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- PDB-3uws: Crystal structure of a clostripain (PARMER_00083) from Parabacter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uws
タイトルCrystal structure of a clostripain (PARMER_00083) from Parabacteroides merdae ATCC 43184 at 1.70 A resolution
要素(hypothetical protein) x 2
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / clostripain family protein / Peptidase_C11 / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY
機能・相同性Rossmann fold - #11970 / Peptidase C11, clostripain / Clostripain family / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Clostripain family
機能・相同性情報
生物種Parabacteroides merdae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure and Activity Studies of the C11 Cysteine Peptidase from Parabacteroides merdae in the Human Gut Microbiome.
著者: McLuskey, K. / Grewal, J.S. / Das, D. / Godzik, A. / Lesley, S.A. / Deacon, A.M. / Coombs, G.H. / Elsliger, M.A. / Wilson, I.A. / Mottram, J.C.
履歴
登録2011年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月24日Group: Structure summary
改定 1.22016年3月23日Group: Database references
改定 1.32016年5月11日Group: Database references
改定 1.42017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.52023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein
B: hypothetical protein
C: hypothetical protein
D: hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,43511
ポリマ－82,0014
非ポリマー4347
水12,430690
1
A: hypothetical protein
B: hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1875
ポリマ－41,0002
非ポリマー1863
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5530 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area14390 Å2
手法PISA
2
C: hypothetical protein
D: hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2496
ポリマ－41,0002
非ポリマー2484
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5810 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area14320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.112, 108.683, 77.971
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.320, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 hypothetical protein


分子量: 14162.332 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 23-147 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Parabacteroides merdae (バクテリア)
株: ATCC 43184 / 遺伝子: PARMER_00083 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: A7A9N3
#2: タンパク質 hypothetical protein


分子量: 26838.033 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 148-375 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Parabacteroides merdae (バクテリア)
株: ATCC 43184 / 遺伝子: PARMER_00083 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: A7A9N3
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 690 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THERE IS A BREAK IN THE CHAIN BETWEEN RESIDUES 147 AND 148. CLEAVAGE AT THIS SITE WAS CONFIRMED BY ...THERE IS A BREAK IN THE CHAIN BETWEEN RESIDUES 147 AND 148. CLEAVAGE AT THIS SITE WAS CONFIRMED BY INTACT MASS SPECTROMETRY AND IS BELIEVED TO BE THE RESULT OF AUTOPROTEOLYSIS
Has protein modificationY
配列の詳細THIS CONSTRUCT (RESIDUES 23-375) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG ...THIS CONSTRUCT (RESIDUES 23-375) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.96 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 0.2M NH4Cl, 20.0% PEG-3350, No Buffer pH 6.3, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9793
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月15日 / 詳細: KOHZU: Double Crystal Si(111)
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→28.734 Å / Num. obs: 70913 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 15.869 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.34
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.7-1.760.5013.2518611380499.7
1.76-1.830.3784.1525561397199.8
1.83-1.910.2665.4510901358099.8
1.91-2.020.187.7575671532799.8
2.02-2.140.1349.7497761329699.6
2.14-2.310.10411.8539981446699.5
2.31-2.540.08713.7510111376899.5
2.54-2.90.07215.7501861371599
2.9-3.660.05519.6493181395997.8
3.660.04322.9505671372496.9

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SHELX位相決定
SHARP位相決定
XSCALEDecember 6, 2010データスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→28.734 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 3.587 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.095
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3.ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4.WATERS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT. 5.1,2-ETHANEDIOL (EDO) FROM THE CRYOPROTECTANT SOLUTION HAS BEEN MODELED IN THE SOLVENT STRUCTURE. 6.THE PROTEIN IS CLEAVED AFTER RESIDUE 147, WHICH RESULTS IN RESIDUE 148 BEING LOCATED FAR FROM RESIDUE 147.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1754 3577 5 %RANDOM
Rwork0.1428 ---
obs0.1445 70883 99.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 65.01 Å2 / Biso mean: 19.9673 Å2 / Biso min: 7.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2 Å20 Å2-0.35 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→28.734 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5612 0 28 690 6330
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.025979
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024011
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6091.9698169
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.30339864
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1785763
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.94225.125281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.896151017
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5041519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2881
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0216712
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021191
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 249 -
Rwork0.186 4822 -
all-5071 -
obs--99.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9983-0.88470.53832.5031-1.26351.21490.05250.0072-0.1794-0.19420.02560.15530.1996-0.0826-0.07810.0368-0.0131-0.00040.0365-0.00130.04667.444547.299732.8828
21.2383-0.14980.03321.5654-0.33181.0343-0.01340.0805-0.0529-0.08070.01790.02910.0504-0.004-0.00450.006-0.004700.0236-0.00760.003810.478667.451423.3374
31.542-0.4530.23522.023-0.34620.83320.0481-0.0248-0.2253-0.02350.01450.12450.0874-0.0319-0.06260.0236-0.0103-0.00360.0347-0.00260.038223.366447.629968.2635
41.7247-0.32640.19721.4188-0.56911.40380.0710.10250.1265-0.0436-0.06490.0079-0.12580.0183-0.00610.0501-0.01340.01280.039-0.00860.017726.601168.728262.8247
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A24 - 147
2X-RAY DIFFRACTION2B148 - 375
3X-RAY DIFFRACTION3C28 - 147
4X-RAY DIFFRACTION4D148 - 375

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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