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- PDB-3uwv: Crystal structure of Staphylococcus Aureus triosephosphate isomer... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uwv
タイトルCrystal structure of Staphylococcus Aureus triosephosphate isomerase complexed with 2-phosphoglyceric acid
要素Triosephosphate isomerase
キーワードISOMERASE / TIM BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / gluconeogenesis / glycolytic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-PHOSPHOGLYCERIC ACID / Triosephosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Mukherjee, S. / Roychowdhury, A. / Dutta, D. / Das, A.K.
引用ジャーナル: Biochimie / 年: 2012
タイトル: Crystal structures of triosephosphate isomerase from methicillin resistant Staphylococcus aureus MRSA252 provide structural insights into novel modes of ligand binding and unique ...タイトル: Crystal structures of triosephosphate isomerase from methicillin resistant Staphylococcus aureus MRSA252 provide structural insights into novel modes of ligand binding and unique conformations of catalytic loop
著者: Mukherjee, S. / Roychowdhury, A. / Dutta, D. / Das, A.K.
履歴
登録2011年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Triosephosphate isomerase
B: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,9707
ポリマ－56,5292
非ポリマー4415
水5,819323
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area19870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.953, 78.953, 175.124
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRLYSLYSAA3 - 3311 - 41
21THRTHRLYSLYSBB3 - 3311 - 41
12VALVALPHEPHEAA35 - 7043 - 78
22VALVALPHEPHEBB35 - 7043 - 78
13ASNASNARGARGAA73 - 10181 - 109
23ASNASNARGARGBB73 - 10181 - 109
14LEULEUHISHISAA103 - 105111 - 113
24LEULEUHISHISBB103 - 105111 - 113
15THRTHRASPASPAA107 - 108115 - 116
25THRTHRASPASPBB107 - 108115 - 116
16GLUGLUGLUGLUAA110 - 158118 - 166
26GLUGLUGLUGLUBB110 - 158118 - 166
17GLNGLNALAALAAA160 - 173168 - 181
27GLNGLNALAALABB160 - 173168 - 181
18GLYGLYALAALAAA177 - 185185 - 193
28GLYGLYALAALABB177 - 185185 - 193
19CYSCYSSERSERAA189 - 239197 - 247
29CYSCYSSERSERBB189 - 239197 - 247
110ASPASPVALVALAA244 - 246252 - 254
210ASPASPVALVALBB244 - 246252 - 254
111LEULEUGLYGLYAA248 - 251256 - 259
211LEULEUGLYGLYBB248 - 251256 - 259

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要素

#1: タンパク質 Triosephosphate isomerase / TIM / Triose-phosphate isomerase


分子量: 28264.689 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: MRSA252 / 遺伝子: SAR0830, tpi, tpiA / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15(PREP4) / 参照: UniProt: Q6GIL6, triose-phosphate isomerase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-2PG / 2-PHOSPHOGLYCERIC ACID


分子量: 186.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O7P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.04 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6M TRISODIUM CITRATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年12月10日 / 詳細: MIRROR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→71.976 Å / Num. obs: 34450 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 26 Å2 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 22.1
反射 シェル解像度: 2.07→2.18 Å / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.454 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.454 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
StructureStudioデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0095精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3M9Y

3m9y


解像度: 2.07→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 9.32 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 1727 5 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.187 32582 99.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.48 Å20 Å20 Å2
2--1.48 Å20 Å2
3----2.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3840 0 25 323 4188
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0223932
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1251.9675305
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9795511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.35326.429168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.82715698
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.0791512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2610
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212914
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5161.52531
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0152.54053
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.76551401
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.79101250
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
925tight positional0.040.05
810medium positional0.040.5
925tight thermal0.311.5
810medium thermal0.472.5
LS精密化 シェル解像度: 2.07→2.12 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 105 -
Rwork0.237 2187 -
obs--92.46 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7345-0.28350.11691.132-0.85542.1999-0.0061-0.0403-0.13850.01310.0066-0.05150.09430.1297-0.00060.00810.0102-0.00240.0180.01020.04894.731319.994117.306
21.85040.0831-0.02040.6777-0.42521.6942-0.0090.3327-0.198-0.14460.12680.15020.1497-0.2336-0.11780.0443-0.0484-0.04010.12360.0090.0766-16.627926.4225-8.3307
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 253
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 253

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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