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Yorodumi- PDB-3uzc: Thermostabilised Adenosine A2A receptor in complex with 4-(3-amin... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3uzc | ||||||
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Title | Thermostabilised Adenosine A2A receptor in complex with 4-(3-amino-5-phenyl-1,2,4-triazin-6-yl)-2-chlorophenol | ||||||
Components | Adenosine A2A Receptor | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / 7TM / GPCR / G-PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN | ||||||
Function / homology | Function and homology information positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / response to purine-containing compound / sensory perception / NGF-independant TRKA activation ...positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / response to purine-containing compound / sensory perception / NGF-independant TRKA activation / Surfactant metabolism / positive regulation of urine volume / positive regulation of glutamate secretion / synaptic transmission, dopaminergic / : / inhibitory postsynaptic potential / negative regulation of vascular permeability / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / synaptic transmission, cholinergic / blood circulation / response to caffeine / intermediate filament / eating behavior / alpha-actinin binding / presynaptic active zone / regulation of calcium ion transport / membrane depolarization / asymmetric synapse / axolemma / cellular defense response / prepulse inhibition / phagocytosis / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / response to amphetamine / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / neuron projection morphogenesis / excitatory postsynaptic potential / regulation of mitochondrial membrane potential / positive regulation of long-term synaptic potentiation / central nervous system development / synaptic transmission, glutamatergic / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / locomotory behavior / positive regulation of protein secretion / astrocyte activation / apoptotic signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of apoptotic signaling pathway / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / vasodilation / blood coagulation / cell-cell signaling / presynaptic membrane / G alpha (s) signalling events / postsynaptic membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / calmodulin binding / inflammatory response / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / lipid binding / glutamatergic synapse / dendrite / protein-containing complex binding / regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / enzyme binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.341 Å | ||||||
Authors | Congreve, M. / Andrews, S.P. / Dore, A.S. / Hollenstein, K. / Hurrell, E. / Langmead, C.J. / Mason, J.S. / Ng, I.W. / Zhukov, A. / Weir, M. / Marshall, F.H. | ||||||
Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2012 Title: Discovery of 1,2,4-Triazine Derivatives as Adenosine A(2A) Antagonists using Structure Based Drug Design Authors: Congreve, M. / Andrews, S.P. / Dore, A.S. / Hollenstein, K. / Hurrell, E. / Langmead, C.J. / Mason, J.S. / Ng, I.W. / Tehan, B. / Zhukov, A. / Weir, M. / Marshall, F.H. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3uzc.cif.gz | 132.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3uzc.ent.gz | 104.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3uzc.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3uzc_validation.pdf.gz | 730.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3uzc_full_validation.pdf.gz | 737.4 KB | Display | |
Data in XML | 3uzc_validation.xml.gz | 12.9 KB | Display | |
Data in CIF | 3uzc_validation.cif.gz | 16.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/3uzc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/3uzc | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3uzaC 3pwhS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 36479.102 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: residues 1-317 / Mutation: A54L T88A R107A K122A L202A L235A V239A S277A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ADORA2A / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: P29274 |
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#2: Chemical | ChemComp-T4E / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 3 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 5.39 Å3/Da / Density % sol: 77.2 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 32-42% PEG1000, 0.25M MGCL2, 0.3% NG, 0.1%(W/V) 1-BUTANOL, 0.05% CYMAL-6, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I24 / Wavelength: 0.9777 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 12, 2010 |
Radiation | Monochromator: ACCEL FIXED EXIT DOUBLE CRYSTAL SI (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9777 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.34→49.29 Å / Num. all: 10975 / Num. obs: 10975 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 97.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 8 |
Reflection shell | Resolution: 3.34→3.52 Å / Redundancy: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.851 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 1611 / % possible all: 96.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3PWH Resolution: 3.341→19.805 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.36 / Phase error: 39.97 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.799 Å2 / ksol: 0.225 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 389.77 Å2 / Biso mean: 155.9 Å2 / Biso min: 74.21 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.341→19.805 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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