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- PDB-3uzt: Structure of the C13.18 RNA Aptamer in Complex with G Protein-Cou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uzt
タイトルStructure of the C13.18 RNA Aptamer in Complex with G Protein-Coupled Receptor Kinase 2
要素
  • Beta-adrenergic receptor kinase 1
  • C13.18 RNA Aptamer
キーワードTRANSFERASE/RNA / Protein-RNA complex / Protein Kinase Fold / RGS Homology Domain / Pleckstrin Homology Domain / G Protein-Coupled Receptor Phosphorylation / RNA Aptamer / TRANSFERASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Calmodulin induced events / beta-adrenergic-receptor kinase / negative regulation of the force of heart contraction by chemical signal / negative regulation of relaxation of smooth muscle / Activation of SMO / beta-adrenergic receptor kinase activity / G protein-coupled receptor kinase activity / Edg-2 lysophosphatidic acid receptor binding / alpha-2A adrenergic receptor binding / negative regulation of striated muscle contraction ...Calmodulin induced events / beta-adrenergic-receptor kinase / negative regulation of the force of heart contraction by chemical signal / negative regulation of relaxation of smooth muscle / Activation of SMO / beta-adrenergic receptor kinase activity / G protein-coupled receptor kinase activity / Edg-2 lysophosphatidic acid receptor binding / alpha-2A adrenergic receptor binding / negative regulation of striated muscle contraction / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of protein localization to cilium / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / regulation of the force of heart contraction / positive regulation of smoothened signaling pathway / G protein-coupled receptor internalization / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / regulation of signal transduction / cardiac muscle contraction / cell projection / G protein-coupled receptor binding / intracellular protein transport / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / presynapse / postsynapse / peptidyl-serine phosphorylation / protein kinase activity / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein phosphorylation / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1270 / GPCR kinase / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / Regulator of G protein signaling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS domain superfamily ...Helix Hairpins - #1270 / GPCR kinase / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / Regulator of G protein signaling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS domain superfamily / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Helix Hairpins / PH-like domain superfamily / Roll / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Beta-adrenergic receptor kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.51 Å
データ登録者Tesmer, J.J.G. / Tesmer, V.M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Molecular mechanism for inhibition of g protein-coupled receptor kinase 2 by a selective RNA aptamer.
著者: Tesmer, V.M. / Lennarz, S. / Mayer, G. / Tesmer, J.J.
履歴
登録2011年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月29日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-adrenergic receptor kinase 1
B: C13.18 RNA Aptamer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,5933
ポリマ－85,5682
非ポリマー241
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1190 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area31550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.346, 139.719, 60.949
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Beta-adrenergic receptor kinase 1 / Beta-ARK-1 / G-protein-coupled receptor kinase 2


分子量: 79749.922 Da / 分子数: 1 / 変異: S670A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: ADRBK1, GRK2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P21146, beta-adrenergic-receptor kinase
#2: RNA鎖 C13.18 RNA Aptamer


分子量: 5818.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic RNA polymer, no 5' or 3' phosphates
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.38 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: 100 mM MES pH 5.9, 100 mM NaCl and 5% PEG 3350 supplemented with 0.1 M glycine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月18日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 8251 / % possible obs: 65.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 28.9
反射 シェル解像度: 3.5→3.56 Å / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 92 / % possible all: 14.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Chain A OF PDB ENTRY 1OMW

1omw


解像度: 3.51→24.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 107.159 / SU ML: 0.671 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -1.0E+18 / ESU R Free: 1.039 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31691 382 4.7 %RANDOM
Rwork0.21582 ---
all0.22035 7811 --
obs0.22035 7811 64.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 129.331 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å20 Å20 Å2
2--1 Å20 Å2
3----0.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.51→24.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4809 125 1 0 4935
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0195054
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023593
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9091.9556815
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.75938709
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4835581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.68823.663243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.51615934
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.7221537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.2719
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215430
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021064
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.51→3.597 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 5 -
Rwork0.414 87 -
obs-87 10.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.30472.2136-0.96754.1078-1.77971.65410.11880.13150.17860.1968-0.04340.6462-0.1887-0.1969-0.07540.25060.04560.11110.2048-0.05540.22523.38325.35811.944
23.5428-0.18430.1584.2337-0.13181.67090.10.14930.3881-0.0452-0.1191-0.2965-0.16020.47870.01920.3084-0.09250.11760.2947-0.04190.151338.73825.65318.159
34.3695-0.47040.28542.739-1.55951.03190.21320.052-0.53840.2127-0.18850.20720.06280.1314-0.02480.32780.00340.06340.1914-0.06490.192830.9852.24927.402
43.09151.8345-2.31943.0277-4.055.83091.02850.4223-0.21050.3603-0.27120.2047-0.81240.4477-0.75720.74230.14250.3090.3501-0.04190.706522.33844.878-11.798
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A30 - 185
2X-RAY DIFFRACTION1A513 - 545
3X-RAY DIFFRACTION2A186 - 274
4X-RAY DIFFRACTION2A492 - 512
5X-RAY DIFFRACTION2B47 - 53
6X-RAY DIFFRACTION3A275 - 475
7X-RAY DIFFRACTION4A552 - 656

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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