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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3uv6 | ||||||
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Title | Ec_IspH in complex with 4-hydroxybutyl diphosphate (1301) | ||||||
![]() | 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / iron-sulfur protein / IspH / LytB / isoprenoid biosynthesis / non-mevalonate pathway | ||||||
Function / homology | ![]() hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase activity / 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate reductase / 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase activity / dimethylallyl diphosphate biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Span, I. / Wang, K. / Wang, W. / Zhang, Y. / Bacher, A. / Eisenreich, W. / Schulz, C. / Oldfield, E. / Groll, M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Discovery of acetylene hydratase activity of the iron-sulphur protein IspH. Authors: Span, I. / Wang, K. / Wang, W. / Zhang, Y. / Bacher, A. / Eisenreich, W. / Li, K. / Schulz, C. / Oldfield, E. / Groll, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 283 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 229 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3urkC ![]() 3utcC ![]() 3utdC ![]() 3uv3C ![]() 3uv7C ![]() 3uwmC ![]() 3ke8S ![]() 3uv8 S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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Components
#1: Protein | Mass: 35790.512 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P62623, 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.19 Å3/Da / Density % sol: 43.81 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M BIS-TRIS, 0.2 M ammonia sulfate, 25% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 18, 2011 |
Radiation | Monochromator: double-crystal fixed-exit monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→50 Å / Num. all: 69797 / Num. obs: 69308 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 21 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.498 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 98.1 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 3KE8 Resolution: 1.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 4.31 / SU ML: 0.064 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.101 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 31.426 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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