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万見
- PDB-3uzs: Structure of the C13.28 RNA Aptamer Bound to the G Protein-Couple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uzs
タイトルStructure of the C13.28 RNA Aptamer Bound to the G Protein-Coupled Receptor Kinase 2-Heterotrimeric G Protein Beta 1 and Gamma 2 Subunit Complex
要素
  • Beta-adrenergic receptor kinase 1
  • C13.28 RNA Aptamer
  • Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
  • Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
キーワードTRANSFERASE/RNA / Protein-RNA complex / Protein Kinase Fold / RGS Homology Domain / Pleckstrin Homology Domain / beta propeller / G Protein-Coupled Receptor Phosphorylation / RNA Aptamer / Carboxymethylation / geranylgeranylation / TRANSFERASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Calmodulin induced events / negative regulation of the force of heart contraction by chemical signal / negative regulation of relaxation of smooth muscle / beta-adrenergic-receptor kinase / Activation of SMO / Edg-2 lysophosphatidic acid receptor binding / alpha-2A adrenergic receptor binding / beta-adrenergic receptor kinase activity / G protein-coupled receptor kinase activity / tachykinin receptor signaling pathway ...Calmodulin induced events / negative regulation of the force of heart contraction by chemical signal / negative regulation of relaxation of smooth muscle / beta-adrenergic-receptor kinase / Activation of SMO / Edg-2 lysophosphatidic acid receptor binding / alpha-2A adrenergic receptor binding / beta-adrenergic receptor kinase activity / G protein-coupled receptor kinase activity / tachykinin receptor signaling pathway / Olfactory Signaling Pathway / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / negative regulation of striated muscle contraction / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of protein localization to cilium / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / Activation of the phototransduction cascade / regulation of the force of heart contraction / positive regulation of smoothened signaling pathway / G protein-coupled receptor internalization / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Thromboxane signalling through TP receptor / Presynaptic function of Kainate receptors / G beta:gamma signalling through CDC42 / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G alpha (12/13) signalling events / Glucagon-type ligand receptors / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Ca2+ pathway / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / G alpha (z) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / G alpha (i) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / regulation of signal transduction / cardiac muscle contraction / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / viral genome replication / cell projection / intracellular protein transport / G protein-coupled receptor binding / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / photoreceptor disc membrane / cellular response to catecholamine stimulus / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / sensory perception of taste / presynapse / signaling receptor complex adaptor activity / heart development / retina development in camera-type eye / GTPase binding / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cell population proliferation / protein phosphorylation / protein kinase activity / postsynapse / G protein-coupled receptor signaling pathway / GTPase activity / synapse / symbiont entry into host cell / protein-containing complex binding / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
GPCR kinase / Regulator of G protein signaling domain / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. ...GPCR kinase / Regulator of G protein signaling domain / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / PH-like domain superfamily / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / Protein kinase domain / WD40-repeat-containing domain superfamily / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Beta-adrenergic receptor kinase 1 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.52 Å
データ登録者Tesmer, J.J.G. / Tesmer, V.M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Molecular mechanism for inhibition of g protein-coupled receptor kinase 2 by a selective RNA aptamer.
著者: Tesmer, V.M. / Lennarz, S. / Mayer, G. / Tesmer, J.J.
履歴
登録2011年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月29日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-adrenergic receptor kinase 1
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
G: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
C: C13.28 RNA Aptamer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,6775
ポリマ－134,6534
非ポリマー241
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7900 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area56320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)257.277, 257.277, 99.429
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number149
Space group name H-MP312

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要素

#1: タンパク質 Beta-adrenergic receptor kinase 1 / Beta-ARK-1 / G-protein-coupled receptor kinase 2


分子量: 79749.922 Da / 分子数: 1 / 変異: S670A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: ADRBK1, GRK2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P21146, beta-adrenergic-receptor kinase
#2: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 37416.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: GNB1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P62871
#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G gamma-I


分子量: 8406.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: GNG2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P63212
#4: RNA鎖 C13.28 RNA Aptamer


分子量: 9079.519 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic RNA polymer, no 5' or 3' phosphates
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 7.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 82.56 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM Tris pH 8.5, 200 mM NaCl and 3% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月1日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.5→50 Å / Num. obs: 12758 / % possible obs: 58.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 24.5
反射 シェル解像度: 4.5→4.58 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.388 / % possible all: 9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OMW

1omw


解像度: 4.52→19.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 178.994 / SU ML: 0.951 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.26 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26837 650 5.2 %RANDOM
Rwork0.18351 ---
obs0.18758 11919 56.92 %-
all-11919 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 282.978 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.24 Å20.12 Å20 Å2
2--0.24 Å20 Å2
3----0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.52→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8111 423 1 0 8535
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0198773
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025982
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8561.92711892
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.764314515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.83851009
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.58623.835399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.27151497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.2491563
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0490.21286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.029418
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021835
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 4.517→4.628 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 6 -
Rwork0.268 154 -
obs--10.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8568-0.4711-0.24163.23591.58411.2226-0.13360.33850.17570.0461-0.05180.4132-1.0848-0.46410.18543.04810.97610.64740.60180.05671.629992.08314.82834.663
23.99572.9094-5.95245.2659-5.532813.08430.73510.0126-0.2820.3542-0.3856-0.1878-1.70480.1339-0.34951.01180.12270.43230.27520.02150.9764113.958-13.06522.119
36.36342.7056-0.63128.5818-0.724410.27820.9944-0.03790.07350.70080.10471.0422-0.0197-0.6398-1.09920.67880.41120.5110.53350.45391.051990.512-38.4838.824
44.51283.06330.94055.5243-0.03277.0439-0.26920.0314-0.2769-2.07250.2904-0.07570.7537-0.2989-0.02121.3930.06140.07910.2968-0.05920.906391.761-71.14124.515
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A185 - 513
2X-RAY DIFFRACTION1A701
3X-RAY DIFFRACTION1C41 - 68
4X-RAY DIFFRACTION2A29 - 184
5X-RAY DIFFRACTION2A514 - 545
6X-RAY DIFFRACTION3A546 - 671
7X-RAY DIFFRACTION4B2 - 340
8X-RAY DIFFRACTION4G2 - 68

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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