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- PDB-3v0f: Crystal structure of Ciona intestinalis voltage sensor-containing... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v0f
タイトルCrystal structure of Ciona intestinalis voltage sensor-containing phosphatase (Ci-VSP), residues 241-576(C363S), form II
要素Voltage-sensor containing phosphatase
キーワードHYDROLASE / PTP / C2 / Phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatase activity / monoatomic ion channel activity / membrane
類似検索 - 分子機能
TPTE, protein tyrosine phosphatase-like catalytic domain / : / Immunoglobulin-like - #1110 / Tensin phosphatase, C2 domain / Tensin-type phosphatase domain / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / Phosphatase tensin-type domain profile. / C2 tensin-type domain profile. / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / Polymorphic toxin system, DSP-PTPase phosphatase ...TPTE, protein tyrosine phosphatase-like catalytic domain / : / Immunoglobulin-like - #1110 / Tensin phosphatase, C2 domain / Tensin-type phosphatase domain / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / Phosphatase tensin-type domain profile. / C2 tensin-type domain profile. / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / Polymorphic toxin system, DSP-PTPase phosphatase / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Voltage-dependent channel domain superfamily / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / C2 domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Voltage-sensor containing phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Ciona intestinalis (ゆうれいぼや)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Liu, L. / Kohout, S.C. / Xu, Q. / Muller, S. / Kimberlin, C. / Isacoff, E.Y. / Minor, D.L.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: A glutamate switch controls voltage-sensitive phosphatase function.
著者: Liu, L. / Kohout, S.C. / Xu, Q. / Muller, S. / Kimberlin, C.R. / Isacoff, E.Y. / Minor, D.L.
履歴
登録2011年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月25日Group: Database references
改定 1.22014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Voltage-sensor containing phosphatase
B: Voltage-sensor containing phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,8464
ポリマ－77,6562
非ポリマー1902
水15,673870
1
A: Voltage-sensor containing phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9232
ポリマ－38,8281
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Voltage-sensor containing phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9232
ポリマ－38,8281
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.746, 80.375, 83.637
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.12, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Two molecules in the asymmetric unit

-
要素

#1: タンパク質 Voltage-sensor containing phosphatase


分子量: 38827.984 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 241-576 / 変異: C363S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ciona intestinalis (ゆうれいぼや)
遺伝子: Ci-VSP / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 pLysS / 参照: UniProt: Q4W8A1
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 870 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.92 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 17.5-22.5% PEG 2000, 0.1 M ammonium dihydrophosphate, 0.1 M Tris-HCl,pH 8.0; crystal were soaked in 30% PEG 2000, 0.1 M ammonium dihydrophosphate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0 to remove phosphate ...詳細: 17.5-22.5% PEG 2000, 0.1 M ammonium dihydrophosphate, 0.1 M Tris-HCl,pH 8.0; crystal were soaked in 30% PEG 2000, 0.1 M ammonium dihydrophosphate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0 to remove phosphate by serial dilution, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1158 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月28日 / 詳細: Double Crystal Si(111)
放射モノクロメーター: KHOZU Double flat crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1158 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→84 Å / Num. all: 163916 / Num. obs: 153889 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 26.3
反射 シェル解像度: 1.3→1.33 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.584 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 90.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB: 3V0D

3v0d


解像度: 1.3→83.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 1.39 / SU ML: 0.027 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.05 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17502 7732 5 %RANDOM
Rwork0.13984 ---
obs0.14156 146117 93.86 %-
all-155675 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.827 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.55 Å20 Å2-0.09 Å2
2--0.45 Å20 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→83.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5259 0 10 870 6139
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0225788
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3541.9567871
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2475757
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.07523.617282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.99151093
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1861544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2837
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214435
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3021.53442
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.15825635
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7932346
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3054.52185
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.20535788
LS精密化 シェル解像度: 1.301→1.335 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.197 542 -
Rwork0.164 9844 -
obs--86.22 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.01930.00190.00320.0077-0.00640.0145-0.0018-0.0012-0.00010.0003-0.0005-0.0007-0.0017-0.00030.00230.0070.0001-0.00070.0047-0.00040.00217.331-4.03434.719
20.04760.0055-0.03010.00560.00030.0312-0.00010.00110.0003-0.00020.00020.0006-0.0014-0.0012-0.00010.00680.0004-0.00090.00410.00020.001810.6994.966-9.062
30.0013-0.00120.00250.0026-0.00490.01090.00020.0006-0.0014-0.0007-0.00130.0009-0.00040.00510.00110.01260.0012-0.00090.00740.00080.00759.24-1.1412.56
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A238 - 574
2X-RAY DIFFRACTION2B251 - 573
3X-RAY DIFFRACTION3A3 - 236
4X-RAY DIFFRACTION3A577 - 880
5X-RAY DIFFRACTION3B1 - 237
6X-RAY DIFFRACTION3B577 - 906

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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