PDB-3v1p: Crystal structure of the mutant Q185A of orotidine 5'-monophospha...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3v1p

タイトル

Crystal structure of the mutant Q185A of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Methanobacterium thermoautotrophicum complexed with the inhibitor BMP

要素

Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

キーワード

LYASE/LYASE INHIBITOR / tim barrel / orotidine 5'-monophosphate decarboxylase / inhibitor BMP / LYASE / LYASE-LYASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.37 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Desai, B. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme.
著者: Desai, B.J. / Wood, B.M. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Goryanova, B. / Amyes, T.L. / Richard, J.P. / Almo, S.C. / Gerlt, J.A.

履歴

登録	2011年12月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年11月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年2月13日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3v1p.cif.gz	108.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3v1p.ent.gz	82.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3v1p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3v1p_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3v1p_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	3v1p_validation.xml.gz	22.2 KB	表示
CIF形式データ	3v1p_validation.cif.gz	33.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/3v1p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/3v1p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3li0C 3p5yC 3p5zC 3p60C 3p61C 3qezC 3qf0C 3qmrC 3qmsC 3qmtC 3rluC 3rlvC 3sj3C 4fx6C 4fx8C 4fxrC 4gc4C 3ltpS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3pbv-d 4nx5-d 3qms-d 3g1h-4 3lv5-d 3g1f-4 3lld-d 3g1f-3 3g1h-7 3g1h-2 1xby-d 3siz-d 2zz1-d 4fxr-d 3nqa-1 3nqc-d 3g22-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

B: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

ヘテロ分子

50.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.800, 63.862, 61.472
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.28, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / OMP decarboxylase / OMPDCase / OMPdecase 分子量: 24827.646 Da / 分子数: 2 / 変異: Q185A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) 株: Delta H / 遺伝子: pyrF, MTH_129 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O26232, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-BMP / 6-HYDROXYURIDINE-5'-PHOSPHATE / 6-ヒドロキシウリジン5′-りん酸タイプ: RNA linking / 分子量: 340.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₁₀P
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 454 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30% PEG 4000, 0.1M Tris HCl, 0.2M lithium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月17日
放射	モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.37→41.928 Å / Num. all: 87599 / Num. obs: 87599 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3LTP

3ltp

解像度: 1.37→41.928 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.62 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1784	4393	5.01 %	RANDOM
R_work	0.1651	-	-	-
all	0.1658	87599	-	-
obs	0.1658	87599	99.71 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 32.752 Å² / k_sol: 0.353 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.4812 Å²	-0 Å²	-2.544 Å²
2-	-	2.4231 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.9419 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.37→41.928 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3315	0	54	454	3823

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3536
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.04	4802
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.107	1380
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	541
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	638

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.37-1.3856	0.3487	141	0.3458	2689	X-RAY DIFFRACTION	96
1.3856-1.4019	0.3394	146	0.3188	2675	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4019-1.419	0.3238	146	0.2964	2765	X-RAY DIFFRACTION	99
1.419-1.4369	0.2662	156	0.2663	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4369-1.4558	0.2936	158	0.2605	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4558-1.4758	0.2557	138	0.2327	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4758-1.4969	0.2474	133	0.2184	2789	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4969-1.5192	0.2359	134	0.2064	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5192-1.5429	0.2528	145	0.2015	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5429-1.5682	0.2124	146	0.185	2780	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5682-1.5953	0.1716	139	0.1771	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5953-1.6243	0.2051	152	0.1667	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6243-1.6555	0.1862	127	0.1655	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6555-1.6893	0.1914	138	0.163	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6893-1.7261	0.1818	148	0.1562	2790	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7261-1.7662	0.1666	163	0.1553	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7662-1.8104	0.184	152	0.1539	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8104-1.8593	0.1794	138	0.1569	2788	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8593-1.9141	0.1819	160	0.1512	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9141-1.9758	0.1667	157	0.1535	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9758-2.0464	0.1777	146	0.1552	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0464-2.1284	0.1877	158	0.1609	2771	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1284-2.2252	0.1575	138	0.1553	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2252-2.3426	0.1641	139	0.1527	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3426-2.4893	0.1956	172	0.155	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4893-2.6815	0.1729	145	0.1617	2822	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6815-2.9513	0.158	149	0.1687	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9513-3.3782	0.1422	121	0.158	2826	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3782-4.2555	0.1478	140	0.1339	2820	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2555-41.9472	0.1603	168	0.1548	2833	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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