PDB-3v15: Crystal structure of the Fe(II)/alpha-ketoglutarate dependent tau...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3v15

タイトル

Crystal structure of the Fe(II)/alpha-ketoglutarate dependent taurine dioxygenase from Pseudomonas putida KT2440

要素

Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / jelly roll motif / dioxygenase / alpha-ketoglutarate / Fe(II)

機能・相同性

機能・相同性情報

sulfonate dioxygenase activity / sulfur compound catabolic process / taurine dioxygenase / taurine dioxygenase activity / iron ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Knauer, S.H. / Dobbek, H.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2012
タイトル: The Fe(II) / alpha-ketoglutarate dependent taurine dioxygenases from Pseudomonas putida and Escherichia coli are tetramers
著者: Knauer, S.H. / Hartl-Spiegelhauer, O. / Schwarzinger, S. / Hanzelmann, P. / Dobbek, H.

履歴

登録	2011年12月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月26日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3v15.cif.gz	392.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3v15.ent.gz	323.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3v15.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3v15_validation.pdf.gz	454.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3v15_full_validation.pdf.gz	486.7 KB	表示
XML形式データ	3v15_validation.xml.gz	45 KB	表示
CIF形式データ	3v15_validation.cif.gz	62.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/3v15 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/3v15	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3v17C 3pvjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1gqw-2 1otj-d 1gy9-1 3v17-d 1gy9-2 6kdj-1 6p1i-d 6ujz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase

C: Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase

B: Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase

D: Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase

125 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.889, 101.850, 162.771
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase 分子量: 31134.020 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 株: KT 2440 / 遺伝子: PP0230, PP_0230, tauD / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q88RA3, taurine dioxygenase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase

分子量: 31134.020 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Pseudomonas putida (バクテリア) / 株: KT 2440 / 遺伝子: PP0230, PP_0230, tauD / プラスミド: pET11a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q88RA3, taurine dioxygenase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.46 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: reservoir solution: 20 % (w/v) PEG 5,000 MME, 0.1 M Bis Tris/HCl (pH 6.5) protein solution: 21 mg/ml protein in 25 mM Tris/HCl (pH 7.7) containing 10 mM taurine, 0.1 (NH4)2SO4 and 20 % (v/v) ...詳細: reservoir solution: 20 % (w/v) PEG 5,000 MME, 0.1 M Bis Tris/HCl (pH 6.5) protein solution: 21 mg/ml protein in 25 mM Tris/HCl (pH 7.7) containing 10 mM taurine, 0.1 (NH4)2SO4 and 20 % (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

結晶

マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.46 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: reservoir solution: 20 % (w/v) PEG 5,000 MME, 0.1 M Bis Tris/HCl (pH 6.5) protein solution: 21 mg/ml protein in 25 mM Tris/HCl (pH 7.7) containing 10 mM taurine, 0.1 (NH4)2SO4 and 20 % (v/v) ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年11月20日
放射	モノクロメーター: osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→30 Å / Num. all: 44171 / Num. obs: 44029 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.6 % / R_sym value: 0.088 / Net I/σ(I): 18.4
反射シェル	解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 4.6 % / Num. unique all: 4669 / R_sym value: 0.595 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
AMoRE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.1_357)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3PVJ

3pvj

解像度: 2.6→28.78 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 23.85 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2544	2201	5 %	random
R_work	0.1829	-	-	-
obs	0.1864	44004	99.72 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 51.583 Å² / k_sol: 0.346 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	15.8789 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-6.0157 Å²	0 Å²
3-	-	-	-9.8632 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→28.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8764	0	0	284	9048

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	9004
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.158	12320
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.976	3268
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	1378
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1638

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.6929	0.3105	217	0.2124	4125	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6929-2.8006	0.2731	217	0.2087	4110	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8006-2.9279	0.2866	217	0.2077	4129	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9279-3.0821	0.2851	219	0.2074	4156	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0821-3.275	0.281	219	0.1936	4158	X-RAY DIFFRACTION	100
3.275-3.5274	0.2701	218	0.1837	4148	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5274-3.8817	0.2476	221	0.1769	4205	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8817-4.4416	0.2005	221	0.1445	4188	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4416-5.5892	0.2392	222	0.1481	4232	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5892-28.7819	0.2143	230	0.1732	4352	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2506	-0.5488	0.3735	0.4987	-0.1718	0.7331	0.1524	0.4742	-0.0555	-0.182	-0.198	-0.0806	0.2343	0.4729	-0.0043	0.078	0.0754	0.0502	0.4573	-0.0826	0.2655	4.9241	4.6092	-25.2766
2	0.2264	0.0379	0.3389	0.3735	-0.5282	1.3998	0.0128	-0.0754	0.0377	0.0542	0.0804	0.0711	-0.0581	-0.3127	-0.0698	0.0089	0.0378	0.0379	0.2188	-0.0089	0.1644	-25.2924	16.7435	-22.203
3	0.2137	0.2815	-0.085	1.236	-0.7546	1.2681	0.0921	0.0218	0.0882	0.3352	-0.0052	0.2166	-0.3006	-0.1292	-0.0663	0.0032	-0.0273	0.082	0.1301	-0.0681	0.2059	-14.6463	9.9243	22.2548

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)