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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3uz5 | ||||||
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タイトル | Designed protein KE59 R13 3/11H | ||||||
要素 | Kemp eliminase KE59 R13 3/11H | ||||||
キーワード | LYASE/LYASE INHIBITOR / Structural Genomics / Israel Structural Proteomics Center / ISPC / Beta Barrel / LYASE-LYASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | Aldolase class I / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / 5,7-dichloro-1H-benzotriazole / PHOSPHATE ION 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Khersonsky, O. / Kiss, G. / Roethlisberger, D. / Dym, O. / Albeck, S. / Houk, K.N. / Baker, D. / Tawfik, D.S. / Israel Structural Proteomics Center (ISPC) | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012 タイトル: Bridging the gaps in design methodologies by evolutionary optimization of the stability and proficiency of designed Kemp eliminase KE59. 著者: Khersonsky, O. / Kiss, G. / Rothlisberger, D. / Dym, O. / Albeck, S. / Houk, K.N. / Baker, D. / Tawfik, D.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3uz5.cif.gz | 204 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3uz5.ent.gz | 163.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3uz5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3uz5_validation.pdf.gz | 467.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3uz5_full_validation.pdf.gz | 474.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3uz5_validation.xml.gz | 21.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3uz5_validation.cif.gz | 29 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/3uz5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/3uz5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28755.107 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: 付加脱離酵素(リアーゼ) #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.6 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M potassium thiocyanate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.5, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月20日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→7.999 Å / Num. all: 43819 / Num. obs: 43250 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rsym value: 0.118 / Net I/σ(I): 11.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.567 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.6 / % possible all: 97.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3UYC 解像度: 1.9→7.999 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 7.327 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.345 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.817 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→7.999 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.942 Å / Total num. of bins used: 20
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