLEX (KL AND OP). THEREFORE, THERE ARE TWO BIOLOGICAL ASSEMBLIES IN THE ASYM. UNIT. DNA DUPLEXES XY, VZ AND RS ARE NOT PARTS OF THE BIOLOGICAL ASSEMBLY, THEY ARE JUST CRYSTAL PACKING ARTIFACTS.

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要素

#1: タンパク質
Endonuclease Bse634IR


分子量: 33762.758 Da / 分子数: 8 / 変異: R226A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
株: 1422 / 遺伝子: bse634IR / プラスミド: pUC18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2267
参照: UniProt: Q8RT53, type II site-specific deoxyribonuclease
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*TP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*A)-3')


分子量: 3967.585 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細SEQUENCE AUTHORS STATE THAT THE RESIDUES AT POSITION 110, 111, AND 130 ARE CORRECTLY IDENTIFIED AND ...SEQUENCE AUTHORS STATE THAT THE RESIDUES AT POSITION 110, 111, AND 130 ARE CORRECTLY IDENTIFIED AND THE BIOCHEMICAL DATA SHOWS THAT THE PROTEIN IS ACTIVE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris, 0.5% polyvinylpyrrolidone and 16% of PEG400, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K, pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8148 Å
検出器タイプ: MAR555 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月1日
放射モノクロメーター: Si (111), horizontally focussing / プロトコル: SINGLE WAVELENGT / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8148 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.326→65.094 Å / Num. all: 80299 / Num. obs: 80299 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 66.976 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.7-2.854.60.3881.953541116960.388100
2.85-3.024.60.2682.750507110260.268100
3.02-3.234.60.1624.447603103950.162100
3.23-3.494.60.0997.24441796860.099100
3.49-3.824.60.06510.64086089230.065100
3.82-4.274.60.04713.93703080830.047100
4.27-4.934.60.03717.33249671070.037100
4.93-6.044.60.03518.72768260700.035100
6.04-8.544.50.0319.52124046850.03100
8.54-65.094.30.02718.31123426280.02799.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.5データスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1knv

1knv


解像度: 2.7→65.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / WRfactor Rfree: 0.243 / WRfactor Rwork: 0.209 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.801 / SU Rfree: 0.405 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.405 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 7973 9.9 %RANDOM
Rwork0.23 ---
all0.23372 80279 --
obs0.234 80279 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 100 Å2 / Biso mean: 54.404 Å2 / Biso min: 13.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.54 Å20 Å2-0.54 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3---0.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→65.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18735 3562 0 359 22656
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02221644
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0213800
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2882.15429951
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.82333898
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.54252175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.44224.833836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.206153351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.6221593
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.23421
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0221264
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.023458
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2440.25567
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2730.215866
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2030.210567
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1070.29860
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.2691
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.110.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.230.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3120.2113
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1150.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1831.510939
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other01.54367
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.099217787
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.122310705
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8784.512164
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.417 571 -
Rwork0.358 5322 -
all-5893 -
obs-5322 99.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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