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- PDB-3v0t: Crystal Structure of Perakine Reductase, Founder Member of a Nove... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v0t
タイトルCrystal Structure of Perakine Reductase, Founder Member of a Novel AKR Subfamily with Unique Conformational Changes during NADPH Binding
要素Perakine Reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Perakine Reductase / AKR superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


perakine reductase / alkaloid metabolic process / aldo-keto reductase (NADPH) activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NADP-dependent oxidoreductase domain / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-MONOPHOSPHOADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Perakine reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Rauvolfia serpentina (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.333 Å
データ登録者Sun, L. / Chen, Y. / Rajendran, C. / Panjikar, S. / Mueller, U. / Wang, M. / Rosenthal, C. / Mindnich, R. / Penning, T.M. / Stoeckigt, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of perakine reductase, founding member of a novel aldo-keto reductase (AKR) subfamily that undergoes unique conformational changes during NADPH binding.
著者: Sun, L. / Chen, Y. / Rajendran, C. / Mueller, U. / Panjikar, S. / Wang, M. / Mindnich, R. / Rosenthal, C. / Penning, T.M. / Stockigt, J.
履歴
登録2011年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Perakine Reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8302
ポリマ－37,3231
非ポリマー5071
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.501, 54.501, 200.358
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Perakine Reductase


分子量: 37322.809 Da / 分子数: 1 / 変異: A213W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rauvolfia serpentina (植物) / 遺伝子: PR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3L181
#2: 化合物 ChemComp-ATR / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン2′-りん酸5′-二りん酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.56 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→47.199 Å / Num. obs: 15455 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.7.1_743) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PZ0

1pz0


解像度: 2.333→20 Å / SU ML: 0.69 / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 21.25 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2545 1553 10.05 %
Rwork0.2146 --
obs0.2186 14294 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.86 Å2 / ksol: 0.394 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3534 Å20 Å2-0 Å2
2--0.3534 Å20 Å2
3----0.7067 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.333→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2231 0 31 26 2288
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082305
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2993125
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.166852
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.117355
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005390
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3329-2.40820.31081330.2467118496
2.4082-2.49430.30251390.22511245100
2.4943-2.59420.26221350.23091246100
2.5942-2.71220.3151400.21821243100
2.7122-2.85520.27711380.22741240100
2.8552-3.0340.3161370.2141253100
3.034-3.26820.26151390.2181245100
3.2682-3.5970.23871480.19811269100
3.597-4.11730.20771450.19231280100
4.1173-5.18630.22141400.18411303100
5.1863-47.20890.26841590.25161394100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.01280.03030.02670.06240.02050.34240.0375-0.00040.11480.0304-0.05850.3413-0.0575-0.31850.00070.323-0.12510.04050.2429-0.04310.316213.34833.70669.1604
20.0053-0.0001-0.00090.0150.00190.0107-0.0459-0.0490.00420.04440.0255-0.0101-0.0287-0.0060.00020.7197-0.2520.07120.4105-0.04090.432411.1874-8.326730.6754
30.00870.01850.01860.03070.03750.053-0.02580.0251-0.050.0789-0.0520.22810.1655-0.1628-0.18560.5353-0.41060.04730.2279-0.09330.29114.0406-13.367914.8988
40.05030.0013-0.01950.0078-0.01420.0660.0289-0.0558-0.10920.084-0.0578-0.0951-0.03430.044-0.0340.4121-0.3187-0.0308-0.0385-0.03330.230631.81825.481917.2566
50.01320.0161-0.00050.0213-0.00390.01360.0215-0.0387-0.02660.1009-0.06-0.0591-0.05250.02710.00010.3963-0.1069-0.0010.20860.01950.274935.047711.328111.3235
60.0043-0.0016-00.000700.0023-0.00360.00430.04240.0021-0.0067-0.02480.00270.0321-0.00020.7022-0.2284-0.08790.54860.07860.658551.835230.381626.7695
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 1:85)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 86:100)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 101:173)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 174:282)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 283:310)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESSEQ 330:336)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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